Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G004083

染色体: Chr04 坐标: 55874993-55877464 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G004083
名称SmilChr04G004083
描述acyl carrier protein 1, chloroplastic-like
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向55874993 - 55877464 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131020957
GeneID131020957
locus_tag-
NCBI NameLOC131020957
原始查询LOC131020957

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述acyl carrier protein 1, chloroplastic-like
产物acyl carrier protein 1%2C chloroplastic-like
ArabidopsisAT5G27200 (ACP5)
acyl carrier protein 5 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832778]
identity=53.2; qcov=1.05; evalue=3.31e-38; confidence=medium
RiceOs08g0549300
-
identity=62.6; qcov=0.858; evalue=6.32e-37; confidence=medium
GOGO:0000036 (acyl carrier activity); GO:0006633 (fatty acid biosynthetic process)
KEGG-
PfamPF00550 (PP-binding)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131020957

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Chloroplast 叶绿体 1.00000 XP_057805996.1
2 Chloroplast stroma 叶绿体基质 0.80000 XP_057805996.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057805996.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057805996.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057805996.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:55876139 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C34
Chr4:55876141 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A5,B33,B48
Chr4:55877275 AGT A 2bp_deletion frameshift_variant 1 C34
Chr4:55877275 AGT A 2bp_deletion CDS_variant 1 C34

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057805996.1
134 aa
N
1
67
134
PP-binding
C
PF00550 PP-binding 61-127 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057805996.1 Pfam PF00550 PP-binding Domain 61 127 4.1e-08 34.1 Phosphopantetheine attachment site

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057950013.1
TAAAACAGCGGCAGAACTCTTCCACTCTCTCTCACTTCTCTCTCTTCCCTCTCTACTCTACACTCAAGCCATTCACACTCTTCGTGCTCTCCGCCACCTTCTCTTCTTTCTTCTTCCTTGTCAAATTTTCAGATCCAAATTGAGTTTTTTCCTGTTCCTTTTGATCCCATCAGATATGGCTTCTTTCACTGCTTCCTCTGTTTCTCTATCCTCCGCCTTTTGCTCGTTCAAGCAGAGCCAGGCTTCTAATTTGAGGAAGG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131020957
ATGGCTTCTTTCACTGCTTCCTCTGTTTCTCTATCCTCCGCCTTTTGCTCGTTCAAGCAGAGCCAGGCTTCTAATTTGAGGAAGGCATCAGTTTCCTTCAGTGGAAAGAGCTTCCCTTCTCACAGGCTCCCGTTACCTCGTTTCCGAGTTTCCTGCGCGGCCAAGCCCGAGACAGTCAATAAAGTGGTTGAAATCGTGAAGAAGCAGTTGGCTCTTCCTGATGATCGAGAGGTCTGTGGAGACTCGAAGTTTCAAGTACT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057805996.1
MASFTASSVSLSSAFCSFKQSQASNLRKASVSFSGKSFPSHRLPLPRFRVSCAAKPETVNKVVEIVKKQLALPDDREVCGDSKFQVLGADSLDTVEIVMGLEEEFGICVEEESAQSITTVQEAADLIEELLEKK

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器