Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr04G004153`

染色体: Chr04 坐标: 56232383-56234123 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr04G004153`
名称	SmilChr04G004153
描述	uncharacterized SmilChr04G004153
染色体 / SeqID	Chr04 / NC_080390.1
坐标与链方向	56232383 - 56234123 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131021034`
GeneID	`131021034`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131021034`
原始查询	`LOC131021034`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	DNA-binding enhancer protein-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:819840]; symbol=AT3G06610; hit=AT3G06610; species=arabidopsis; confidence=high
产物	DNA-binding enhancer protein-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:819840]; symbol=AT3G06610; hit=AT3G06610; species=arabidopsis; confidence=high
Arabidopsis	`AT3G06610` (AT3G06610) DNA-binding enhancer protein-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:819840] identity=75.5; qcov=1; evalue=3.72e-53; confidence=high
Rice	`Os03g0832300` - identity=79.6; qcov=0.891; evalue=2.02e-51; confidence=high
GO	GO:0043066 (negative regulation of apoptotic process); GO:0050821 (protein stabilization)
KEGG	-
Pfam	PF19026 (UBA_HYPK)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131021034

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057806095.1`
2	Cytosol	细胞质基质	1.00000	`XP_057806095.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057806095.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057806095.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057806095.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr4:56233901`	`G`	`GA`	1bp_insertion	frameshift_variant	28	A19,A21,A3,B12,B17,B24,B3,B33,B35,B37,B46,B51,B64,B78,B79,B82,B83,B94,B97,C10,C13,C14,C2,C27,C3,C40,C75,C86
`Chr4:56233951`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10
`Chr4:56233999`	`CCA`	`C`	2bp_deletion	frameshift_variant	5	B38,B6,B86,C4,D1
`Chr4:56233999`	`CCA`	`C`	2bp_deletion	CDS_variant	5	B38,B6,B86,C4,D1
`Chr4:56234003`	`T`	`TGG`	2bp_insertion	frameshift_variant	5	B38,B6,B86,C4,D1
`Chr4:56234003`	`T`	`TGG`	2bp_insertion	CDS_variant	5	B38,B6,B86,C4,D1
`Chr4:56234005`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B38,B6,B86,C4,D1

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057806095.1

110 aa

110

UBA_HYPK

PF19026 UBA_HYPK 69-109 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057806095.1`	Pfam	`PF19026`	UBA_HYPK	Domain	69	109	3.6e-18	65.4	HYPK UBA domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057950112.1
AGGGCTTCATAATCACCATCAAAATCAAGCAGAAAACTTCTGCAAAACTAATATCTGAAATTCAAGCTCGGAAAAAAGAGAGAAATCGCAATCGGTAGGGATGGAAGGAGGAGAAGATGGAGTGGAGAATTTTGTGGATTCAAAAGACATGCAGCAGCAGAGCAAAGCGTTCGATAAACTCACCGACCGAGTCGAGGATCGCCAACTCGACTCAACCCGAGTCCAAGAAGCCATGGCTTCAATATCTGCATCAAAAGAAG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131021034
ATGGAAGGAGGAGAAGATGGAGTGGAGAATTTTGTGGATTCAAAAGACATGCAGCAGCAGAGCAAAGCGTTCGATAAACTCACCGACCGAGTCGAGGATCGCCAACTCGACTCAACCCGAGTCCAAGAAGCCATGGCTTCAATATCTGCATCAAAAGAAGCTGACATACAGGCTGCTAGGTTGAGGGAGAAAGAATTGGCGGCTGTTAAGATTAATGCTGGTGACATCGATATCATTGCCAATGAACTGGAGCTCGATAG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057806095.1
MEGGEDGVENFVDSKDMQQQSKAFDKLTDRVEDRQLDSTRVQEAMASISASKEADIQAARLREKELAAVKINAGDIDIIANELELDRKVAERTLREHKGDAVAAIRSLLY

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器