当前解析结果
SmilChr04G004010| 统一新 Gene ID | SmilChr04G004010 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr04G004010 |
| 描述 | auxin-responsive protein SAUR68-like |
| 染色体 / SeqID | Chr04 / NC_080390.1 |
| 坐标与链方向 | 55417822 - 55418714 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131020879 |
|---|---|
| GeneID | 131020879 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131020879 |
| 原始查询 | LOC131020879 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | auxin-responsive protein SAUR68-like |
| 产物 | auxin-responsive protein SAUR68-like |
| Arabidopsis | AT1G29500 (AT1G29500)SAUR-like auxin-responsive protein family [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:839827] identity=50; qcov=0.98; evalue=1.18e-43; confidence=medium |
| Rice | Os09g0546900 (OsSAUR53)- identity=46.2; qcov=0.886; evalue=2.69e-38; confidence=medium |
| GO | GO:0009733 (response to auxin) |
| KEGG | smil04075 (Plant hormone signal transduction - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)) |
| Pfam | PF02519 (Auxin_inducible) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131020879 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 0.60000 | XP_057805908.1 |
| 2 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.60000 | XP_057805908.1 |
| 3 | Cytosol | 细胞质基质 | 0.60000 | XP_057805908.1 |
| 4 | Cell membrane | 细胞膜 | 0.20000 | XP_057805908.1 |
| 5 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057805908.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr4:55418378 |
C |
CT |
1bp_insertion | frameshift_variant | 1 | C51 |
Chr4:55418378 |
C |
CT |
1bp_insertion | CDS_variant | 1 | C51 |
Chr4:55418594 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B124 |
Chr4:55418609 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B4 |
Chr4:55418634 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B19,B48,C50 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057805908.1PF02519
Auxin_inducible 5-110 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057805908.1 |
Pfam | PF02519 |
Auxin_inducible | Domain | 5 | 110 | 1.1e-29 | 103.1 | Auxin responsive protein |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。