当前解析结果
SmilChr04G001876| 统一新 Gene ID | SmilChr04G001876 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr04G001876 |
| 描述 | FKBP12-interacting protein of 37 kDa |
| 染色体 / SeqID | Chr04 / NC_080390.1 |
| 坐标与链方向 | 30618150 - 30622187 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131021076 |
|---|---|
| GeneID | 131021076 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131021076 |
| 原始查询 | LOC131021076 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | FKBP12-interacting protein of 37 kDa |
| 产物 | FKBP12-interacting protein of 37 kDa |
| Arabidopsis | AT3G54170 (FIP37)FKBP12 interacting protein 37 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:824584] identity=74.6; qcov=0.752; evalue=1.18e-131; confidence=high |
| Rice | Os06g0474200 (SIP2)- identity=69.8; qcov=0.809; evalue=9.53e-123; confidence=high |
| GO | GO:0000381 (regulation of alternative mRNA splicing, via spliceosome); GO:0005634 (nucleus); GO:0080009 (GO:0080009) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF17098 (Wtap) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131021076 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057806148.1 |
| 2 | Cytoplasm | 细胞质 | 1.00000 | XP_057806149.1 |
| 3 | Cytosol | 细胞质基质 | 0.80000 | XP_057806149.1 |
| 4 | Nucleoplasm | 核质 | 0.60000 | XP_057806148.1 |
| 5 | Cell projection | 细胞突起 | 0.60000 | XP_057806149.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr4:30618240 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B76,C11,C69 |
Chr4:30618365 |
CTT |
C |
2bp_deletion | frameshift_variant | 1 | D7 |
Chr4:30618365 |
CTT |
C |
2bp_deletion | CDS_variant | 1 | D7 |
Chr4:30619539 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | A7,B30,C56 |
Chr4:30619561 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B42,B43 |
Chr4:30621177 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B12 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057806148.1PF17098
Wtap 137-288 aa
XP_057806149.1PF17098
Wtap 107-258 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057806148.1 |
Pfam | PF17098 |
Wtap | Family | 137 | 288 | 3.7e-53 | 180.3 | WTAP/Mum2p family |
XP_057806149.1 |
Pfam | PF17098 |
Wtap | Family | 107 | 258 | 2.1e-53 | 181.1 | WTAP/Mum2p family |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
2 records
下载 cDNA FASTA2 records
下载 CDS FASTA2 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。