当前解析结果
SmilChr04G000245| 统一新 Gene ID | SmilChr04G000245 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr04G000245 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr04G000245 |
| 染色体 / SeqID | Chr04 / NC_080390.1 |
| 坐标与链方向 | 2216612 - 2219167 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131021122 |
|---|---|
| GeneID | 131021122 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131021122 |
| 原始查询 | LOC131021122 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | hit=Os12g0142900; species=rice; confidence=low |
| 产物 | hit=Os12g0142900; species=rice; confidence=low |
| Arabidopsis | -- |
| Rice | Os12g0142900- identity=25.8; qcov=0.503; evalue=4.18e-16; confidence=low |
| GO | GO:0003676 (nucleic acid binding); GO:0008270 (zinc ion binding) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00098 (zf-CCHC); PF08284 (RVP_2); PF13650 (Asp_protease_2); PF13975 (gag-asp_proteas); PF30863 (PRO_PEG10-RTL1) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131021122 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytoplasm | 细胞质 | 1.00000 | XP_057806194.1 |
| 2 | Cytosol | 细胞质基质 | 1.00000 | XP_057806194.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.60000 | XP_057806194.1 |
| 4 | Cytoplasmic granule | 细胞质颗粒 | 0.40000 | XP_057806194.1 |
| 5 | Nucleoplasm | 核质 | 0.20000 | XP_057806194.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr4:2216620 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C23 |
Chr4:2216633 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B111,B91 |
Chr4:2216634 |
GA |
G |
1bp_deletion | frameshift_variant | 2 | B100,B15 |
Chr4:2216634 |
GA |
G |
1bp_deletion | CDS_variant | 2 | B100,B15 |
Chr4:2216636 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | A21,B119,C62 |
Chr4:2216638 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B129,B4,B76,C54 |
Chr4:2216642 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 3 | C47,C54,C84 |
Chr4:2216642 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | C47,C54,C84 |
Chr4:2216688 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B129,B14,B17,B72 |
Chr4:2216708 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | A19,B127,B2,B25 |
Chr4:2216729 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 1 | C87 |
Chr4:2216729 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C87 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057806194.1PF00098
zf-CCHC 135-151 aa
PF08284
RVP_2 209-337 aa
PF13650
Asp_protease_2 231-318 aa
PF13975
gag-asp_proteas 231-320 aa
PF30863
PRO_PEG10-RTL1 240-338 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057806194.1 |
Pfam | PF00098 |
zf-CCHC | Domain | 135 | 151 | 1.4e-05 | 25.7 | Zinc knuckle |
XP_057806194.1 |
Pfam | PF08284 |
RVP_2 | Domain | 209 | 337 | 9.1e-29 | 100.7 | Retroviral aspartyl protease |
XP_057806194.1 |
Pfam | PF13650 |
Asp_protease_2 | Domain | 231 | 318 | 5.4e-10 | 40.6 | Aspartyl protease |
XP_057806194.1 |
Pfam | PF13975 |
gag-asp_proteas | Domain | 231 | 320 | 1.8e-09 | 38.7 | gag-polyprotein putative aspartyl protease |
XP_057806194.1 |
Pfam | PF30863 |
PRO_PEG10-RTL1 | Domain | 240 | 338 | 1.2e-11 | 45.7 | PEG10/RTL1 protease domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。