Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr04G004142`

染色体: Chr04 坐标: 56185772-56186439 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr04G004142`
名称	SmilChr04G004142
描述	60S ribosomal protein L29-1-like
染色体 / SeqID	Chr04 / NC_080390.1
坐标与链方向	56185772 - 56186439 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131021021`
GeneID	`131021021`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131021021`
原始查询	`LOC131021021`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	60S ribosomal protein L29-1-like
产物	60S ribosomal protein L29-1-like
Arabidopsis	`AT3G06700` (AT3G06700) Ribosomal L29e protein family [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:819855] identity=73.3; qcov=1; evalue=2.21e-26; confidence=medium
Rice	`Os01g0304000` - identity=83.3; qcov=1; evalue=5.66e-32; confidence=medium
GO	GO:0002181 (cytoplasmic translation); GO:0003735 (structural constituent of ribosome); GO:0005840 (ribosome); GO:0022625 (cytosolic large ribosomal subunit)
KEGG	smil03010 (Ribosome - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF01779 (Ribosomal_L29e)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131021021

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057806081.1`
2	Nucleus	细胞核	0.40000	`XP_057806081.1`
3	Nucleolus	核仁	0.20000	`XP_057806081.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057806081.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057806081.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr4:56186270`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B124,B138,B49,B79,C42

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057806081.1

60 aa

Ribosomal_L29e

PF01779 Ribosomal_L29e 3-42 aa

XP_057806082.1

60 aa

Ribosomal_L29e

PF01779 Ribosomal_L29e 3-42 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057806081.1`	Pfam	`PF01779`	Ribosomal_L29e	Family	3	42	6.9e-24	84.4	Ribosomal L29e protein family
`XP_057806082.1`	Pfam	`PF01779`	Ribosomal_L29e	Family	3	42	6.9e-24	84.4	Ribosomal L29e protein family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA

XM_057950098.1
AAGAGCCCACCGATCCAAAATAAGTCGATGAGGCCCATATGTCTCAGGTAATTGAAATTAGGGTTTGAGAAGTCAGCTTATTGAGACGAGCTACCCATTCCACATTCTCATTTCGACTCTCCCTCCTCCGCATCTCCGCCGCCCTCCTCTAGCTGAGAAAAGTGAACAATGGCGAAATCGAAGAATCACACCGCGCACAACCAGTCGCACAAGGCTCACCGGAATGGAATCAAGAAGCCGAAGCGACAGCGTAACAGCTC...

XM_057950099.1
TATGTCTCAGGTAATTGAAATTAGGGTTTGAGAAGTCAGCTTATTGAGACGAGCTACCCATTCCACATTCTCATTTCGACTCTCCCTCCTCCGCATCTCCGCCGCCCTCCTCTAGTAGTATTAATTTTTTAGCTGAGAAAAGTGAACAATGGCGAAATCGAAGAATCACACCGCGCACAACCAGTCGCACAAGGCTCACCGGAATGGAATCAAGAAGCCGAAGCGACAGCGTAACAGCTCCACCAAAGGGATGGATCCGA...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA

LOC131021021
ATGGCGAAATCGAAGAATCACACCGCGCACAACCAGTCGCACAAGGCTCACCGGAATGGAATCAAGAAGCCGAAGCGACAGCGTAACAGCTCCACCAAAGGGATGGATCCGAAGTTCTTGAGAAACCAGAGGTACGCCAGGAAGCACATGAAGCAGAGCGGCGATGCTGAAAGCCAGGAATAG

Protein

2 records

下载 Protein FASTA

XP_057806081.1
MAKSKNHTAHNQSHKAHRNGIKKPKRQRNSSTKGMDPKFLRNQRYARKHMKQSGDAESQE

XP_057806082.1
MAKSKNHTAHNQSHKAHRNGIKKPKRQRNSSTKGMDPKFLRNQRYARKHMKQSGDAESQE

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器