当前解析结果
SmilChr04G004070| 统一新 Gene ID | SmilChr04G004070 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr04G004070 |
| 描述 | protein ABCI12, chloroplastic |
| 染色体 / SeqID | Chr04 / NC_080390.1 |
| 坐标与链方向 | 55797356 - 55799899 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131020942 |
|---|---|
| GeneID | 131020942 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131020942 |
| 原始查询 | LOC131020942 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | protein ABCI12, chloroplastic |
| 产物 | protein ABCI12%2C chloroplastic |
| Arabidopsis | AT3G21580 (ABCI12)cobalt ion transmembrane transporter [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:821712] identity=63.4; qcov=0.845; evalue=1.83e-138; confidence=high |
| Rice | Os05g0400600 (OsABCI8)- identity=57.4; qcov=0.92; evalue=1.47e-133; confidence=high |
| GO | GO:0009507 (chloroplast) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF02361 (CbiQ) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131020942 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Chloroplast | 叶绿体 | 1.00000 | XP_057805976.1 |
| 2 | Chloroplast membrane | 叶绿体膜 | 1.00000 | XP_057805976.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057805976.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057805976.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057805976.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr4:55797571 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B16,C72 |
Chr4:55798247 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C48 |
Chr4:55798316 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C37,C38 |
Chr4:55798541 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B46,C17 |
Chr4:55798542 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B140,B64,C24 |
Chr4:55798543 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B32 |
Chr4:55798612 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C37,C38 |
Chr4:55798613 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C79 |
Chr4:55798639 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C37,C38 |
Chr4:55798640 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C37,C38 |
Chr4:55799235 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D10 |
Chr4:55799357 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | A6,B51,D2 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057805976.1PF02361
CbiQ 96-336 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057805976.1 |
Pfam | PF02361 |
CbiQ | Family | 96 | 336 | 1.7e-19 | 71.1 | Cobalt transport protein |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。