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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G000244

染色体: Chr04 坐标: 2204269-2204866 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G000244
名称SmilChr04G000244
描述uncharacterized SmilChr04G000244
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向2204269 - 2204866 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131021121
GeneID131021121
locus_tag-
NCBI NameLOC131021121
原始查询LOC131021121

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述MIF4G domain-containing protein / MA3 domain-containing protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:844433]; symbol=AT1G80930; hit=AT1G80930; species=arabidopsis; confidence=medium
产物MIF4G domain-containing protein / MA3 domain-containing protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:844433]; symbol=AT1G80930; hit=AT1G80930; species=arabidopsis; confidence=medium
ArabidopsisAT1G80930 (AT1G80930)
MIF4G domain-containing protein / MA3 domain-containing protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:844433]
identity=46.3; qcov=0.814; evalue=4.81e-36; confidence=medium
RiceOs12g0256300 (Os12g15420)
-
identity=43.2; qcov=0.923; evalue=1.61e-33; confidence=medium
GOGO:0000398 (mRNA splicing, via spliceosome); GO:0003723 (RNA binding); GO:0005515 (protein binding); GO:0071013 (catalytic step 2 spliceosome)
KEGG-
PfamPF02854 (MIF4G)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131021121

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057806193.1
2 Cytosol 细胞质基质 0.60000 XP_057806193.1
3 Nucleus 细胞核 0.20000 XP_057806193.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057806193.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057806193.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:2204360 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B129,B87
Chr4:2204630 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr4:2204631 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C72,C84
Chr4:2204733 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057806193.1
183 aa
N
1
92
183
MIF4G
C
PF02854 MIF4G 30-182 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057806193.1 Pfam PF02854 MIF4G Repeat 30 182 9e-11 42.6 MIF4G domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057950210.1
ATGGATTCGGATTCGGATTCAATGCACTCTGCTGTTACTCGCGACGACACCACGCCCCTCACAGAATCAGAGTGGCTCTCAATGCAGAAAAGAATCGCGAGGCTCGTCGGAAAGGCCAGCGCCTCCAACGTGGCGTTGGTGGCCGATCAAATCCTGGCCGAGAACATCGTCGCCGCCAGAGGCTTCTTCTGTCAAACGCTGATCAAACTGCAGTCGGAATCCCCCGACTCCACCGACGTCCACGCCGCGCTGGCCGCAAT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131021121
ATGGATTCGGATTCGGATTCAATGCACTCTGCTGTTACTCGCGACGACACCACGCCCCTCACAGAATCAGAGTGGCTCTCAATGCAGAAAAGAATCGCGAGGCTCGTCGGAAAGGCCAGCGCCTCCAACGTGGCGTTGGTGGCCGATCAAATCCTGGCCGAGAACATCGTCGCCGCCAGAGGCTTCTTCTGTCAAACGCTGATCAAACTGCAGTCGGAATCCCCCGACTCCACCGACGTCCACGCCGCGCTGGCCGCAAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057806193.1
MDSDSDSMHSAVTRDDTTPLTESEWLSMQKRIARLVGKASASNVALVADQILAENIVAARGFFCQTLIKLQSESPDSTDVHAALAAIINSRFPQVGHLLVKRAVLQFKAAHGRRDRDRMQTASAFLAQLVNQRVVYEHLALNVLMLLLSSDDDVEVAASFCAQCGALLLDVVRDKLKEILAES

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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