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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr04G002022`

染色体: Chr04 坐标: 32780405-32786015 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr04G002022`
名称	SmilChr04G002022
描述	RNA-dependent RNA polymerase 2
染色体 / SeqID	Chr04 / NC_080390.1
坐标与链方向	32780405 - 32786015 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131021192`
GeneID	`131021192`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131021192`
原始查询	`LOC131021192`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	RNA-dependent RNA polymerase 2
产物	RNA-dependent RNA polymerase 2
Arabidopsis	`AT4G11130` (RDR2) RNA-dependent RNA polymerase 2 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:826714] identity=55.7; qcov=0.981; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os04g0465700` (OsRDR2) - identity=50.8; qcov=0.985; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0003723 (RNA binding); GO:0003968 (RNA-directed RNA polymerase activity); GO:0030422 (siRNA processing); GO:0031380 (nuclear RNA-directed RNA polymerase complex)
KEGG	-
Pfam	PF05183 (RdRP); PF24823 (PH_RDR2); PF26250 (RRM_RdRP1_2); PF26252 (RdRP_helical); PF26253 (RdRP_head)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131021192

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057806274.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.60000	`XP_057806274.1`
3	Cytosol	细胞质基质	0.20000	`XP_057806274.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057806274.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057806274.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr4:32780690`	`TCA`	`T`	2bp_deletion	frameshift_variant	56	A16,A2,A22,A3,A8,B1,B118,B121,B125,B126,B129,B133,B137,B138,B27,B42,B43,B47,B48,B51,B58,B59,B60,B65,B66,B7,B77,B80,B81,B84,B87,B89,B90,B92,C11,C14,C26,C30,C34,C37,C39,C41,C42,C47,C48,C58,C59,C61,C69,C70,C75,C78,C79,C82,C84,C87
`Chr4:32780694`	`C`	`CA`	1bp_insertion	frameshift_variant	203	A10,A11,A14,A16,A18,A19,A2,A20,A21,A22,A23,A24,A25,A3,A4,A5,A7,A8,A9,B1,B100,B101,B102,B104,B105,B106,B107,B108,B109,B110,B111,B112,B114,B115,B117,B118,B12,B120,B121,B123,B125,B127,B129,B13,B130,B131,B132,B133,B134,B135,B136,B137,B138,B139,B14,B140,B15,B16,B18,B2,B21,B22,B23,B24,B25,B26,B27,B28,B3,B31,B33,B34,B36,B37,B38,B39,B41,B42,B43,B44,B46,B47,B48,B49,B5,B50,B51,B52,B53,B58,B59,B60,B61,B62,B63,B65,B66,B67,B69,B7,B70,B71,B72,B73,B74,B75,B77,B78,B8,B80,B81,B83,B84,B85,B86,B87,B88,B89,B90,B91,B92,B94,B95,B97,B99,C1,C10,C11,C13,C14,C16,C17,C18,C19,C20,C24,C25,C26,C27,C28,C30,C31,C32,C33,C34,C35,C36,C37,C39,C4,C41,C42,C43,C44,C45,C46,C47,C48,C49,C50,C52,C53,C54,C55,C58,C59,C6,C60,C61,C62,C63,C65,C67,C68,C69,C7,C70,C71,C72,C73,C74,C75,C76,C77,C78,C79,C8,C80,C82,C83,C84,C85,C86,C87,C9,D10,D11,D2,D3,D4,D6,D7,D9
`Chr4:32780700`	`A`	`AT`	1bp_insertion	frameshift_variant	62	A11,A16,A21,A3,A4,A7,A8,B100,B106,B109,B110,B117,B118,B125,B13,B134,B138,B139,B14,B18,B24,B28,B3,B34,B37,B50,B60,B66,B71,B72,B73,B75,B78,B8,B83,B89,B94,B97,C10,C20,C24,C25,C32,C35,C36,C37,C45,C49,C59,C63,C68,C73,C74,C75,C76,C83,C86,C9,D11,D4,D6,D7
`Chr4:32780834`	`C`	`CGT`	2bp_insertion	frameshift_variant	2	A22,C49
`Chr4:32780834`	`C`	`CGT`	2bp_insertion	CDS_variant	2	A22,C49
`Chr4:32780900`	`C`	`CCT`	2bp_insertion	frameshift_variant	47	A10,B108,B112,B114,B12,B120,B123,B127,B13,B131,B136,B15,B16,B18,B22,B23,B25,B28,B33,B37,B38,B5,B53,B62,B66,B67,B71,B85,C10,C13,C14,C16,C17,C27,C33,C36,C44,C45,C48,C55,C62,C67,C68,C8,C83,C86,D6
`Chr4:32780937`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C15,C40
`Chr4:32780962`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A5,B29
`Chr4:32780983`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B103,B122,B71,C24,C49
`Chr4:32781006`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C57
`Chr4:32781114`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A23,B69
`Chr4:32781339`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057806274.1

