Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr04G004092`

染色体: Chr04 坐标: 55917490-55920959 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr04G004092`
名称	SmilChr04G004092
描述	lipase-like
染色体 / SeqID	Chr04 / NC_080390.1
坐标与链方向	55917490 - 55920959 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131020966`
GeneID	`131020966`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131020966`
原始查询	`LOC131020966`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	lipase-like
产物	lipase-like
Arabidopsis	`AT5G18630` (AT5G18630) alpha/beta-Hydrolases superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831981] identity=61.4; qcov=1.01; evalue=6.93e-155; confidence=high
Rice	`Os05g0372400` - identity=58.8; qcov=1.01; evalue=4.71e-153; confidence=high
GO	GO:0006629 (lipid metabolic process)
KEGG	-
Pfam	PF01764 (Lipase_3)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131020966

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Vacuole	液泡	0.80000	`XP_057806005.1`
2	Secreted	分泌到胞外	0.20000	`XP_057806005.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057806005.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057806005.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057806005.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr4:55917743`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A3,B12,B137,C61,C78
`Chr4:55917756`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A11,B101,B98,C35,C42
`Chr4:55917778`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A18,B136,C50,D6
`Chr4:55917798`	`GC`	`G`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	B4
`Chr4:55917798`	`GC`	`G`	1bp_deletion	CDS_variant	1	B4
`Chr4:55917799`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	C76,D11,D8
`Chr4:55917860`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A11,B101,B98,C35,C42
`Chr4:55918521`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B136,C50,D6
`Chr4:55919190`	`G`	`GT`	1bp_insertion	stop_gained,frameshift_variant	8	B51,B56,B95,B96,C21,C31,C73,C84
`Chr4:55920832`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B84
`Chr4:55920882`	`G`	`GT`	1bp_insertion	frameshift_variant	5	B21,B32,B34,C11,C69
`Chr4:55920882`	`G`	`GT`	1bp_insertion	CDS_variant	5	B21,B32,B34,C11,C69

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057806005.1

383 aa

192

383

Lipase_3

PF01764 Lipase_3 139-277 aa

XP_057806006.1

345 aa

172

345

Lipase_3

PF01764 Lipase_3 101-239 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057806005.1`	Pfam	`PF01764`	Lipase_3	Domain	139	277	8.2e-36	123.7	Lipase (class 3)
`XP_057806006.1`	Pfam	`PF01764`	Lipase_3	Domain	101	239	6.5e-36	124.0	Lipase (class 3)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA

XM_057950023.1
GGGTTTGGGCTGTTATTTGAAGTTCGCGGATTTTTTATTTAAAACTACGGTATTTTTTATGTCCCAATCCGCGAAAACACGAAAACGACGACGTTCGGTTTCTTCTCGCGGCGGCCGATCATCGGAAGACCGGCGACCCGGTTCATGCCGGACCTTCGAATTTGACGCCGGCAATCCTCTTCTGTTCATACGACGGCGTTTCGCGTATGGAGAAAAGGGCTTTGTTGATTGTGGGAGTATTCATTACCTTATTTGCAGTT...

XM_057950022.1
TTTTTTATGTCCCAATCCGCGAAAACACGAAAACGACGACGTTCGGTTTCTTCTCGCGGCGGCCGATCATCGGAAGACCGGCGACCCGGTTCATGCCGGACCTTCGAATTTGACGCCGGTATGGAGAAAAGGGCTTTGTTGATTGTGGGAGTATTCATTACCTTATTTGCAGTTACATCTTGCAGAGAGTTGAAGGTGAAGCACAAGCATCTTCAGTTGGCGCCTTACAATCACACAGCTGCAAGAATTGTGGTGCAATA...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA

LOC131020966
ATGTCCCAATCCGCGAAAACACGAAAACGACGACGTTCGGTTTCTTCTCGCGGCGGCCGATCATCGGAAGACCGGCGACCCGGTTCATGCCGGACCTTCGAATTTGACGCCGGTATGGAGAAAAGGGCTTTGTTGATTGTGGGAGTATTCATTACCTTATTTGCAGTTACATCTTGCAGAGAGTTGAAGGTGAAGCACAAGCATCTTCAGTTGGCGCCTTACAATCACACAGCTGCAAGAATTGTGGTGCAATATGCTTC...

LOC131020966
ATGGAGAAAAGGGCTTTGTTGATTGTGGGAGTATTCATTACCTTATTTGCAGTTACATCTTGCAGAGAGTTGAAGGTGAAGCACAAGCATCTTCAGTTGGCGCCTTACAATCACACAGCTGCAAGAATTGTGGTGCAATATGCTTCTGCAGTCTATTTGTCAGACTTGACCGAATTATTTACATGGACTTGCTCAAGGTGTGATGGTTTTATTGAGGATTTTGAAATCGTTGAGCTGATTGTTGATGTTAAACGCTGCTT...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA

XP_057806005.1
MSQSAKTRKRRRSVSSRGGRSSEDRRPGSCRTFEFDAGMEKRALLIVGVFITLFAVTSCRELKVKHKHLQLAPYNHTAARIVVQYASAVYLSDLTELFTWTCSRCDGFIEDFEIVELIVDVKRCLQAFVGVAADLNATVIAFRGTQETSLQNWVEDLFWKQLDTSYPGVEDAKVHHGFYSAYHNTTLRPGVISAIRKVKAFYGDIKVIVTGHSMGGAMASFCGLDLRLSLGEQNVQVMTFGQPRIGNAAFASYYNQVVPD...

XP_057806006.1
MEKRALLIVGVFITLFAVTSCRELKVKHKHLQLAPYNHTAARIVVQYASAVYLSDLTELFTWTCSRCDGFIEDFEIVELIVDVKRCLQAFVGVAADLNATVIAFRGTQETSLQNWVEDLFWKQLDTSYPGVEDAKVHHGFYSAYHNTTLRPGVISAIRKVKAFYGDIKVIVTGHSMGGAMASFCGLDLRLSLGEQNVQVMTFGQPRIGNAAFASYYNQVVPDTIRVTNGHDVVPHLPPYYHYFPQKTYHHFPREVWLYSN...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器