Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G004088

染色体: Chr04 坐标: 55904293-55905948 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G004088
名称SmilChr04G004088
描述UDP-glucosyltransferase 29-like
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向55904293 - 55905948 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131020962
GeneID131020962
locus_tag-
NCBI NameLOC131020962
原始查询LOC131020962

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述UDP-glucosyltransferase 29-like
产物UDP-glucosyltransferase 29-like
ArabidopsisAT5G49690 (AT5G49690)
UDP-Glycosyltransferase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835032]
identity=33.2; qcov=1.06; evalue=4.47e-66; confidence=low
RiceOs07g0672700
-
identity=41.6; qcov=1.08; evalue=5.37e-113; confidence=medium
GOGO:0008194 (UDP-glycosyltransferase activity)
KEGG-
PfamPF00201 (UDPGT); PF26168 (Glyco_transf_N)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131020962

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057806000.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057806000.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057806000.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057806000.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057806000.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:55904427 AAT A 2bp_deletion frameshift_variant 123 A10,A11,A14,A18,A19,A22,A23,A24,A25,A3,A5,A9,B1,B101,B102,B108,B112,B113,B117,B119,B12,B124,B125,B129,B13,B130,B131,B132,B134,B135,B136,B137,B138,B139,B14,B15,B16,B17,B24,B26,B27,B29,B37,B4,B40,B42,B43,B44,B49,B52,B54,B55,B57,B59,B6,B61,B62,B63,B64,B65,B66,B67,B7,B70,B73,B78,B79,B83,B84,B85,B86,B87,B88,B94,B95,B99,C1,C10,C15,C2,C20,C22,C23,C24,C25,C30,C32,C33,C38,C39,C4,C40,C42,C45,C47,C48,C5,C54,C55,C58,C59,C6,C61,C62,C63,C64,C66,C68,C71,C72,C76,C78,C80,C83,C84,C9,D1,D10,D2,D4,D5,D7,D8
Chr4:55904484 TG T 1bp_deletion frameshift_variant 5 A3,B12,B137,C61,C78
Chr4:55904484 TG T 1bp_deletion CDS_variant 5 A3,B12,B137,C61,C78
Chr4:55904498 CCT C 2bp_deletion frameshift_variant 1 B63
Chr4:55904498 CCT C 2bp_deletion CDS_variant 1 B63
Chr4:55904521 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A3,B12,B137,C61,C78
Chr4:55904594 AC A 1bp_deletion frameshift_variant 9 A20,A4,A8,B107,B18,B68,C19,C21,C75
Chr4:55904610 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C72
Chr4:55904685 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B137,C61,C78
Chr4:55904719 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A10,C70,C75
Chr4:55904735 C CCT 2bp_insertion frameshift_variant 8 A20,A8,B107,B114,B2,B97,C21,C75
Chr4:55904769 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D7

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057806000.1
449 aa
N
1
224
449
Glyco_transf_N
UDPGT
C
PF26168 Glyco_transf_N 9-140 aa PF00201 UDPGT 256-409 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057806000.1 Pfam PF26168 Glyco_transf_N Domain 9 140 1.8e-08 35.3 Glycosyltransferase, N-terminal domain
XP_057806000.1 Pfam PF00201 UDPGT Family 256 409 2.6e-19 70.2 UDP-glucoronosyl and UDP-glucosyl transferase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057950017.1
ATTTTCCTCGATCCACCAAATTATTGAATCACTACAACAAAGTGATCTTTGAGAGTTTTTTTTTTTTTTTAAGAGTTTTTTTTATGTCATATAATGAAGCTTCGTTAGAGAGATCGAGATAGAGTTGTAGCAACAATGGATGCAAAACAAAGTGATGATTTGAGGGTTTTGATGTTCCCATGGTTGGCTCATGGCCATGTTTTCCCCTTTCTTGAACTAGCCAAAGGCCTAGCCAAGAAGCACTTCCACATTTACTTTTG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131020962
ATGGATGCAAAACAAAGTGATGATTTGAGGGTTTTGATGTTCCCATGGTTGGCTCATGGCCATGTTTTCCCCTTTCTTGAACTAGCCAAAGGCCTAGCCAAGAAGCACTTCCACATTTACTTTTGCTCCACTCCCATCAACCTCGACTCCATCAAAAATCACTTGAACAACAACAACAATAACAACAACAACGACGCTGATGATCATCGTGTCTCGATCGAGCTGGTCGAGCTCCATCTCCCAACCCTACCTGAGCTCCC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057806000.1
MDAKQSDDLRVLMFPWLAHGHVFPFLELAKGLAKKHFHIYFCSTPINLDSIKNHLNNNNNNNNNDADDHRVSIELVELHLPTLPELPPHYHTTKNIPPHLMPTLMGAFHASAPAFSAIIARLKPDLLIYDGFQPWAARAAAAQGIPPVLFATSGSTALAFFHHLHTHKSWDTFPFEDIRPKEHEKRDMIAAGESIKVSNVDGADLFCFGIFELSCEIVLIKTYRGFESKYMDYLSRLCERKLVPTGPLISHGDDHEDQDL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器