Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr04G004053`

染色体: Chr04 坐标: 55702812-55706789 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr04G004053`
名称	SmilChr04G004053
描述	probable aldehyde dehydrogenase
染色体 / SeqID	Chr04 / NC_080390.1
坐标与链方向	55702812 - 55706789 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131020921`
GeneID	`131020921`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131020921`
原始查询	`LOC131020921`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	probable aldehyde dehydrogenase
产物	probable aldehyde dehydrogenase
Arabidopsis	`AT5G62530` (ALDH12A1) aldehyde dehydrogenase 12A1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836373] identity=76.8; qcov=1.01; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os05g0536400` - identity=76.7; qcov=0.956; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0003842 (L-glutamate gamma-semialdehyde dehydrogenase activity); GO:0004029 (aldehyde dehydrogenase (NAD+) activity); GO:0005739 (mitochondrion); GO:0010133 (GO:0010133)
KEGG	smil00250 (Alanine, aspartate and glutamate metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil00330 (Arginine and proline metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF00171 (Aldedh)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131020921

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Mitochondrion	线粒体	1.00000	`XP_057805956.1`
2	Mitochondrion matrix	线粒体基质	1.00000	`XP_057805956.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057805956.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057805956.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057805956.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr4:55703218`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10
`Chr4:55703542`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A4,B52
`Chr4:55703715`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A15,B111,B58,B97,C62
`Chr4:55703719`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B117,B97,C55
`Chr4:55703921`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B104
`Chr4:55703940`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B52
`Chr4:55704112`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A15,B111,B58,B97,C62
`Chr4:55704271`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B130,B72,C37,C59
`Chr4:55705568`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B130,C37
`Chr4:55705571`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A7,B107,B17,C19

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057805956.1

551 aa

276

551

Aldedh

PF00171 Aldedh 66-495 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057805956.1`	Pfam	`PF00171`	Aldedh	Family	66	495	2.1e-36	126.2	Aldehyde dehydrogenase family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057949973.1
GCAAATACTCAAATGGGCCGAGTCCAATTATACAATTTCAAAACAATTCATCGTTAATTTCGGCAGGGTTACTTCCTCAGTCCAACCTTGTAACAGAATTGAATAAAATTGAGGAACACACCAATATTTAATGCGTATAAACCTCAAATACTGATTTCCACTTCACAACAATCATACCATCAATTCTTCTGCTTCTAGTCAGAGTGAGTTCATAAAAATTTTGTACTGACAAATCATGTATGGTTCATTGCTTTCGAGAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131020921
ATGTATGGTTCATTGCTTTCGAGAAATTTGAGAAACAAAGCTTCAACCAGCTGGTTCAGTTCGTCTAATCTTTCGAGATATGTTCATTCACTCCCCTTTGCGACTGTGAAAGCCGAGGAATTATCAGCTTCTCAGCCGGCTGAAGTGCTGAATTTAGTGCAGGGGAAGTGGACAAGATCGTCGTCTTGGAATACCATCCCGGATCCTCTGAATGGCGAATCGTTCATCAAAGTTTCTGAAGTAAACCAGAAAGAAATACA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057805956.1
MYGSLLSRNLRNKASTSWFSSSNLSRYVHSLPFATVKAEELSASQPAEVLNLVQGKWTRSSSWNTIPDPLNGESFIKVSEVNQKEIQPFVESLAQCPKHGLHNPFKAPERYLMLGDVTTKAAHKLALPEVSDFFAKLIQRVSPKSYQQAFMEVFVTQKFLENFCGDQVRFLARSFGVPGNHLGQQSHGFRWPYGPVAIITPFNFPLEIPLLQLMGALYMGNKPLLKVDSKVAIVMEQMLRLLHDCGLPVEDVDFINSDGV...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器