Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G004105

染色体: Chr04 坐标: 56013638-56016249 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G004105
名称SmilChr04G004105
描述uncharacterized SmilChr04G004105
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向56013638 - 56016249 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131020982
GeneID131020982
locus_tag-
NCBI NameLOC131020982
原始查询LOC131020982

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述dynein beta chain, ciliary protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:821694]; symbol=AT3G21400; hit=AT3G21400; species=arabidopsis; confidence=high
产物dynein beta chain, ciliary protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:821694]; symbol=AT3G21400; hit=AT3G21400; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT3G21400 (AT3G21400)
dynein beta chain, ciliary protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:821694]
identity=54.2; qcov=1; evalue=1.47e-63; confidence=high
RiceOs12g0540700
-
identity=53.1; qcov=0.677; evalue=1.45e-43; confidence=medium
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131020982

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 1.00000 XP_057806031.1
2 Mitochondrion matrix 线粒体基质 0.60000 XP_057806031.1
3 Mitochondrion membrane 线粒体膜 0.40000 XP_057806031.1
4 Mitochondrion inner membrane 线粒体内膜 0.40000 XP_057806031.1
5 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057806031.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:56013890 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A18
Chr4:56015169 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B73,B8,B83
Chr4:56015176 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B59,B9,C20,C72

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057950048.1
ATAAGCAAGTATACGTGGAAGCTCAGTTCTCGCACCAGCTACCAAACTCGAATATTTCTGCAATTACTGGAAGAAATAACACAGATTTCTCTGATTTGCATTTCAGTTTTTGATCGAGATACGTTTAGAAAGAGGATACAAATTTCTGGGCTACCCACGAAATTCAGAGAAAGCAAATACAGCATCGAATTTTTTGATTTTGTTTTGGTAAAAAATGGGTCAGGCATTTCGTCGAGCAACTGGAAGGATTGGCAGCTCCG...
XM_057950050.1
TGGAAGCTCAGTTCTCGCACCAGCTACCAAACTCGAATATTTCTGCAATTACTGGAAGAAATAACACAGATTTCTCTGATTTGCATTTCAGTTTTTGATCGAGATACGTTTAGAAAGAGGATACAAATTTCTGGGCTACCCACGAAATTCAGAGAAAGCAAATACAGCATCGAATTTTTTGATTTTGTTTTGGTAAAAAATGGGTCAGGCATTTCGTCGAGCAACTGGAAGGATTGGCAGCTCCGCAGTCGATACGACGT...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC131020982
ATGGGTCAGGCATTTCGTCGAGCAACTGGAAGGATTGGCAGCTCCGCAGTCGATACGACGTCGCAGCTCCGGAAACCCATTGAGCGGCCGCCAGCTCCGCCTCCACCACATTCTTCTGTTCCCGTTGACAAAAACCCAGCTGCTGACATCACTCAAGGTTCCGAGGGTGCATCAAGAGTGAAAGCAGAAAATGTCCTTGAGGAACGAGACCCGCAATATGATTCCATGCTCAGCCAAATGGTGGGTAGAATTCAAGCAAA...
LOC131020982
ATGGGTCAGGCATTTCGTCGAGCAACTGGAAGGATTGGCAGCTCCGCAGTCGATACGACGTCGCAGCTCCGGAAACCCATTGAGCGGCCGCCAGCTCCGCCTCCACCACATTCTTCTGTTCCCGTTGACAAAAACCCAGCTGCTGACATCACTCAAGAGGGTGCATCAAGAGTGAAAGCAGAAAATGTCCTTGAGGAACGAGACCCGCAATATGATTCCATGCTCAGCCAAATGGTGGGTAGAATTCAAGCAAAGCCTGG...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057806031.1
MGQAFRRATGRIGSSAVDTTSQLRKPIERPPAPPPPHSSVPVDKNPAADITQGSEGASRVKAENVLEERDPQYDSMLSQMVGRIQAKPGGKLEMGEATVVKSYKRPLPKLRNTKPDSSRYEDRSAPPGTLKIAQLRQIILLHEGKSDEHDGPMDAGQIAERFRIDVAQVQNILQFVSLPPEDDSKKKNDQE
XP_057806033.1
MGQAFRRATGRIGSSAVDTTSQLRKPIERPPAPPPPHSSVPVDKNPAADITQEGASRVKAENVLEERDPQYDSMLSQMVGRIQAKPGGKLEMGEATVVKSYKRPLPKLRNTKPDSSRYEDRSAPPGTLKIAQLRQIILLHEGKSDEHDGPMDAGQIAERFRIDVAQVQNILQFVSLPPEDDSKKKNDQE

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器