Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G000242

染色体: Chr04 坐标: 2190371-2191768 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G000242
名称SmilChr04G000242
描述uncharacterized SmilChr04G000242
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向2190371 - 2191768 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131021120
GeneID131021120
locus_tag-
NCBI NameLOC131021120
原始查询LOC131021120

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GOGO:0003723 (RNA binding)
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131021120

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 0.60000 XP_057806192.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.40000 XP_057806192.1
3 Cytoplasmic granule 细胞质颗粒 0.20000 XP_057806192.1
4 Cytoplasmic ribonucleoprotein granule Cytoplasmic ribonucleoprotein granule 0.20000 XP_057806192.1
5 Cytosol 细胞质基质 0.20000 XP_057806192.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:2190372 CA C 1bp_deletion frameshift_variant 1 B91
Chr4:2190372 CA C 1bp_deletion CDS_variant 1 B91
Chr4:2190386 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B105
Chr4:2190395 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B45,B48,C18,C59,C79
Chr4:2190396 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B45,B48,C18,C59,C79
Chr4:2190407 AT A 1bp_deletion frameshift_variant 22 A10,A15,A2,B10,B134,B136,B138,B139,B50,B57,B76,B78,B89,C20,C21,C30,C51,C57,C66,C85,D1,D7
Chr4:2190419 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B44
Chr4:2190428 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B56
Chr4:2190434 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr4:2190455 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B35
Chr4:2190465 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C15
Chr4:2190468 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B96,C4,C45,D3

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057950209.1
ATGGAATGGAGAGAGGTGAGGAAAAGAAGGGTTGGCCAACCCTTTTCTGAGAGAATATCGGTAAGGCACCAAAGATATCCAAATCCTAGGAACACAAGCCTCAGTTCGAGAAGAACCTTCAATGGAACAGACGGTGGTAGATTTGGGCGGCAATCGACGGGGGGGGAGTGGAATGGGAGGGATAAGGCGATCACCACTTTCTTCGTCAACAATTTGCCAGACGGCTGCAGCGCGGATTTTCTGAGAAGAAAGTTTGCCAC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131021120
ATGGAATGGAGAGAGGTGAGGAAAAGAAGGGTTGGCCAACCCTTTTCTGAGAGAATATCGGTAAGGCACCAAAGATATCCAAATCCTAGGAACACAAGCCTCAGTTCGAGAAGAACCTTCAATGGAACAGACGGTGGTAGATTTGGGCGGCAATCGACGGGGGGGGAGTGGAATGGGAGGGATAAGGCGATCACCACTTTCTTCGTCAACAATTTGCCAGACGGCTGCAGCGCGGATTTTCTGAGAAGAAAGTTTGCCAC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057806192.1
MEWREVRKRRVGQPFSERISVRHQRYPNPRNTSLSSRRTFNGTDGGRFGRQSTGGEWNGRDKAITTFFVNNLPDGCSADFLRRKFATVLEPTEVVCPKKRDLRGKAFGFVRFEGVSFPDKLLADLNTLWIGSYKIRVYKPRFERELRAERREDLKLEGVADKGQEKVRVLERADRKAGISFKDILTGNEGKETRAEEVLHFKPTEEEKAWILGAVTGLLKNEFLWEEVKDEIIGECSGKLKVSTLGGNLVLFQSACGDPT...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器