Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr04G000298`

染色体: Chr04 坐标: 2771866-2772876 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr04G000298`
名称	SmilChr04G000298
描述	protein FAR1-RELATED SEQUENCE 5-like
染色体 / SeqID	Chr04 / NC_080390.1
坐标与链方向	2771866 - 2772876 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131021135`
GeneID	`131021135`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131021135`
原始查询	`LOC131021135`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	protein FAR1-RELATED SEQUENCE 5-like
产物	protein FAR1-RELATED SEQUENCE 5-like
Arabidopsis	`AT4G38180` (FRS5) FAR1-related sequence 5 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829974] identity=29.7; qcov=0.702; evalue=8.37e-26; confidence=low
Rice	`Os01g0852650` - identity=30.6; qcov=0.699; evalue=1.67e-31; confidence=low
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF03101 (FAR1)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131021135

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057806207.1`
2	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057806207.1`
3	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057806207.1`
4	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057806207.1`
5	Telomere	端粒	0.00000	`XP_057806207.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr4:2771883`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B112,B47,C56,C65
`Chr4:2772012`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C35,C46
`Chr4:2772018`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B4,B64,C48
`Chr4:2772051`	`AGG`	`A`	2bp_deletion	frameshift_variant	5	B52,B72,B84,C21,C47
`Chr4:2772051`	`AGG`	`A`	2bp_deletion	CDS_variant	5	B52,B72,B84,C21,C47
`Chr4:2772085`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B37,B44,C24,C3,C38
`Chr4:2772125`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A19,B107
`Chr4:2772204`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C35,C46
`Chr4:2772250`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B108
`Chr4:2772251`	`G`	`GAT`	2bp_insertion	frameshift_variant	46	A19,A23,A5,B100,B101,B103,B111,B113,B125,B127,B13,B132,B2,B25,B3,B30,B38,B39,B45,B56,B57,B6,B67,B69,B70,B73,B87,B96,C25,C26,C28,C35,C38,C4,C41,C49,C5,C57,C6,C64,C67,C7,C79,C8,D1,D6
`Chr4:2772396`	`GCT`	`G`	2bp_deletion	frameshift_variant	64	A10,A14,A2,A23,A4,A7,B104,B107,B114,B119,B120,B123,B126,B127,B134,B20,B23,B27,B29,B3,B32,B37,B41,B47,B5,B51,B52,B53,B54,B58,B59,B60,B61,B62,B67,B72,B77,B83,B92,B98,C12,C14,C16,C19,C21,C22,C3,C31,C36,C38,C42,C45,C46,C47,C48,C52,C58,C65,C67,C74,C76,C85,D10,D2
`Chr4:2772432`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	12	A10,B102,B107,B5,B53,B59,B61,B77,C20,C52,C59,C67

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057806207.1

336 aa

168

336

FAR1

PF03101 FAR1 114-203 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057806207.1`	Pfam	`PF03101`	FAR1	Domain	114	203	3.5e-16	60.4	FAR1 DNA-binding domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057950224.1
ATGAGTTTTGATTTGAACGTTTCTTGTGGAGATGAATTCCCGAACGATAACTCATGCTATAATTTTGCTGGTGACGACCTTGATGGTAGGAACGCAGATTTTGAGTATGGTGACTCACTTCCTCATGAAAATAATCTAGAACAAGACGGTGAGGAATGTGAGAATGGTGATGATCGTGATGGGAGAGGTGATGGTGGTGAAGATTCTGTTCGGATGAATCATAAATTTGATGACTTTAAGATGACAGATGGTGAATATTC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131021135
ATGAGTTTTGATTTGAACGTTTCTTGTGGAGATGAATTCCCGAACGATAACTCATGCTATAATTTTGCTGGTGACGACCTTGATGGTAGGAACGCAGATTTTGAGTATGGTGACTCACTTCCTCATGAAAATAATCTAGAACAAGACGGTGAGGAATGTGAGAATGGTGATGATCGTGATGGGAGAGGTGATGGTGGTGAAGATTCTGTTCGGATGAATCATAAATTTGATGACTTTAAGATGACAGATGGTGAATATTC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057806207.1
MSFDLNVSCGDEFPNDNSCYNFAGDDLDGRNADFEYGDSLPHENNLEQDGEECENGDDRDGRGDGGEDSVRMNHKFDDFKMTDGEYSVQVSKKLVEDLINVGCLVDTLDEVHVLYRKYARLTGFSVRKGSQGYFLNTYFVRAKLYHCSCEGSPDDKRSKGRVSVCKKQSYRGNCKAKLCVCREDVNSPWKVTVFETQHNHKLVDPSESYLLRSSRNMSQSNKTLLVALLSSEIGVSRAYRFMEIEAGSRANIGFLRKDVY...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器