Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr04G000160`

染色体: Chr04 坐标: 1390228-1390829 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr04G000160`
名称	SmilChr04G000160
描述	uncharacterized SmilChr04G000160
染色体 / SeqID	Chr04 / NC_080390.1
坐标与链方向	1390228 - 1390829 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131021106`
GeneID	`131021106`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131021106`
原始查询	`LOC131021106`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述	microtubule-associated protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:828946]; symbol=AT4G28310; hit=AT4G28310; species=arabidopsis; confidence=medium
产物	microtubule-associated protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:828946]; symbol=AT4G28310; hit=AT4G28310; species=arabidopsis; confidence=medium
Arabidopsis	`AT4G28310` (AT4G28310) microtubule-associated protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:828946] identity=53.1; qcov=0.703; evalue=8.44e-39; confidence=medium
Rice	`Os06g0115700` (OSJNBa0019F11.18-1) - identity=71.6; qcov=0.4; evalue=1.49e-31; confidence=low
GO	-
KEGG	-
Pfam	-
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131021106

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057806179.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.60000	`XP_057806179.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057806179.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057806179.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057806179.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr4:1390369`	`TC`	`*`	1bp_deletion	CDS_variant	1	A3
`Chr4:1390405`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A9,B41,C57
`Chr4:1390411`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B129,B130,B89,C64,C66
`Chr4:1390415`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B59,B86
`Chr4:1390416`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B74
`Chr4:1390457`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A8,B125,B76
`Chr4:1390459`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C17
`Chr4:1390464`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B128,B134,B62,B70,B8
`Chr4:1390474`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C40,C59
`Chr4:1390483`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B136,B28,B77
`Chr4:1390486`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B131,C53,C58,C78
`Chr4:1390488`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	4	C32,C68,D10,D11

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中，此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057950196.1
CCAGCGGCGCCTCCTCGTCGCCACCTCCCTCACTCCCCGGCGATATGGTTGTGGCATTAGGTCCGGGAAAGTTCTACGGCAGCAGCCTGCCGCGGCCGCGCTTCTACACCGACGTCAAATTCAACGAAGAGAGGGTGGATCCGCCGCCCTCCGTCACGGATCCGCTCATGGCGTGGGCGGAGGAGGCGCACTGGTCCATGGGCGGCCTCAACGTCAAGCGCCACCGCCTCCAGGGCCGCATCGAGGGCAACGTCGAGAGC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131021106
ATGGTTGTGGCATTAGGTCCGGGAAAGTTCTACGGCAGCAGCCTGCCGCGGCCGCGCTTCTACACCGACGTCAAATTCAACGAAGAGAGGGTGGATCCGCCGCCCTCCGTCACGGATCCGCTCATGGCGTGGGCGGAGGAGGCGCACTGGTCCATGGGCGGCCTCAACGTCAAGCGCCACCGCCTCCAGGGCCGCATCGAGGGCAACGTCGAGAGCCTCCGCGTGCAGCGGGAGCAGATCTTCAAGAGATCCCCAATTCC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057806179.1
MVVALGPGKFYGSSLPRPRFYTDVKFNEERVDPPPSVTDPLMAWAEEAHWSMGGLNVKRHRLQGRIEGNVESLRVQREQIFKRSPIPNKSVKKPAASRRQEDEIDKTPSPPRAPVAIKRRRVVGLLDEDEEEEVVAAKRGRGGGRLGLRWWLPRWWKIGAAVVEDWGCGGGCRGGGRERGKRRNW

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器