Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr04G002047`

染色体: Chr04 坐标: 33207941-33210377 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr04G002047`
名称	SmilChr04G002047
描述	uncharacterized SmilChr04G002047
染色体 / SeqID	Chr04 / NC_080390.1
坐标与链方向	33207941 - 33210377 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131021216`
GeneID	`131021216`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131021216`
原始查询	`LOC131021216`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	confidence=no_hit
产物	confidence=no_hit
Arabidopsis	`-` -
Rice	`-` -
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF09331 (DUF1985); PF29561 (DUF8566)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131021216

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057806301.1`
2	Nucleoplasm	核质	0.40000	`XP_057806302.1`
3	Chromosome	染色体	0.20000	`XP_057806302.1`
4	Cytoplasm	细胞质	0.20000	`XP_057806302.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057806301.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr4:33208137`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C49
`Chr4:33208691`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	2	A10,D9
`Chr4:33208691`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A10,D9
`Chr4:33208715`	`TA`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	7	A4,B78,B8,C19,C35,C53,C70
`Chr4:33208719`	`G`	`GTA`	2bp_insertion	frameshift_variant	3	B131,B22,C28
`Chr4:33208719`	`G`	`GTA`	2bp_insertion	CDS_variant	3	B131,B22,C28
`Chr4:33208727`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B105,B64,C72
`Chr4:33208750`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B126,B92,D10
`Chr4:33208785`	`A`	`AG`	1bp_insertion	frameshift_variant	33	A14,A16,A4,B104,B11,B120,B122,B14,B140,B16,B30,B34,B37,B45,B47,B55,B62,B64,B78,B85,B93,C10,C13,C46,C5,C53,C56,C63,C77,C81,C85,D11,D3
`Chr4:33208814`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	28	A10,B104,B117,B137,B21,B32,B40,B42,B47,B5,B50,B56,B61,B63,B66,B75,B79,B96,C1,C31,C40,C42,C5,C58,C78,C8,D5,D9
`Chr4:33208815`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	37	A10,A15,A25,B105,B106,B107,B11,B118,B120,B126,B130,B140,B15,B16,B17,B19,B25,B45,B64,B70,B71,B72,B74,B79,B85,B9,B98,C16,C21,C24,C25,C56,C6,C64,C72,C80,C81
`Chr4:33208822`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B128,B137,B6,C48,C67

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057806301.1

498 aa

249

498

DUF1985

DUF8566

PF09331 DUF1985 77-212 aa PF29561 DUF8566 82-225 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057806301.1`	Pfam	`PF09331`	DUF1985	Family	77	212	3.7e-15	56.8	Domain of unknown function (DUF1985)
`XP_057806301.1`	Pfam	`PF29561`	DUF8566	Domain	82	225	4.3e-10	40.4	Domain of unknown function (DUF8566)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA

XM_057950319.1
GTAACAAATCTCTCCAACCCTTTTTTTAAAAACAATTGATGCGCCCCACCCCAATTCTCTCTCTGCGGAAATTCTCTCTCTCTCTGCGGAACAAATCTCTCTCTCTCTGCGGAAATTCTCCCTCTCCCTCTCTCGACCGAAGCTTTATTTATTTTCACCGTAAATTGGCCGCCGGCGCCGGAGAAGATGGACCAACCGAATGAGGGTCATCCTGTTTTTTTGAGAGCGGACACAATTAATTCAACGTGGGACGTTGGCAC...

XM_057950318.1
TCTCTCCAACCCTTTTTTTAAAAACAATTGATGCGCCCCACCCCAATTCTCTCTCTGCGGAAATTCTCTCTCTCTCTGCGGAACAAATCTCTCTCTCTCTGCGGAAATTCTCCCTCTCCCTCTCTCGACCGAAGCTTTATTTATTTTCACCGTAAATTGGCCGCCGGCGCCGGAGAAGATGGACCAACCGAATGAGGGTCATCCTGTTTTTTTGAGAGCGGACACAATTAATTCAACGTGGGACGTTGGCACATATTATA...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA

LOC131021216
ATGGACCAACCGAATGAGGGTCATCCTGTTTTTTTGAGAGCGGACACAATTAATTCAACGTGGGACGTTGGCACATATTATAAAATAAAGTATCTTAGCAAGGTAAAATCTGTTTTGAAGGAAAAAGGTGGTCAACAGTTATTAGATAGATTTATAGGGGGTTGTTTTGGACATTTTTTGGATTGGAATCCTGGTCCGAAATGTGCAATGGCCGTGCATCATGTGGTATCCCGCCAAATAAAATCAGATAATAATGATCT...

LOC131021216
ATGGACCAACCGAATGAGGGTCATCCTGTTTTTTTGAGAGCGGACACAATTAATTCAACGTGGGACGTTGGCACATATTATAAAATAAAGTATCTTAGCAAGGAGCAACAAATATTGGAGCTTCAACCAGATGAATTTGAACTGACGACCATGTACTACTTATCTACACTTGGATTTGATTTGGGTCAACCGGGTGAAGAAGATGATAACCAGGAGGAAGAGCCTCATCCATCCGGCTCTTTGAATGATATCCATAGGGC...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA

XP_057806301.1
MDQPNEGHPVFLRADTINSTWDVGTYYKIKYLSKVKSVLKEKGGQQLLDRFIGGCFGHFLDWNPGPKCAMAVHHVVSRQIKSDNNDLCFKLNNTKVYLSRRDYALVTGLQFGDFNYDMSRNHNLDEVEVFRRFSCGQSHVKVSFLVDFFDNFKIDDEDGSLHLKIAYIIVLYGLLVGYETDKTVEHWVWALVDDLDAFNRFPWGAYSYNLLCHHASKIFTSKKQYKFYEPVWALHVWSLEVMPDLGQVVGKCVAEFAHPR...

XP_057806302.1
MDQPNEGHPVFLRADTINSTWDVGTYYKIKYLSKEQQILELQPDEFELTTMYYLSTLGFDLGQPGEEDDNQEEEPHPSGSLNDIHRARHEETPDLLFDAPIETHEVSALHDTPIGVEDIPWTGTDRRVRGSSSRDGSRGKAREKRVRQPTPSSSSSSGEQANRRVDREYIDNAVRRIDAANEARMQRHSDALHERVHLMCNGLIQRNMRCILLISGCTRYIHGRSVYITLRWIIPSIVSHKNLWLDLIGA

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器