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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr04G000311`

染色体: Chr04 坐标: 2861166-2861804 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr04G000311`
名称	SmilChr04G000311
描述	polygalacturonase inhibitor 2-like
染色体 / SeqID	Chr04 / NC_080390.1
坐标与链方向	2861166 - 2861804 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131021143`
GeneID	`131021143`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131021143`
原始查询	`LOC131021143`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	polygalacturonase inhibitor 2-like
产物	polygalacturonase inhibitor 2-like
Arabidopsis	`AT5G06860` (PGIP1) polygalacturonase inhibiting protein 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:830577] identity=46; qcov=0.892; evalue=2.08e-52; confidence=high
Rice	`Os05g0104200` (PGIP1) - identity=54.7; qcov=0.75; evalue=3.29e-58; confidence=high
GO	GO:0005515 (protein binding)
KEGG	-
Pfam	PF00560 (LRR_1); PF08263 (LRRNT_2); PF13855 (LRR_8)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131021143

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Secreted	分泌到胞外	0.40000	`XP_057806216.1`
2	Cell membrane	细胞膜	0.40000	`XP_057806216.1`
3	Cell wall	细胞壁	0.20000	`XP_057806216.1`
4	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057806216.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057806216.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr4:2861169`	`C`	`CA`	1bp_insertion	frameshift_variant	3	B108,B47,C7
`Chr4:2861169`	`C`	`CA`	1bp_insertion	CDS_variant	3	B108,B47,C7
`Chr4:2861215`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B42,B46,C36,D3
`Chr4:2861321`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	29	A1,B11,B120,B15,B2,B27,B34,B46,B49,B62,B68,B70,B76,B80,B81,B91,B99,C15,C3,C45,C52,C63,C64,C66,C81,C82,C84,C87,D5
`Chr4:2861372`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10
`Chr4:2861392`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A16,B57
`Chr4:2861445`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B128,B9,C54,C85
`Chr4:2861459`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B4,B67,B95
`Chr4:2861565`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A1,A7,C36,C81,C87
`Chr4:2861585`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B109,B19
`Chr4:2861615`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B115
`Chr4:2861642`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A16,D7

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057806216.1

212 aa

106

212

LRRNT_2

LRR_1

LRR_8

LRR_1

PF08263 LRRNT_2 20-58 aa PF00560 LRR_1 113-135 aa PF13855 LRR_8 113-172 aa PF00560 LRR_1 137-159 aa PF00560 LRR_1 165-182 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057806216.1`	Pfam	`PF08263`	LRRNT_2	Family	20	58	3.9e-10	40.6	Leucine rich repeat N-terminal domain
`XP_057806216.1`	Pfam	`PF00560`	LRR_1	Repeat	113	135	3.9e-12	44.5	Leucine Rich Repeat
`XP_057806216.1`	Pfam	`PF13855`	LRR_8	Repeat	113	172	1.9e-08	34.7	Leucine rich repeat
`XP_057806216.1`	Pfam	`PF00560`	LRR_1	Repeat	137	159	3.9e-12	44.5	Leucine Rich Repeat
`XP_057806216.1`	Pfam	`PF00560`	LRR_1	Repeat	165	182	3.9e-12	44.5	Leucine Rich Repeat

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057950233.1
ATGCTGCTGCTCCTCTTCCTCGTGCTCCCTCAACTCTCGGCAGCAGCAGCGCTCTGCCACCCCGAAGACAGCGCCGCGCTGACAGCGTTCAAACACAGCTTCTCAAACCCCAACCCTTTCCCCACATGGGATCCCATCTTCGACTGCTGCGACTGGTACGGCGTCACCTGCAACGACACCACCAGCCGCGTCATCGGCCTCGACATCGCCCCTTACCAAGCCCTCGCCGGCACCATCCCTTCCTCCCTCGCCAATCTCAC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131021143
ATGCTGCTGCTCCTCTTCCTCGTGCTCCCTCAACTCTCGGCAGCAGCAGCGCTCTGCCACCCCGAAGACAGCGCCGCGCTGACAGCGTTCAAACACAGCTTCTCAAACCCCAACCCTTTCCCCACATGGGATCCCATCTTCGACTGCTGCGACTGGTACGGCGTCACCTGCAACGACACCACCAGCCGCGTCATCGGCCTCGACATCGCCCCTTACCAAGCCCTCGCCGGCACCATCCCTTCCTCCCTCGCCAATCTCAC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057806216.1
MLLLLFLVLPQLSAAAALCHPEDSAALTAFKHSFSNPNPFPTWDPIFDCCDWYGVTCNDTTSRVIGLDIAPYQALAGTIPSSLANLTHLQNLRLHKIPNLVGPIPPSLAEISQLRYLVISWTNISGPVPHFLAHLKNLAYLDLSFNRLSGSIPPSLATLPFLFAVDLSRNQLTGPIPQTFGHFPKTAGFPAIVLSERVTPGAPIRLVIFIYM

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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