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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G004126

染色体: Chr04 坐标: 56101720-56105968 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G004126
名称SmilChr04G004126
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At4g04370-like
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向56101720 - 56105968 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131021001
GeneID131021001
locus_tag-
NCBI NameLOC131021001
原始查询LOC131021001

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At4g04370-like
产物pentatricopeptide repeat-containing protein At4g04370-like
ArabidopsisAT4G04370 (AT4G04370)
Tetratricopeptide repeat (TPR)-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:825757]
identity=50.2; qcov=0.947; evalue=0; confidence=high
RiceOs03g0781100
-
identity=35; qcov=0.898; evalue=1.04e-137; confidence=low
GOGO:0003723 (RNA binding); GO:0005515 (protein binding); GO:0009451 (RNA modification)
KEGG-
PfamPF01535 (PPR); PF13041 (PPR_2); PF13812 (PPR_3); PF20431 (E_motif)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131021001

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 0.80000 XP_057806054.1
2 Chloroplast 叶绿体 0.20000 XP_057806054.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057806054.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057806054.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057806054.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:56103920 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C12
Chr4:56104468 CTG C 2bp_deletion frameshift_variant 1 C65
Chr4:56104468 CTG C 2bp_deletion CDS_variant 1 C65
Chr4:56104492 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr4:56104515 CTG C 2bp_deletion frameshift_variant 1 B53
Chr4:56104515 CTG C 2bp_deletion CDS_variant 1 B53
Chr4:56104547 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C56
Chr4:56104601 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A15,C62
Chr4:56104659 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B121,B19,B54,C85,D2
Chr4:56104996 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C38,C51
Chr4:56105031 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B32,B41,C11,C69
Chr4:56105148 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B50

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057806054.1
755 aa
N
1
378
755
PPR
PPR_2
PPR
PPR
PPR_2
PPR_3
PPR
PPR
PPR_2
PPR
PPR
PPR_2
PPR
PPR
PPR
PPR
PPR
E_motif
C
PF01535 PPR 98-125 aa PF13041 PPR_2 124-164 aa PF01535 PPR 127-156 aa PF01535 PPR 196-222 aa PF13041 PPR_2 221-270 aa PF13812 PPR_3 222-266 aa PF01535 PPR 224-251 aa PF01535 PPR 297-318 aa PF13041 PPR_2 322-370 aa PF01535 PPR 325-354 aa PF01535 PPR 398-425 aa PF13041 PPR_2 423-471 aa PF01535 PPR 426-453 aa PF01535 PPR 499-524 aa PF01535 PPR 527-556 aa PF01535 PPR 562-588 aa PF01535 PPR 603-626 aa PF20431 E_motif 644-704 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057806054.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 98 125 7.4e-76 246.0 PPR repeat
XP_057806054.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 124 164 4.8e-80 264.2 PPR repeat family
XP_057806054.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 127 156 7.4e-76 246.0 PPR repeat
XP_057806054.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 196 222 7.4e-76 246.0 PPR repeat
XP_057806054.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 221 270 4.8e-80 264.2 PPR repeat family
XP_057806054.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 222 266 8e-26 90.6 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057806054.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 224 251 7.4e-76 246.0 PPR repeat
XP_057806054.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 297 318 7.4e-76 246.0 PPR repeat
XP_057806054.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 322 370 4.8e-80 264.2 PPR repeat family
XP_057806054.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 325 354 7.4e-76 246.0 PPR repeat
XP_057806054.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 398 425 7.4e-76 246.0 PPR repeat
XP_057806054.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 423 471 4.8e-80 264.2 PPR repeat family
XP_057806054.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 426 453 7.4e-76 246.0 PPR repeat
XP_057806054.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 499 524 7.4e-76 246.0 PPR repeat
XP_057806054.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 527 556 7.4e-76 246.0 PPR repeat
XP_057806054.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 562 588 7.4e-76 246.0 PPR repeat
XP_057806054.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 603 626 7.4e-76 246.0 PPR repeat
XP_057806054.1 Pfam PF20431 E_motif Repeat 644 704 1.4e-09 38.8 E motif

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057950071.1
ATGAAGAAGCTCAAGCTGACTTACCACTACCCTCCGAAGCCACCAACCGCCGCCGAAGCCACCACCGCAAAATCTTTCAATGCCACCATCACCGGCCTATCCGCCCAAGGCTTCCACCGCGAAGTCGTCGTGGCCTTTGCCTCCATGCTCGAATCCCCCAATACTCACCCAGACGCCTTCACATACCCTTCCGTACTCAAGGCCTGCGCATCGCTCGGCCTCTTCTCCCTCGGCCTCCATCTCCACCAACAGATCACCGT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131021001
ATGAAGAAGCTCAAGCTGACTTACCACTACCCTCCGAAGCCACCAACCGCCGCCGAAGCCACCACCGCAAAATCTTTCAATGCCACCATCACCGGCCTATCCGCCCAAGGCTTCCACCGCGAAGTCGTCGTGGCCTTTGCCTCCATGCTCGAATCCCCCAATACTCACCCAGACGCCTTCACATACCCTTCCGTACTCAAGGCCTGCGCATCGCTCGGCCTCTTCTCCCTCGGCCTCCATCTCCACCAACAGATCACCGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057806054.1
MKKLKLTYHYPPKPPTAAEATTAKSFNATITGLSAQGFHREVVVAFASMLESPNTHPDAFTYPSVLKACASLGLFSLGLHLHQQITVNGFASDSYISSSLINFYAKFRNVGDARKVFDRMPHRNIVPWTSIIWCYSHAGDIRDAFALYNSMQYEGIVPSPVTILNVLSGAKESGHVDVLHACIVKRGYGCELALMNCLLSAYFKCGRVEDARKLFELLDEKDIVSWNSLINAFSVVGNLREVVCLFLRMRLNKLEPDQKT...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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