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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G001816

染色体: Chr01 坐标: 33095531-33099603 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G001816
名称SmilChr01G001816
描述uncharacterized SmilChr01G001816
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向33095531 - 33099603 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131020971
GeneID131020971
locus_tag-
NCBI NameLOC131020971
原始查询LOC131020971

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:825734]; symbol=AT4G04190; hit=AT4G04190; species=arabidopsis; confidence=medium
产物uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:825734]; symbol=AT4G04190; hit=AT4G04190; species=arabidopsis; confidence=medium
ArabidopsisAT4G04190 (AT4G04190)
uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:825734]
identity=65.7; qcov=0.74; evalue=3.09e-41; confidence=medium
RiceOs04g0410300
-
identity=64.7; qcov=0.699; evalue=1.17e-38; confidence=medium
GO-
KEGG-
PfamPF25086 (DUF7803)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131020971

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 1.00000 XP_057806015.1
2 Mitochondrion intermembrane space Mitochondrion intermembrane space 0.80000 XP_057806015.1
3 Mitochondrion outer membrane 线粒体外膜 0.40000 XP_057806040.1
4 Mitochondrion membrane 线粒体膜 0.20000 XP_057806015.1
5 Mitochondrion inner membrane 线粒体内膜 0.20000 XP_057806015.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:33097365 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr1:33097411 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr1:33097627 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057806015.1
177 aa
N
1
88
177
DUF7803
C
PF25086 DUF7803 1-177 aa
XP_057806024.1
177 aa
N
1
88
177
DUF7803
C
PF25086 DUF7803 1-177 aa
XP_057806032.1
177 aa
N
1
88
177
DUF7803
C
PF25086 DUF7803 1-177 aa
XP_057806040.1
146 aa
N
1
73
146
DUF7803
C
PF25086 DUF7803 47-146 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057806015.1 Pfam PF25086 DUF7803 Domain 1 177 1.6e-98 328.5 Domain of unknown function (DUF7803)
XP_057806024.1 Pfam PF25086 DUF7803 Domain 1 177 1.6e-98 328.5 Domain of unknown function (DUF7803)
XP_057806032.1 Pfam PF25086 DUF7803 Domain 1 177 1.6e-98 328.5 Domain of unknown function (DUF7803)
XP_057806040.1 Pfam PF25086 DUF7803 Domain 47 146 4.2e-45 154.4 Domain of unknown function (DUF7803)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

4 records

下载 cDNA FASTA
XM_057950041.1
AATAGAAATTGACAGTTTCAGTCACTTTTCCTCAGTCTTCACCTCTCCGGCCGGTCGCCGCCATCCTGCCCCGTCTCCATCTACATCTCCGTCGCAACAGAAGGCTGCCAGCTTTCCGAGTGCCAATGTCCAACAACAACAATAGTTGAGAAGCAAATTGCTGAAGCAAAATTTGCGTAATTCCGGAAAATTTTTCCAAGAGTATTTTGCTGCAGAAGTTTGATCGAGGAGGTTTTGCGGGATTAATAATCCGGTGGTGA...
XM_057950049.1
AATAGAAATTGACAGTTTCAGTCACTTTTCCTCAGTCTTCACCTCTCCGGCCGGTCGCCGCCATCCTGCCCCGTCTCCATCTACATCTCCGTCGCAACAGAAGGCTGCCAGCTTTCCGAGTGCCAATGTCCAACAACAACAATAGTTGAGAAGCAAATTGCTGAAGCAAAATTTGCGTAATTCCGGAAAATTTTTCCAAGAGTATTTTGCTGCAGAAGTTTGATCGAGGAGGTTTTGCGGGATTAATAATCCGGTGGTGA...

CDS

4 records

下载 CDS FASTA
LOC131020971
ATGGATGTTGATTCGAAGCCTGGCATGGAGGAAACTATACTGGTGGGTGATGATCTGATGATGGGGCCGCCTTCACCGGTGATTCCACCGGAGATAGCATCACATGTGCTCGAGGGAGTTAATCTCTGTGATGGGATTTTGCGAAATTTGTTCCTATGTCTGCAAATTAATGACATTGAGCCGTTCTGTCAAGATGAGATTGCATTGTATAAGCAATGTGCTGAGAGGAGGGATAAGGAACTTAGGCAGAGGCTGCAAGA...
LOC131020971
ATGGATGTTGATTCGAAGCCTGGCATGGAGGAAACTATACTGGTGGGTGATGATCTGATGATGGGGCCGCCTTCACCGGTGATTCCACCGGAGATAGCATCACATGTGCTCGAGGGAGTTAATCTCTGTGATGGGATTTTGCGAAATTTGTTCCTATGTCTGCAAATTAATGACATTGAGCCGTTCTGTCAAGATGAGATTGCATTGTATAAGCAATGTGCTGAGAGGAGGGATAAGGAACTTAGGCAGAGGCTGCAAGA...

Protein

4 records

下载 Protein FASTA
XP_057806015.1
MDVDSKPGMEETILVGDDLMMGPPSPVIPPEIASHVLEGVNLCDGILRNLFLCLQINDIEPFCQDEIALYKQCAERRDKELRQRLQDSERKLGMSMPLNLANERSSQLEAEATQLERRLILASGVEGMEGFRQRWSLHGRLTDTKKRLEALKLGMDSRKKDEPVGDSSAKKKRWFFW
XP_057806024.1
MDVDSKPGMEETILVGDDLMMGPPSPVIPPEIASHVLEGVNLCDGILRNLFLCLQINDIEPFCQDEIALYKQCAERRDKELRQRLQDSERKLGMSMPLNLANERSSQLEAEATQLERRLILASGVEGMEGFRQRWSLHGRLTDTKKRLEALKLGMDSRKKDEPVGDSSAKKKRWFFW

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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