当前解析结果
SmilChr04G000309| 统一新 Gene ID | SmilChr04G000309 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr04G000309 |
| 描述 | polygalacturonase inhibitor 1-like |
| 染色体 / SeqID | Chr04 / NC_080390.1 |
| 坐标与链方向 | 2854086 - 2855614 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131021142 |
|---|---|
| GeneID | 131021142 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131021142 |
| 原始查询 | LOC131021142 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | polygalacturonase inhibitor 1-like |
| 产物 | polygalacturonase inhibitor 1-like |
| Arabidopsis | AT5G06860 (PGIP1)polygalacturonase inhibiting protein 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:830577] identity=54.7; qcov=0.92; evalue=2.55e-90; confidence=high |
| Rice | Os05g0104200 (PGIP1)- identity=44.7; qcov=0.955; evalue=3.76e-71; confidence=medium |
| GO | GO:0005515 (protein binding) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00560 (LRR_1) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131021142 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Secreted | 分泌到胞外 | 0.40000 | XP_057806215.1 |
| 2 | Cell membrane | 细胞膜 | 0.40000 | XP_057806215.1 |
| 3 | Cell wall | 细胞壁 | 0.20000 | XP_057806215.1 |
| 4 | Endoplasmic reticulum | 内质网 | 0.20000 | XP_057806215.1 |
| 5 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057806215.1 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057806215.1PF00560
LRR_1 98-120 aa
PF00560
LRR_1 123-143 aa
PF00560
LRR_1 149-167 aa
PF00560
LRR_1 216-235 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057806215.1 |
Pfam | PF00560 |
LRR_1 | Repeat | 98 | 120 | 1.6e-22 | 75.4 | Leucine Rich Repeat |
XP_057806215.1 |
Pfam | PF00560 |
LRR_1 | Repeat | 123 | 143 | 1.6e-22 | 75.4 | Leucine Rich Repeat |
XP_057806215.1 |
Pfam | PF00560 |
LRR_1 | Repeat | 149 | 167 | 1.6e-22 | 75.4 | Leucine Rich Repeat |
XP_057806215.1 |
Pfam | PF00560 |
LRR_1 | Repeat | 216 | 235 | 1.6e-22 | 75.4 | Leucine Rich Repeat |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。