当前解析结果
SmilChr04G004083| 统一新 Gene ID | SmilChr04G004083 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr04G004083 |
| 描述 | acyl carrier protein 1, chloroplastic-like |
| 染色体 / SeqID | Chr04 / NC_080390.1 |
| 坐标与链方向 | 55874993 - 55877464 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131020957 |
|---|---|
| GeneID | 131020957 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131020957 |
| 原始查询 | LOC131020957 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | acyl carrier protein 1, chloroplastic-like |
| 产物 | acyl carrier protein 1%2C chloroplastic-like |
| Arabidopsis | AT5G27200 (ACP5)acyl carrier protein 5 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832778] identity=53.2; qcov=1.05; evalue=3.31e-38; confidence=medium |
| Rice | Os08g0549300- identity=62.6; qcov=0.858; evalue=6.32e-37; confidence=medium |
| GO | GO:0000036 (acyl carrier activity); GO:0006633 (fatty acid biosynthetic process) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00550 (PP-binding) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131020957 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Chloroplast | 叶绿体 | 1.00000 | XP_057805996.1 |
| 2 | Chloroplast stroma | 叶绿体基质 | 0.80000 | XP_057805996.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057805996.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057805996.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057805996.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr4:55876139 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C34 |
Chr4:55876141 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | A5,B33,B48 |
Chr4:55877275 |
AGT |
A |
2bp_deletion | frameshift_variant | 1 | C34 |
Chr4:55877275 |
AGT |
A |
2bp_deletion | CDS_variant | 1 | C34 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057805996.1PF00550
PP-binding 61-127 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057805996.1 |
Pfam | PF00550 |
PP-binding | Domain | 61 | 127 | 4.1e-08 | 34.1 | Phosphopantetheine attachment site |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。