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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G001876

染色体: Chr04 坐标: 30618150-30622187 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G001876
名称SmilChr04G001876
描述FKBP12-interacting protein of 37 kDa
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向30618150 - 30622187 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131021076
GeneID131021076
locus_tag-
NCBI NameLOC131021076
原始查询LOC131021076

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述FKBP12-interacting protein of 37 kDa
产物FKBP12-interacting protein of 37 kDa
ArabidopsisAT3G54170 (FIP37)
FKBP12 interacting protein 37 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:824584]
identity=74.6; qcov=0.752; evalue=1.18e-131; confidence=high
RiceOs06g0474200 (SIP2)
-
identity=69.8; qcov=0.809; evalue=9.53e-123; confidence=high
GOGO:0000381 (regulation of alternative mRNA splicing, via spliceosome); GO:0005634 (nucleus); GO:0080009 (GO:0080009)
KEGG-
PfamPF17098 (Wtap)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131021076

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057806148.1
2 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057806149.1
3 Cytosol 细胞质基质 0.80000 XP_057806149.1
4 Nucleoplasm 核质 0.60000 XP_057806148.1
5 Cell projection 细胞突起 0.60000 XP_057806149.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:30618240 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B76,C11,C69
Chr4:30618365 CTT C 2bp_deletion frameshift_variant 1 D7
Chr4:30618365 CTT C 2bp_deletion CDS_variant 1 D7
Chr4:30619539 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A7,B30,C56
Chr4:30619561 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B42,B43
Chr4:30621177 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B12

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057806148.1
349 aa
N
1
174
349
Wtap
C
PF17098 Wtap 137-288 aa
XP_057806149.1
319 aa
N
1
160
319
Wtap
C
PF17098 Wtap 107-258 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057806148.1 Pfam PF17098 Wtap Family 137 288 3.7e-53 180.3 WTAP/Mum2p family
XP_057806149.1 Pfam PF17098 Wtap Family 107 258 2.1e-53 181.1 WTAP/Mum2p family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057950165.1
GAGTGCCACGTGTAGGTCGCAAGAAATATTACTAGTATTGTGATCGCAGGCGATAATACCTTGACCGGCTTCGTTCCTCTGGGGCGCATCCCACTATTCTTACTACTACACCTCTCCAATTGGATTTGCGCTCGGCTAGGGTTTCAATTTCAAATTTCAGTCCCTTCCCAATTCAGCATTCGAATTGCCATGGCGTCACGTGACCATATCGACGATGAGGATGAATTTGGGGGCGATTTTGCGGGGGGAAATGCTGCAAG...
XM_057950166.1
CTTACACCTGCTATTATGTGGTTCTTAATATTGAAATTGACTCTGATTTGTTTGTTTACACTTAAGGTTAATCTAAAGGTGGAGGAAACTGCTCCTGGAGTAGCAACTGGGATGATTTTGTCTCTTCGTGAGAGCCTCAAGAACTGTCAAGATGAACTCTCAAGATGCCAGACGAAGCTTGAAGATGCTAAGTCTGAGATTCAGCAGTGGCGCTCATCTTTCCAGAATGAGTCTTTCATACCCCAAGGCGCAACTCCTGA...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC131021076
ATGGCGTCACGTGACCATATCGACGATGAGGATGAATTTGGGGGCGATTTTGCGGGGGGAAATGCTGCAAGGAGTTCAGGTGTTAAGAGAAGCTTTGGAGATCTCGACGATGATGAAGATGATATTTTTGGGTCTAAAAAGGTTAATCTAAAGGTGGAGGAAACTGCTCCTGGAGTAGCAACTGGGATGATTTTGTCTCTTCGTGAGAGCCTCAAGAACTGTCAAGATGAACTCTCAAGATGCCAGACGAAGCTTGAAGA...
LOC131021076
ATGTGGTTCTTAATATTGAAATTGACTCTGATTTGTTTGTTTACACTTAAGGTTAATCTAAAGGTGGAGGAAACTGCTCCTGGAGTAGCAACTGGGATGATTTTGTCTCTTCGTGAGAGCCTCAAGAACTGTCAAGATGAACTCTCAAGATGCCAGACGAAGCTTGAAGATGCTAAGTCTGAGATTCAGCAGTGGCGCTCATCTTTCCAGAATGAGTCTTTCATACCCCAAGGCGCAACTCCTGAACCAAGATTTGTGGT...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057806148.1
MASRDHIDDEDEFGGDFAGGNAARSSGVKRSFGDLDDDEDDIFGSKKVNLKVEETAPGVATGMILSLRESLKNCQDELSRCQTKLEDAKSEIQQWRSSFQNESFIPQGATPEPRFVVSYLQTLRSSDESLREHLERAKKKEAAFIVTFAKREQEIADLKSALRELRAQLKPPSMQARRLLLDPAIHDEFTRLKNLVEEKDKKVKELQDNIAAVSFTPQSKMGKMLMAKCRTLQEENEEIGNQANEGKIHELAMKLALQKS...
XP_057806149.1
MWFLILKLTLICLFTLKVNLKVEETAPGVATGMILSLRESLKNCQDELSRCQTKLEDAKSEIQQWRSSFQNESFIPQGATPEPRFVVSYLQTLRSSDESLREHLERAKKKEAAFIVTFAKREQEIADLKSALRELRAQLKPPSMQARRLLLDPAIHDEFTRLKNLVEEKDKKVKELQDNIAAVSFTPQSKMGKMLMAKCRTLQEENEEIGNQANEGKIHELAMKLALQKSQNMEVRSQLEGLCKLMEKVTGDVDRSNELV...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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