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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G004102

染色体: Chr04 坐标: 55987179-55992696 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G004102
名称SmilChr04G004102
描述sucrose nonfermenting 4-like protein
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向55987179 - 55992696 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131020977
GeneID131020977
locus_tag-
NCBI NameLOC131020977
原始查询LOC131020977

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述sucrose nonfermenting 4-like protein
产物sucrose nonfermenting 4-like protein
ArabidopsisAT1G09020 (SNF4)
sucrose nonfermenting-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:837423]
identity=64.4; qcov=1.01; evalue=0; confidence=high
RiceOs03g0856400 (OsCBSX8)
-
identity=63.2; qcov=1.01; evalue=0; confidence=high
GO-
KEGG-
PfamPF00571 (CBS); PF16561 (AMPK1_CBM)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131020977

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057806019.1
2 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057806019.1
3 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057806019.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057806019.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057806019.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:55987608 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B25,B61
Chr4:55987631 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B125
Chr4:55987705 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B134,B55,B62,B87,C48
Chr4:55987706 TG T 1bp_deletion frameshift_variant 78 A1,A11,A2,A21,A24,A3,A6,A9,B10,B102,B104,B110,B112,B113,B114,B12,B122,B123,B124,B140,B21,B23,B24,B29,B3,B32,B33,B35,B37,B41,B42,B43,B55,B57,B61,B68,B69,B71,B72,B74,B75,B76,B82,B9,B95,C12,C14,C15,C19,C20,C21,C23,C24,C26,C3,C33,C34,C35,C36,C37,C4,C42,C44,C54,C56,C57,C6,C61,C63,C71,C72,C73,C75,C76,C8,C82,C9,D8
Chr4:55987798 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B128,B40,B6,C63,D8
Chr4:55987855 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A20,B30,C41
Chr4:55987869 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C11,C69
Chr4:55988848 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B136,B25,B61,D6
Chr4:55989192 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B55
Chr4:55989199 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B62,C48
Chr4:55989685 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B78,C11,C69,C72
Chr4:55990336 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B125

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057806019.1
491 aa
N
1
246
491
AMPK1_CBM
CBS
CBS
C
PF16561 AMPK1_CBM 17-101 aa PF00571 CBS 175-222 aa PF00571 CBS 355-402 aa
XP_057806020.1
491 aa
N
1
246
491
AMPK1_CBM
CBS
CBS
C
PF16561 AMPK1_CBM 17-101 aa PF00571 CBS 175-222 aa PF00571 CBS 355-402 aa
XP_057806021.1
490 aa
N
1
245
490
AMPK1_CBM
CBS
CBS
CBS
C
PF16561 AMPK1_CBM 17-101 aa PF00571 CBS 175-222 aa PF00571 CBS 355-402 aa PF00571 CBS 442-488 aa
XP_057806022.1
490 aa
N
1
245
490
AMPK1_CBM
CBS
CBS
CBS
C
PF16561 AMPK1_CBM 17-101 aa PF00571 CBS 175-222 aa PF00571 CBS 355-402 aa PF00571 CBS 442-488 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057806019.1 Pfam PF16561 AMPK1_CBM Family 17 101 9e-26 90.6 Glycogen recognition site of AMP-activated protein kinase
XP_057806019.1 Pfam PF00571 CBS Domain 175 222 6.6e-17 62.3 CBS domain
XP_057806019.1 Pfam PF00571 CBS Domain 355 402 6.6e-17 62.3 CBS domain
XP_057806020.1 Pfam PF16561 AMPK1_CBM Family 17 101 9e-26 90.6 Glycogen recognition site of AMP-activated protein kinase
XP_057806020.1 Pfam PF00571 CBS Domain 175 222 6.6e-17 62.3 CBS domain
XP_057806020.1 Pfam PF00571 CBS Domain 355 402 6.6e-17 62.3 CBS domain
XP_057806021.1 Pfam PF16561 AMPK1_CBM Family 17 101 9e-26 90.6 Glycogen recognition site of AMP-activated protein kinase
XP_057806021.1 Pfam PF00571 CBS Domain 175 222 1.8e-24 86.5 CBS domain
XP_057806021.1 Pfam PF00571 CBS Domain 355 402 1.8e-24 86.5 CBS domain
XP_057806021.1 Pfam PF00571 CBS Domain 442 488 1.8e-24 86.5 CBS domain
XP_057806022.1 Pfam PF16561 AMPK1_CBM Family 17 101 9e-26 90.6 Glycogen recognition site of AMP-activated protein kinase
XP_057806022.1 Pfam PF00571 CBS Domain 175 222 1.8e-24 86.5 CBS domain
XP_057806022.1 Pfam PF00571 CBS Domain 355 402 1.8e-24 86.5 CBS domain
XP_057806022.1 Pfam PF00571 CBS Domain 442 488 1.8e-24 86.5 CBS domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

