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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr04G004143`

染色体: Chr04 坐标: 56196153-56197718 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr04G004143`
名称	SmilChr04G004143
描述	uncharacterized SmilChr04G004143
染色体 / SeqID	Chr04 / NC_080390.1
坐标与链方向	56196153 - 56197718 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131021023`
GeneID	`131021023`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131021023`
原始查询	`LOC131021023`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	hit=Os11g0199600; species=rice; confidence=high
产物	hit=Os11g0199600; species=rice; confidence=high
Arabidopsis	`AT5G49400` (AT5G49400) zinc knuckle (CCHC-type) family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835000] identity=76.4; qcov=0.53; evalue=2.98e-56; confidence=medium
Rice	`Os11g0199600` - identity=64.2; qcov=0.761; evalue=2.82e-61; confidence=high
GO	GO:0003676 (nucleic acid binding); GO:0008270 (zinc ion binding)
KEGG	-
Pfam	PF13917 (zf-CCHC_3)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131021023

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057806083.1`
2	Nucleoplasm	核质	1.00000	`XP_057806083.1`
3	Nuclear speckle	核斑点	0.80000	`XP_057806083.1`
4	Nuclear body	核内小体	0.40000	`XP_057806083.1`
5	Nucleolar fibrillar center	Nucleolar fibrillar center	0.20000	`XP_057806083.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr4:56196967`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C33
`Chr4:56196996`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	11	A21,B101,B115,B2,B20,C32,C55,C62,C64,C66,C68
`Chr4:56197046`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B14,C26,C77,D10
`Chr4:56197061`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C12
`Chr4:56197207`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B107,B44,C5
`Chr4:56197209`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B14,B15,C26,C77,D10
`Chr4:56197244`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C18,C78
`Chr4:56197264`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B107,B44,C5
`Chr4:56197282`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B51,C31
`Chr4:56197370`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B100
`Chr4:56197429`	`CG`	`C`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	C36
`Chr4:56197429`	`CG`	`C`	1bp_deletion	CDS_variant	1	C36

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057806083.1

264 aa

132

264

zf-CCHC_3

PF13917 zf-CCHC_3 90-125 aa

XP_057806084.1

264 aa

132

264

zf-CCHC_3

PF13917 zf-CCHC_3 90-125 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057806083.1`	Pfam	`PF13917`	zf-CCHC_3	Domain	90	125	1.6e-21	76.6	Zinc knuckle
`XP_057806084.1`	Pfam	`PF13917`	zf-CCHC_3	Domain	90	125	1.6e-21	76.6	Zinc knuckle

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA

XM_057950100.1
TATATTACCGAAGTGTAGGTCGCGGAGTGCAATATACAAAGACATCCGATCCTTGGCCGACTCGGTTTAACATTTGCTTTATTTAAAATTCAGAAACGAGTTGTCGAAAAAAGGTTTCAAAATCGCTACCTTTCTTCAAGAGTAAAAGCTTTGGCCATGTCGAGCAATAAAGATGATGGGGCTGCGGAGAGAATCAAGGCAGCTGCTCTATCAGCTGCGAAGGGGCTGAGCCGGGCCCAGGCGGAACGCGCCGCAGCTGC...

XM_057950101.1
GTCGAAAAAAGGTTTCAAAATCGCTACCTTTCTTCAAGAGTAAAAGGTATGAAACTTGCCCTAGATTTCCAAAATCTCTTCTTGTTTGTTTTACTGGCTGTTAGTTTCTTGTATCATCTCCGTTGGGATCTGATTGATATATTTATTTTTGTCGTATTTTCCCGACATCAAATTACCTTGCTGTTGTTATTGCGTTGTTGATTTTCTCAGAATTGGGGAATTTCTCTTGAGAGATTAATGCTTTGACAACTGATTTGGGG...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA

LOC131021023
ATGTCGAGCAATAAAGATGATGGGGCTGCGGAGAGAATCAAGGCAGCTGCTCTATCAGCTGCGAAGGGGCTGAGCCGGGCCCAGGCGGAACGCGCCGCAGCTGCGGCTGCACGGAATGTTAATGCGTATGGGCAGAAGGAAGAGGGCCCTAGCAGATGGCAAGAGAGGAAAGAAGCCAAGAGGCAGATGTATTTGATGAGCACTGAGAAGCAAGTGAGATTGGGTGAAAGGAAGGATCTCAAGAGCTCGACATCGTCAGT...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA

XP_057806083.1
MSSNKDDGAAERIKAAALSAAKGLSRAQAERAAAAAARNVNAYGQKEEGPSRWQERKEAKRQMYLMSTEKQVRLGERKDLKSSTSSVASSSQCQKCYQMGHWTYECKNERVYISRPSRTQQLKNPKLRMKVSISYDLDNPDLAVEEEEEKAEKRVKKSKRKHKSDAKSDNDSEASVFESDSGASSVTGSDDSSGDSESSYSSSTDSEEERRRKRRSKKKKQRKRRHRSYSSSSESSESDSGSDSDSEERSRRKKGKSRRH...

XP_057806084.1
MSSNKDDGAAERIKAAALSAAKGLSRAQAERAAAAAARNVNAYGQKEEGPSRWQERKEAKRQMYLMSTEKQVRLGERKDLKSSTSSVASSSQCQKCYQMGHWTYECKNERVYISRPSRTQQLKNPKLRMKVSISYDLDNPDLAVEEEEEKAEKRVKKSKRKHKSDAKSDNDSEASVFESDSGASSVTGSDDSSGDSESSYSSSTDSEEERRRKRRSKKKKQRKRRHRSYSSSSESSESDSGSDSDSEERSRRKKGKSRRH...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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