1152 aa

576

1152

RRM_RdRP1_2

PH_RDR2

RdRP_helical

RdRP

RdRP_head

PF26250 RRM_RdRP1_2 14-92 aa PF24823 PH_RDR2 117-270 aa PF26252 RdRP_helical 294-366 aa PF05183 RdRP 389-966 aa PF26253 RdRP_head 989-1141 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057806274.1`	Pfam	`PF26250`	RRM_RdRP1_2	Domain	14	92	2.2e-22	80.0	RdRP1/2, RRM domain
`XP_057806274.1`	Pfam	`PF24823`	PH_RDR2	Domain	117	270	7.9e-62	208.5	RDR2 PH-like domain
`XP_057806274.1`	Pfam	`PF26252`	RdRP_helical	Domain	294	366	1.6e-13	51.3	RNA dependent RNA polymerase, helical domain
`XP_057806274.1`	Pfam	`PF05183`	RdRP	Family	389	966	1.3e-188	629.1	RNA dependent RNA polymerase
`XP_057806274.1`	Pfam	`PF26253`	RdRP_head	Domain	989	1141	3.5e-32	112.3	RdRP, head domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057950291.1
GAGGAGGGGCACAGATAGCAGAAAATCCCCGTTTACCAAAGTCCAATAAATTCACACTCGTACATCACAAATCACACTAGTCTAGTAATCCTCTCTTTCTCTCTCTCTCACCATGATCATCCCCCTTCTCACAGAGGCAATACCCACCCTCACAGTAAAGGTAACCAACATTCCACCGATAGCCATAGCCAAAGACCTCCAAGCATTCCTGGAGTCCGTACTCGGAAAAGGCACGGTATTCGCTGTCGAAATCTTCACGG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131021192
ATGATCATCCCCCTTCTCACAGAGGCAATACCCACCCTCACAGTAAAGGTAACCAACATTCCACCGATAGCCATAGCCAAAGACCTCCAAGCATTCCTGGAGTCCGTACTCGGAAAAGGCACGGTATTCGCTGTCGAAATCTTCACGGAGCGTGAGAACTGGAAGTCGAGAGGCCATGGCCGCGTCCAATTCGAGAGCCCAGAAGCCAAAATCGAAGCTTTATCACTCTCCCACCACAGGAAGCTCATTTTCAAAGGGTT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057806274.1
MIIPLLTEAIPTLTVKVTNIPPIAIAKDLQAFLESVLGKGTVFAVEIFTERENWKSRGHGRVQFESPEAKIEALSLSHHRKLIFKGFYLSVTHSLEEIIIRPVDPIYRVGDGGGLVLFAGIMIRADCMGTLESWNGMKLWFMPERKKIHFFVDHGGESYKLEVQFGDVLESRGCCLGGGDMKVDAILLKLRHAPKIFKKVSGPKIASRFTTDRYHICKEDYDFIWVRTTDFSSMKSIGYLSSLCWEIEEGFSNLDLYTSL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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