Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr04G004032`

染色体: Chr04 坐标: 55579865-55581898 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr04G004032`
名称	SmilChr04G004032
描述	monooxygenase 2-like
染色体 / SeqID	Chr04 / NC_080390.1
坐标与链方向	55579865 - 55581898 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131020900`
GeneID	`131020900`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131020900`
原始查询	`LOC131020900`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	monooxygenase 2-like
产物	monooxygenase 2-like
Arabidopsis	`AT5G05320` (AT5G05320) FAD/NAD(P)-binding oxidoreductase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:830414] identity=48.1; qcov=0.942; evalue=3.45e-139; confidence=high
Rice	`Os03g0154100` - identity=48.7; qcov=0.93; evalue=6.44e-136; confidence=high
GO	GO:0071949 (FAD binding)
KEGG	-
Pfam	PF01494 (FAD_binding_3)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131020900

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Endoplasmic reticulum	内质网	0.80000	`XP_057805928.1`
2	Peroxisome	过氧化物酶体	0.20000	`XP_057805928.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057805928.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057805928.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057805928.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr4:55580160`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B84
`Chr4:55580318`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10
`Chr4:55580376`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B61
`Chr4:55580637`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B125,C28
`Chr4:55580790`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C8
`Chr4:55580935`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B111,B20,B47,B97,D11
`Chr4:55581094`	`GC`	`G`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	B51
`Chr4:55581094`	`GC`	`G`	1bp_deletion	CDS_variant	1	B51
`Chr4:55581391`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B111,B20,B47,B97
`Chr4:55581440`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B101,C8
`Chr4:55581472`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B109,D10
`Chr4:55581484`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B14,B29,B9

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057805928.1

428 aa

214

428

FAD_binding_3

PF01494 FAD_binding_3 33-356 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057805928.1`	Pfam	`PF01494`	FAD_binding_3	Domain	33	356	2.4e-21	77.1	FAD binding domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057949945.1
TTGGTGGGACTTTTGTCGCAAAGCTTTATCTTCTTGAGCAATGAATGCAAGTCTGCAAGTTGCTGCAACTGATGACTATATCTACATATACAATTTTATTCCTTCGAAGCGCGGGAACCAAATTTGGAATGGAAGAGCAAGAGATAGTGATTGTTGGAGCTGGAATTGCAGGTCTCGCAACATCTTTAGGGCTGCACAGATTGGGAATTCGAAGCGTAGTTGTGGAGTCAGCAGATAGCTTGAGAACTTCGGGATTTGCT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131020900
ATGCAAGTCTGCAAGTTGCTGCAACTGATGACTATATCTACATATACAATTTTATTCCTTCGAAGCGCGGGAACCAAATTTGGAATGGAAGAGCAAGAGATAGTGATTGTTGGAGCTGGAATTGCAGGTCTCGCAACATCTTTAGGGCTGCACAGATTGGGAATTCGAAGCGTAGTTGTGGAGTCAGCAGATAGCTTGAGAACTTCGGGATTTGCTTTAGGAATTTTAGCAAATGGTTGGAGGGCACTGGATGCTATTGG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057805928.1
MQVCKLLQLMTISTYTILFLRSAGTKFGMEEQEIVIVGAGIAGLATSLGLHRLGIRSVVVESADSLRTSGFALGILANGWRALDAIGVGDILRAKHHKISRIVTTSVNSGIQTAELPFRASNSQDDLESRCVNRRVLLETLENELPRGIIRYSSKVVHIQSEDRVESIHLSDGTVLKTKVLIGCDGVNSVVSKFLGFSKPAYAGREAVRGFVYFKDGHAFEPKLMQFFGKGVRFGVIPCDDYSVYWFFTFSPSSQEKEMV...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器