4 records

下载 cDNA FASTA
XM_057950038.1
CTAAATAAAAATATTCAAAACTGGAATATTTTAGGGTTAGGAAATTTATTCTCTCTCCCAATATTCTCATTGAATTCTATGTCTAAATACCCTCAGCTCTCTCGTCTTGTCGAAAATTTTCCATTTTGATGCTCCCTGCTTTGCGTTTTCCGCCCAATTGTTCCTCTTCCTTAGGGTTTTGAATTATTCCGTTCTTAGCTTTGATTATTAGCTTTTATAGATTCAAGAAGTTGAGTGTTTCCATCAAATTATGGTTTTGG...
XM_057950039.1
AAACTGGAATATTTTAGGGTTAGGAAATTTATTCTCTCTCCCAATATTCTCATTGAATTCTATGTCTAAATACCCTCAGCTCTCTCGTCTTGTCGAAAATTTTCCATTTTGATGCTCCCTGCTTTGCGTTTTCCGCCCAATTGTTCCTCTTCCTTAGGGTTTTGAATTATTCCGTTCTTAGCTTTGATTATTAGCTTTTATAGATTCAAGAAGTTGAGTGTTTCCATCAAATTATGGTTTTGGAAGTAATTTAGTTGTGA...

CDS

4 records

下载 CDS FASTA
LOC131020977
ATGTACCCTCTTGATATGGATTATTCGCGCGAAAGTGGAATGGTGTTGATTCCGACGCGGTTTGTGTGGCGTTATGGTGGGAGAATTGTGTATATTAGTGGCTCTTTTACCGGGTGGACACAATGGCCAATGACCCCGGTTGAGGGGTGTCCTACAGTGTTTCAAACAATTTGCAGTCTTCCACCCGGTTATCACCAGTACAAATTTGTGGTTGACGGTGAATGGAGACATGATGAGCACCAGCCTTCTGTCAATAGTAA...
LOC131020977
ATGTACCCTCTTGATATGGATTATTCGCGCGAAAGTGGAATGGTGTTGATTCCGACGCGGTTTGTGTGGCGTTATGGTGGGAGAATTGTGTATATTAGTGGCTCTTTTACCGGGTGGACACAATGGCCAATGACCCCGGTTGAGGGGTGTCCTACAGTGTTTCAAACAATTTGCAGTCTTCCACCCGGTTATCACCAGTACAAATTTGTGGTTGACGGTGAATGGAGACATGATGAGCACCAGCCTTCTGTCAATAGTAA...

Protein

4 records

下载 Protein FASTA
XP_057806019.1
MYPLDMDYSRESGMVLIPTRFVWRYGGRIVYISGSFTGWTQWPMTPVEGCPTVFQTICSLPPGYHQYKFVVDGEWRHDEHQPSVNSNIGTVNTILLTTEADYLTPMLSPQAPPSGHGSSMDVDNEGFQRVVRVSDSTSPEPFPTISEADVDVSRHRIAVFLSAHKAYELLPESGKVIALDVELPVKQAFHILHEQGISMAPLWDFSKGKFVGVLSAMDFILIMRELGRHGSNLTEEELETHTISAWKEAKSYLNNQINGQ...
XP_057806020.1
MYPLDMDYSRESGMVLIPTRFVWRYGGRIVYISGSFTGWTQWPMTPVEGCPTVFQTICSLPPGYHQYKFVVDGEWRHDEHQPSVNSNIGTVNTILLTTEADYLTPMLSPQAPPSGHGSSMDVDNEGFQRVVRVSDSTSPEPFPTISEADVDVSRHRIAVFLSAHKAYELLPESGKVIALDVELPVKQAFHILHEQGISMAPLWDFSKGKFVGVLSAMDFILIMRELGRHGSNLTEEELETHTISAWKEAKSYLNNQINGQ...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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