Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr04G004166`

染色体: Chr04 坐标: 56309177-56310618 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr04G004166`
名称	SmilChr04G004166
描述	desiccation-related protein PCC13-62-like
染色体 / SeqID	Chr04 / NC_080390.1
坐标与链方向	56309177 - 56310618 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131021047`
GeneID	`131021047`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131021047`
原始查询	`LOC131021047`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	desiccation-related protein PCC13-62-like
产物	desiccation-related protein PCC13-62-like
Arabidopsis	`AT1G47980` (AT1G47980) desiccation-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:841216] identity=69.4; qcov=0.867; evalue=1.53e-131; confidence=high
Rice	`Os04g0404400` (OsEnS-64) - identity=61.6; qcov=0.877; evalue=1.38e-122; confidence=high
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF13668 (Ferritin_2)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131021047

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Secreted	分泌到胞外	0.80000	`XP_057806110.1`
2	Vacuole	液泡	0.40000	`XP_057806110.1`
3	Cell wall	细胞壁	0.20000	`XP_057806110.1`
4	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057806110.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057806110.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr4:56309414`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C22,C41
`Chr4:56309425`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C20,C59
`Chr4:56309893`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C38
`Chr4:56309911`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C14,D5
`Chr4:56309927`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A5,C37,C81
`Chr4:56310143`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A20,B91
`Chr4:56310158`	`GC`	`G`	1bp_deletion	frameshift_variant	6	A19,A4,B83,C24,D1,D4
`Chr4:56310165`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A20,B91
`Chr4:56310176`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B12
`Chr4:56310200`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A20,B91
`Chr4:56310239`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B108,B24,B98,C32,C68

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057806110.1

309 aa

154

309

Ferritin_2

PF13668 Ferritin_2 38-205 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057806110.1`	Pfam	`PF13668`	Ferritin_2	Domain	38	205	2.8e-35	122.1	Ferritin-like domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057950127.1
ATAGAATTGTTCTGCTACATTAATAATATTATACGTATGTCTTCGCCTAAATAAATAAAGGCATGAAAATGTCAAATTGTAGCAACTCCAAAAAAATAGTGTTGTTCCAAGTCAAAAATGTTGTTGTTTTTTTCAAGTCAAAAAAAAAAAAATGTTGAATCCAATAAATAAATGCGGCGTGGAGTTATTACAAGAGCTCTTGACTCAATCTGGTGCGGACAAGTGTTGCCCGAATTCATGCGGAGATCTCCAATCAACAT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131021047
ATGCAATGCAACAACACACTGCATGAACACGTCATGGCATTCTCAATTCCAACCGCCGCATTACTCAGCCTCTTCCTCCTCGCCGGCGCCGGCGCCGCCGGCATCCCGGGCTCCGACGTCGATCTTCTGGAGTTCCCGCTGAATCTCGAGTACTTGGAGGCCGAGTTCTTCTCGTGGGGCGCTTTCGGCCGCGGCCTCGACGCCTTCGAACCCAACCTCACCAAGGGCGGCCCGCCGCCCTTGGGGGTTAAGAAGGCCAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057806110.1
MQCNNTLHEHVMAFSIPTAALLSLFLLAGAGAAGIPGSDVDLLEFPLNLEYLEAEFFSWGAFGRGLDAFEPNLTKGGPPPLGVKKANLTPLIEDIIAQFAFQEFGHLRAIQQTVSGFPRPLLNLSAASFATVMNSAVGKALVPPFDPYASDINYLLASYVIPYVGLTGYVGANPKLISPISKRLVAGLLGVESGQDAVIRALLYQRAMTKVHPYGYTVAELTDKISALRNKLGDAGIKDEGLIVEPSAGAEGRIAGNVLA...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器