当前解析结果
SmilChr04G000244| 统一新 Gene ID | SmilChr04G000244 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr04G000244 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr04G000244 |
| 染色体 / SeqID | Chr04 / NC_080390.1 |
| 坐标与链方向 | 2204269 - 2204866 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131021121 |
|---|---|
| GeneID | 131021121 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131021121 |
| 原始查询 | LOC131021121 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | MIF4G domain-containing protein / MA3 domain-containing protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:844433]; symbol=AT1G80930; hit=AT1G80930; species=arabidopsis; confidence=medium |
| 产物 | MIF4G domain-containing protein / MA3 domain-containing protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:844433]; symbol=AT1G80930; hit=AT1G80930; species=arabidopsis; confidence=medium |
| Arabidopsis | AT1G80930 (AT1G80930)MIF4G domain-containing protein / MA3 domain-containing protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:844433] identity=46.3; qcov=0.814; evalue=4.81e-36; confidence=medium |
| Rice | Os12g0256300 (Os12g15420)- identity=43.2; qcov=0.923; evalue=1.61e-33; confidence=medium |
| GO | GO:0000398 (mRNA splicing, via spliceosome); GO:0003723 (RNA binding); GO:0005515 (protein binding); GO:0071013 (catalytic step 2 spliceosome) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF02854 (MIF4G) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131021121 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytoplasm | 细胞质 | 1.00000 | XP_057806193.1 |
| 2 | Cytosol | 细胞质基质 | 0.60000 | XP_057806193.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.20000 | XP_057806193.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057806193.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057806193.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr4:2204360 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B129,B87 |
Chr4:2204630 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D11 |
Chr4:2204631 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C72,C84 |
Chr4:2204733 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D11 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057806193.1PF02854
MIF4G 30-182 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057806193.1 |
Pfam | PF02854 |
MIF4G | Repeat | 30 | 182 | 9e-11 | 42.6 | MIF4G domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。