当前解析结果
SmilChr01G001837| 统一新 Gene ID | SmilChr01G001837 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr01G001837 |
| 描述 | beta-1,6-galactosyltransferase GALT29A |
| 染色体 / SeqID | Chr01 / NC_080387.1 |
| 坐标与链方向 | 33314179 - 33315891 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131021149 |
|---|---|
| GeneID | 131021149 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131021149 |
| 原始查询 | LOC131021149 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | beta-1,6-galactosyltransferase GALT29A |
| 产物 | beta-1%2C6-galactosyltransferase GALT29A |
| Arabidopsis | AT1G08280 (AT1G08280)Glycosyltransferase family 29 (sialyltransferase) family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:837348] identity=50.2; qcov=1.01; evalue=1.06e-135; confidence=high |
| Rice | Os01g0858900 (STLP1)- identity=48.1; qcov=1.07; evalue=1.47e-116; confidence=high |
| GO | GO:0006486 (GO:0006486); GO:0008373 (sialyltransferase activity) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00777 (Glyco_transf_29) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131021149 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Golgi apparatus | 高尔基体 | 1.00000 | XP_057806226.1 |
| 2 | Golgi stack | 高尔基堆 | 0.20000 | XP_057806226.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057806226.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057806226.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057806226.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr1:33314524 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B104 |
Chr1:33314758 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B120,B95,C34 |
Chr1:33314856 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B28 |
Chr1:33314872 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | A2,B121,C39 |
Chr1:33314887 |
TG |
T |
1bp_deletion | frameshift_variant | 1 | B107 |
Chr1:33314887 |
TG |
T |
1bp_deletion | CDS_variant | 1 | B107 |
Chr1:33314894 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | A2,B121,C39 |
Chr1:33314895 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | A2,B121,C39 |
Chr1:33315251 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | A23 |
Chr1:33315414 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B77 |
Chr1:33315432 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B103,C56 |
Chr1:33315493 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C13,D10 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057806226.1PF00777
Glyco_transf_29 145-371 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057806226.1 |
Pfam | PF00777 |
Glyco_transf_29 | Family | 145 | 371 | 2.4e-38 | 132.8 | Glycosyltransferase family 29 (sialyltransferase) |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。