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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G002033

染色体: Chr04 坐标: 33022980-33027433 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G002033
名称SmilChr04G002033
描述uncharacterized SmilChr04G002033
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向33022980 - 33027433 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131021204
GeneID131021204
locus_tag-
NCBI NameLOC131021204
原始查询LOC131021204

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131021204

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057806287.1
2 Nucleoplasm 核质 0.40000 XP_057806287.1
3 Chromosome 染色体 0.20000 XP_057806287.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057806287.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057806287.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:33026312 AC A 1bp_deletion frameshift_variant 24 A14,A22,A23,A7,B103,B106,B110,B123,B18,B28,B3,B40,B43,B45,B46,B76,C15,C20,C41,C51,C83,D3,D5,D9
Chr4:33026383 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B29,C79
Chr4:33026388 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B15
Chr4:33026389 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B112
Chr4:33026391 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C79
Chr4:33026404 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B12,B68,D2
Chr4:33026405 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B82,C64,C66,D7
Chr4:33026407 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C40
Chr4:33026411 C CG 1bp_insertion frameshift_variant 10 B110,B112,B121,B3,B45,B55,B90,B92,C22,D1
Chr4:33026413 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B15,C23
Chr4:33026421 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B112,B93
Chr4:33026435 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B100,B104,B140,B37,D7

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057950304.1
AGATTCGAGGCCGACTCGAAGATCGAACACAGCGATTTCCGTCGGATATCAGGGAGAAGCGACGATCGAGGCCCCGAGAGAGAAGAAATGAGCTTTTTTACAAATTGTGCGTGTATTCCAAGAGCTCTCCGATCCCTTTTTCAAATTCTTCTCTTCTTCTTTTCTTTTATTTTCATTTTTTGTTGTGGATCTGATGAATTTGACCGGAGATGTGAGGGGCAGCTGGTCCTTTCCCGGCGATTCTCAGGTGGTTTTTGCGC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131021204
ATGTCGCACCCCAAGATGAATCTTCTTCCGGAAAAGGATAGTTATGAAACTTATTTGAAGCTGCGGGAGAAGAAGAAAGCATCCGGCAGGGGCAAGAAGGGTGGTTCGGGTAGTGAGCCCGTTAGTGAGTCCGATGTCCAAGTGGTCGAACCGTCAGGGCGGTCAAAGAGGAAGAAGAAAGCAGCGCCTTCTGAGGTCCCGGACTACTCCGATGGCTCTATCCATCTCACACTTCCTAGTGGGACTTTAGCCCGAATCGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057806287.1
MSHPKMNLLPEKDSYETYLKLREKKKASGRGKKGGSGSEPVSESDVQVVEPSGRSKRKKKAAPSEVPDYSDGSIHLTLPSGTLARIDYDSCADHFERLLLEDDRTRMLKVGVVDSVSTSARLAFQGYQYTLFMKEQLVEMADQLKVALRKQDALRKELEEVKGRYETAEKELRDELSLKSLLISTLQSQIGQLEATLNVREEELRFSHLETVVLTRGEMMKEFKEGKAGS

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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