当前解析结果
SmilChr04G004062| 统一新 Gene ID | SmilChr04G004062 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr04G004062 |
| 描述 | DUF21 domain-containing protein At4g14240 |
| 染色体 / SeqID | Chr04 / NC_080390.1 |
| 坐标与链方向 | 55766855 - 55771217 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131020932 |
|---|---|
| GeneID | 131020932 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131020932 |
| 原始查询 | LOC131020932 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | DUF21 domain-containing protein At4g14240 |
| 产物 | DUF21 domain-containing protein At4g14240 |
| Arabidopsis | AT4G14240 (AT4G14240)CBS domain protein with a domain protein (DUF21) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:827065] identity=77; qcov=0.986; evalue=0; confidence=high |
| Rice | Os05g0395300 (OsCBSDUF1)- identity=75.5; qcov=0.968; evalue=0; confidence=high |
| GO | GO:0010960 (magnesium ion homeostasis); GO:0043231 (intracellular membrane-bounded organelle) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF01595 (CNNM) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131020932 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cell membrane | 细胞膜 | 1.00000 | XP_057805964.1 |
| 2 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057805964.1 |
| 3 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057805964.1 |
| 4 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057805964.1 |
| 5 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057805964.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr4:55767094 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B112,B37,C14 |
Chr4:55767122 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C36 |
Chr4:55767259 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B19,B75,C36 |
Chr4:55767294 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B53,C4 |
Chr4:55769217 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | A6,B51,D2 |
Chr4:55770268 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B19,B75,C36 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057805964.1PF01595
CNNM 44-215 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057805964.1 |
Pfam | PF01595 |
CNNM | Domain | 44 | 215 | 8.4e-34 | 117.5 | Cyclin M transmembrane N-terminal domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。