Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr04G004055`

染色体: Chr04 坐标: 55707735-55713441 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr04G004055`
名称	SmilChr04G004055
描述	uncharacterized GPI-anchored protein At5g19250-like
染色体 / SeqID	Chr04 / NC_080390.1
坐标与链方向	55707735 - 55713441 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131020925`
GeneID	`131020925`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131020925`
原始查询	`LOC131020925`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	Glycoprotein membrane GPI-anchored [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832045]; symbol=AT5G19250; hit=AT5G19250; species=arabidopsis; confidence=high
产物	Glycoprotein membrane GPI-anchored [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832045]; symbol=AT5G19250; hit=AT5G19250; species=arabidopsis; confidence=high
Arabidopsis	`AT5G19250` (AT5G19250) Glycoprotein membrane GPI-anchored [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832045] identity=72.4; qcov=0.736; evalue=1.18e-73; confidence=high
Rice	`Os07g0645000` (OJ1458_B07.124) - identity=51; qcov=0.964; evalue=1.14e-63; confidence=high
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF25884 (At5g19230)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131020925

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cell membrane	细胞膜	1.00000	`XP_057805959.1`
2	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057805959.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057805959.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057805959.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057805959.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr4:55707912`	`TC`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	12	B138,B19,B56,B79,B96,C16,C20,C21,C26,C73,C74,C80
`Chr4:55708033`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B123,B129,B29,B37
`Chr4:55708039`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B25,B61
`Chr4:55708078`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A20,B104,B19,B4
`Chr4:55708360`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A22,C38,C65
`Chr4:55708388`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B102,D7
`Chr4:55708422`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C35
`Chr4:55713224`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057805959.1

197 aa

197

At5g19230

PF25884 At5g19230 26-152 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057805959.1`	Pfam	`PF25884`	At5g19230	Domain	26	152	7.1e-59	197.8	Uncharacterized GPI-anchored protein At5g19230-like domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057949976.1
AATATAAGCAAAAAAAATCAACATAAAGCTGATCTAGAAAGCGACATGCTAACGAAACGACGCCGCACCGGATTTTCATATAAACCATAACCGCGTCGCGACCAAGATTTTAATTTTCCTTTTTCTTCACACTTGGCTTCGCACAAGCTCAGCTCCAACTCCTCTTCAATGGCGTCTCTCTCTCATCTTCTCTTTCTCTCTCTACTGCTTCGCTCCGCTCTGATCATCAAATGCGACGACGAGGAAGACGATCTTCTTCA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131020925
ATGGCGTCTCTCTCTCATCTTCTCTTTCTCTCTCTACTGCTTCGCTCCGCTCTGATCATCAAATGCGACGACGAGGAAGACGATCTTCTTCAAGGGATCAACCAGTACCGGACGTCCCTAAACTTGACGTCTCTAACCAAGAGCGAGCGAGCAGAATGCCTAGCGAGTGAAGTCGCGGATCAGTTCAAGAACCAACCCTGCACCAACACCACGGGCGCCAACACCGTGCCCGGAACCGAGCCTCAGATCTCCAGCTTCCC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057805959.1
MASLSHLLFLSLLLRSALIIKCDDEEDDLLQGINQYRTSLNLTSLTKSERAECLASEVADQFKNQPCTNTTGANTVPGTEPQISSFPNLLTKCHLNVTTTRDGQILPACVPNLDPALVLSNFTKSLYSGYLNDTKFSGVGIGSEDNWIVVVLTTSTPEGNYSPGSSQGNDDDNGAAGLSPVGAVVLLLAGLFMLMSM

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器