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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr04G000341`

染色体: Chr04 坐标: 3138167-3141860 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr04G000341`
名称	SmilChr04G000341
描述	uncharacterized SmilChr04G000341
染色体 / SeqID	Chr04 / NC_080390.1
坐标与链方向	3138167 - 3141860 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131021150`
GeneID	`131021150`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131021150`
原始查询	`LOC131021150`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	hit=Os03g0643433; species=rice; confidence=low
产物	hit=Os03g0643433; species=rice; confidence=low
Arabidopsis	`AT1G43760` (AT1G43760) DNAse I-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:840968] identity=26.3; qcov=0.29; evalue=7.77e-19; confidence=weak
Rice	`Os03g0643433` - identity=27.4; qcov=0.731; evalue=6.12e-75; confidence=low
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF00078 (RVT_1); PF13966 (zf-RVT)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131021150

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057806223.1`
2	Cytosol	细胞质基质	0.80000	`XP_057806223.1`
3	Nucleus	细胞核	0.20000	`XP_057806223.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057806223.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057806223.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr4:3138179`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B8,C83
`Chr4:3138180`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B27,B55,B91,C11,C69
`Chr4:3139008`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A5,B48
`Chr4:3139016`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B56,B7,B96,D11
`Chr4:3139049`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B114
`Chr4:3139112`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B1,B115,B53
`Chr4:3139135`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D11
`Chr4:3139136`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C32
`Chr4:3139160`	`G`	`GTT`	2bp_insertion	frameshift_variant	153	A1,A10,A11,A15,A16,A18,A19,A2,A20,A21,A22,A23,A25,A3,A4,A5,A6,A7,A8,B1,B100,B101,B102,B103,B105,B106,B108,B109,B11,B110,B112,B115,B118,B120,B121,B123,B125,B127,B128,B129,B13,B130,B131,B133,B134,B136,B138,B139,B14,B15,B18,B19,B20,B21,B22,B23,B26,B27,B28,B3,B30,B31,B36,B38,B39,B45,B46,B48,B51,B52,B53,B54,B55,B56,B57,B58,B60,B62,B65,B69,B7,B71,B72,B73,B75,B77,B81,B82,B83,B84,B87,B89,B9,B90,B92,B93,B95,B96,B98,B99,C1,C10,C12,C13,C17,C18,C19,C2,C20,C21,C25,C26,C27,C30,C32,C33,C35,C36,C37,C39,C41,C42,C44,C48,C49,C53,C54,C56,C57,C58,C59,C6,C60,C62,C64,C65,C68,C70,C72,C73,C75,C76,C77,C78,C8,C80,C81,C85,D1,D10,D11,D4,D8
`Chr4:3139170`	`TC`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	D11
`Chr4:3139170`	`TC`	`T`	1bp_deletion	CDS_variant	1	D11
`Chr4:3139173`	`T`	`TC`	1bp_insertion	frameshift_variant	158	A1,A10,A11,A15,A16,A18,A19,A2,A20,A21,A22,A23,A25,A3,A4,A5,A6,A7,A8,B1,B100,B101,B102,B103,B105,B106,B108,B109,B11,B110,B112,B115,B118,B120,B121,B123,B125,B127,B128,B129,B13,B130,B131,B132,B133,B134,B136,B138,B139,B14,B15,B18,B19,B20,B21,B22,B23,B26,B27,B28,B3,B30,B31,B36,B38,B39,B45,B46,B48,B51,B52,B53,B54,B55,B56,B57,B58,B60,B62,B65,B66,B69,B7,B71,B72,B73,B75,B76,B77,B8,B81,B82,B83,B85,B87,B89,B9,B90,B92,B93,B95,B96,B98,B99,C1,C10,C12,C13,C17,C18,C19,C2,C20,C21,C25,C26,C27,C30,C32,C33,C35,C36,C37,C39,C41,C42,C44,C48,C49,C53,C54,C56,C57,C58,C59,C6,C60,C62,C64,C65,C68,C70,C72,C73,C75,C76,C77,C78,C8,C80,C81,C84,C85,D1,D10,D11,D4,D8

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057806223.1

904 aa

452

904

RVT_1

zf-RVT

PF00078 RVT_1 233-492 aa PF13966 zf-RVT 710-803 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057806223.1`	Pfam	`PF00078`	RVT_1	Domain	233	492	1.3e-32	114.0	Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase)
`XP_057806223.1`	Pfam	`PF13966`	zf-RVT	Domain	710	803	3.3e-17	63.6	zinc-binding in reverse transcriptase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057950240.1
ATGGGCCATAACCGGAAGACGTGCGGCGACCTGAAGAGGCTTAAGGAAGACCTCAAGGTTTGGAACAGAGCTTCGTTCGGAATTGCTGAGGAGTCCATTTCCAGATTGAAGGACGAAATCCATAGCTGGGATGCCATTGATGACACTTTGGGCCTCGAGGAGGACGAGGCTGTCAAGAGAAATGAAGCTGTTTCCAATCTCCTCTCTCAACTGGAAACTAGGGATAACATTCTTGCTCAAAAAGCGAGGCCGAGGTGGGC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131021150
ATGGGCCATAACCGGAAGACGTGCGGCGACCTGAAGAGGCTTAAGGAAGACCTCAAGGTTTGGAACAGAGCTTCGTTCGGAATTGCTGAGGAGTCCATTTCCAGATTGAAGGACGAAATCCATAGCTGGGATGCCATTGATGACACTTTGGGCCTCGAGGAGGACGAGGCTGTCAAGAGAAATGAAGCTGTTTCCAATCTCCTCTCTCAACTGGAAACTAGGGATAACATTCTTGCTCAAAAAGCGAGGCCGAGGTGGGC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057806223.1
MGHNRKTCGDLKRLKEDLKVWNRASFGIAEESISRLKDEIHSWDAIDDTLGLEEDEAVKRNEAVSNLLSQLETRDNILAQKARPRWAKEGDVNSGYFHRFIKGRRMKNEISGMTVNGSWSEKPEEVKKAVKEFFQNQFRSRARRRPNLPDDFIQKKLSDDNRDWLVRPFTEEEIKEAVWNCDSGKSPGPDGFNFHFMKHCWEIIKDDIVKVFREFHNQGKIARGCNPSFIVLIPKKEAPIELNDFRPISLINCLYKVLAK...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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