Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr04G002018`

染色体: Chr04 坐标: 32744425-32746559 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr04G002018`
名称	SmilChr04G002018
描述	uncharacterized SmilChr04G002018
染色体 / SeqID	Chr04 / NC_080390.1
坐标与链方向	32744425 - 32746559 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131021188`
GeneID	`131021188`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131021188`
原始查询	`LOC131021188`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述	hit=Os04g0465800; species=rice; confidence=high
产物	hit=Os04g0465800; species=rice; confidence=high
Arabidopsis	`-` -
Rice	`Os04g0465800` - identity=59.7; qcov=1.02; evalue=2.03e-68; confidence=high
GO	-
KEGG	-
Pfam	-
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131021188

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Endoplasmic reticulum	内质网	1.00000	`XP_057806265.1`
2	Endoplasmic reticulum membrane	内质网膜	1.00000	`XP_057806265.1`
3	Golgi apparatus	高尔基体	0.40000	`XP_057806265.1`
4	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057806265.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057806265.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr4:32744549`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B138,C47
`Chr4:32744610`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B108
`Chr4:32744626`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C30
`Chr4:32744704`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B63
`Chr4:32744870`	`TCA`	`T`	2bp_deletion	frameshift_variant	1	B10
`Chr4:32744870`	`TCA`	`T`	2bp_deletion	CDS_variant	1	B10
`Chr4:32744891`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B63
`Chr4:32744927`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	1	B88
`Chr4:32744927`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B88
`Chr4:32746309`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B63,C48
`Chr4:32746324`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A2,A8
`Chr4:32746408`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B108

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中，此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA

XM_057950282.1
TAAATTCAGTTCATTACTACTTTACTAGTCTCCAACTCCAAGAAATAAAAGTCGGGTAGACTTTTCTTTACGTTTTCCACAGACCAAAATTCAGCCAACAGCAAATTCTGCCAAAAGCTTCACACCGCAGCATGCCGGGCCCGGGCCCGCACATGATTTACGCCATCGGGTCGGGCCAAGGGCTGATGCATGTTTCGAACGGGAGATTCGGCCCTCACCACTGCGTTACGTACGCCATCAACGCCTTCTTCGGGCCGGAT...

XM_057950283.1
TAAATTCAGTTCATTACTACTTTACTAGTCTCCAACTCCAAGAAATAAAAGTCGGGTAGACTTTTCTTTACGTTTTCCACAGACCAAAATTCAGCCAACAGCAAATTCTGCCAAAAGCTTCACACCGCAGCATGCCGGGCCCGGGCCCGCACATGATTTACGCCATCGGGTCGGGCCAAGGGCTGATGCATGTTTCGAACGGGAGATTCGGCCCTCACCACTGCGTTACGTACGCCATCAACGCCTTCTTCGGGCCGGAT...

CDS

3 records

下载 CDS FASTA

LOC131021188
ATGCCGGGCCCGGGCCCGCACATGATTTACGCCATCGGGTCGGGCCAAGGGCTGATGCATGTTTCGAACGGGAGATTCGGCCCTCACCACTGCGTTACGTACGCCATCAACGCCTTCTTCGGGCCGGATATAGGGTCCTTCTGCGAGTGGTTGAGCTCAATTATGGGTTCGGGCCGACTCTTGGGCTCCTCCGTCGAGCAATGGATCCACGACCCCTTCTACTACGCTTTGATTCTGGGATTCCCTCTTTCACTTCTCTA...

Protein

3 records

下载 Protein FASTA

XP_057806265.1
MPGPGPHMIYAIGSGQGLMHVSNGRFGPHHCVTYAINAFFGPDIGSFCEWLSSIMGSGRLLGSSVEQWIHDPFYYALILGFPLSLLYTCLSRFLLQRGLLDSFSGAPLNVRQCFLLIFAGSLSHFFLDHLFEENGHSSMYTWILSTGWWKTRAPVNPDAVVVIGLLCAALIGGFIYIYRVKPLKSPVRRQYHKSLRLTLVVAVAYCLWCATQIYLVRPRRAAVGEEADLGVLVFLGIFFFFPHCLCILSMNAREMVELPL

XP_057806266.1
MPGPGPHMIYAIGSGQGLMHVSNGRFGPHHCVTYAINAFFGPDIGSFCEWLSSIMGSGRLLGSSVEQWIHDPFYYALILGFPLSLLYTCLSRFLLQRGLLDSFSGAPLNVRQCFLLIFAGSLSHFFLDHLFEENGHSSMYTWILSTGWWKTRAPVNPDAVVVIGLLCAALIGGFIYIYRFHGE

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器