Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G001527

染色体: Chr04 坐标: 25196647-25197729 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G001527
名称SmilChr04G001527
描述uncharacterized SmilChr04G001527
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向25196647 - 25197729 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131021094
GeneID131021094
locus_tag-
NCBI NameLOC131021094
原始查询LOC131021094

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述maternal effect embryo arrest 60 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:830480]; symbol=MEE60; hit=AT5G05950; species=arabidopsis; confidence=high
产物maternal effect embryo arrest 60 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:830480]; symbol=MEE60; hit=AT5G05950; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT5G05950 (MEE60)
maternal effect embryo arrest 60 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:830480]
identity=65; qcov=0.994; evalue=2.25e-71; confidence=high
RiceOs07g0240400 (P0523A04.123)
-
identity=53.7; qcov=1.07; evalue=2.29e-51; confidence=high
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131021094

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Vacuole 液泡 1.00000 XP_057806167.1
2 Vacuole membrane 液泡膜 1.00000 XP_057806167.1
3 Cell membrane 细胞膜 0.80000 XP_057806167.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057806167.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057806167.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:25197016 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C4
Chr4:25197028 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 D10,D11
Chr4:25197113 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D7
Chr4:25197118 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A2,A8
Chr4:25197196 AG A 1bp_deletion frameshift_variant 3 B125,B90,C87
Chr4:25197196 AG A 1bp_deletion CDS_variant 3 B125,B90,C87
Chr4:25197218 GC G 1bp_deletion frameshift_variant 1 A19
Chr4:25197218 GC G 1bp_deletion CDS_variant 1 A19
Chr4:25197220 TG T 1bp_deletion frameshift_variant 1 A19
Chr4:25197220 TG T 1bp_deletion CDS_variant 1 A19

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057950184.1
GCATTCCGAGAATTGAACTCGGGACCTCTCGCACCCTAAGCGAGAATCATACCACTAGACCAAATGCCCTCGTTGCATTTGATTTATATCACTTACTTTCTCATTTAAAATTTTGTACAGCATAAACGTTTCCAGCTTGGAATCTGCCCGTTGAAGAGGACAAAAATATATTTTTGAATCCATCCAACATATCTTAGGAATACGTCTAAATTGGAACGGGCTAAAACACCGAAGCCCAAAGCCCACTTGAATACCATTCC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131021094
ATGTCGGCGACGAGCGTTCACATCTCGGCGCTGGACGGCATCGTGAACGTGAATTCACTATTCACGCTGGCGGTCTTCATCGGGCTGACGTGGAACCCGACCGACCCGAGCAACAGCCTGATCGACCCGTCGGGGTGCTCGGCCGGGCCGAGGATCGCGGAGGATCTGGTGGCCTTCCACGTATACTCCTTCAGCTGCTTCCTCTTCTCCAGCCTGGTGGCGCTGGGCATCAAGCAGGCAGCCCGCCTCGCCCGCGGGGC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057806167.1
MSATSVHISALDGIVNVNSLFTLAVFIGLTWNPTDPSNSLIDPSGCSAGPRIAEDLVAFHVYSFSCFLFSSLVALGIKQAARLARGAHQQDHRHFWAFDLAHVNKTALRLGYVVSAVGSVTGSVFLMLALVNVVQIKLGVLGCGTGAGHAYAAVVPLVTFVPAGLLIYVCFVFYAFTR

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器