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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G004184

染色体: Chr04 坐标: 56399455-56401627 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G004184
名称SmilChr04G004184
描述probable receptor-like protein kinase At2g42960
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向56399455 - 56401627 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131021067
GeneID131021067
locus_tag-
NCBI NameLOC131021067
原始查询LOC131021067

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述probable receptor-like protein kinase At2g42960
产物probable receptor-like protein kinase At2g42960
ArabidopsisAT1G56720 (AT1G56720)
Protein kinase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:842128]
identity=57; qcov=1.19; evalue=0; confidence=high
RiceOs01g0323000
-
identity=58; qcov=1.2; evalue=0; confidence=high
GOGO:0004672 (protein kinase activity); GO:0005524 (ATP binding); GO:0006468 (protein phosphorylation)
KEGG-
PfamPF00069 (Pkinase); PF07714 (PK_Tyr_Ser-Thr)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131021067

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057806130.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057806130.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057806130.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057806130.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057806130.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:56399676 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A23,B8,C56,D6
Chr4:56400251 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D7
Chr4:56400389 TC T 1bp_deletion frameshift_variant 1 D10
Chr4:56400389 TC T 1bp_deletion CDS_variant 1 D10

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057806130.1
384 aa
N
1
192
384
Pkinase
PK_Tyr_Ser-Thr
C
PF00069 Pkinase 106-367 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 108-369 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057806130.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 106 367 9e-50 170.2 Protein kinase domain
XP_057806130.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 108 369 3.7e-49 168.1 Protein tyrosine and serine/threonine kinase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057950147.1
TAGAATAATATGAAACTTCCAAAAATGTATTTATGTTAGCAGCAGTGTTATTTTATAATTTAATTGGCCCACGCAAGTACCAGCAGGTAAAGTGTCACAGTCAACTTCAAAAGTGATTATTAGTATTTAAGAAAAGAAAGAATAGTTGTCAAAATCTAATTAACCTTTTCTTTCCTCGTTAATTTTTTATTCTTTAGAAAAAAAATAAAAAAATTCTGATGAGGGTATTTCGTTTCGTGATTGGTTGATGCTTGTGTTTT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131021067
ATGGGTTGGAGTTATAATTTTGATTTATCAAAGAAAACACACATCTTTCATCTCAAGGTGTGGGTTTTAGTGAGCATCTTCGTAGTGGTTGCTACTGTATTGCTGGTATGGCGTTGTAAGAAATGTAGGAAGAAGAATTCAGTTGTGATGATCCCAAGTGTATCGAGAGAGATGAAAGAAATAAGGGTAGAGGGCATCCATGATGTGGATTACTTAAATAAAGATTGTGATAAACTTTTGATGCATGATTCGAGCGCCGG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057806130.1
MGWSYNFDLSKKTHIFHLKVWVLVSIFVVVATVLLVWRCKKCRKKNSVVMIPSVSREMKEIRVEGIHDVDYLNKDCDKLLMHDSSAGLPEHWFTLRDLEMATNKFSKENVIGEGGYGIVYSGQLINATVVAVKRLVNNLGQAEKEFRVEVEAIGHVRHKNLVRLLGYCVEGTHRLLVYEYVNNGNLDQWLHGARGQLTWEGRMKILLGTAKGLAYLHDAIEPKVVHRDIKASNILIDEDFNAKISDFGLAKLLGAGKTHI...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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