Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr04G002055`

染色体: Chr04 坐标: 33275876-33277372 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr04G002055`
名称	SmilChr04G002055
描述	probable transcription factor At1g11510
染色体 / SeqID	Chr04 / NC_080390.1
坐标与链方向	33275876 - 33277372 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131021223`
GeneID	`131021223`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131021223`
原始查询	`LOC131021223`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	probable transcription factor At1g11510
产物	probable transcription factor At1g11510
Arabidopsis	`AT4G00390` (AT4G00390) DNA-binding storekeeper protein-related transcriptional regulator [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:828200] identity=35.5; qcov=0.826; evalue=1.91e-31; confidence=medium
Rice	`Os09g0451700` - identity=38.9; qcov=0.373; evalue=5.4e-22; confidence=low
GO	GO:0005634 (nucleus); GO:0006355 (regulation of DNA-templated transcription)
KEGG	-
Pfam	PF04504 (GeBP-like_DBD)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131021223

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057806315.1`
2	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057806315.1`
3	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057806315.1`
4	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057806315.1`
5	Telomere	端粒	0.00000	`XP_057806315.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr4:33276190`	`TC`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	C18
`Chr4:33276190`	`TC`	`T`	1bp_deletion	CDS_variant	1	C18
`Chr4:33276559`	`GT`	`G`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	B33
`Chr4:33276559`	`GT`	`G`	1bp_deletion	CDS_variant	1	B33
`Chr4:33276561`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B33
`Chr4:33276685`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B1,B104,B44,B46,C85
`Chr4:33276870`	`T`	`TC`	1bp_insertion	frameshift_variant	5	B137,B55,B62,B96,C27
`Chr4:33276870`	`T`	`TC`	1bp_insertion	CDS_variant	5	B137,B55,B62,B96,C27
`Chr4:33277138`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B138,B41,C47
`Chr4:33277202`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B13

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057806315.1

351 aa

176

351

GeBP-like_DBD

PF04504 GeBP-like_DBD 140-234 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057806315.1`	Pfam	`PF04504`	GeBP-like_DBD	Domain	140	234	2.2e-36	125.1	Glabrous-enhancer-binding protein-like family, DBD domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057950332.1
TTATTATACCGACTTCACTTTTCTCTGTACATTCTATTTTCCGCTTAGTGTATGAAACGACGCCGGTCAGTAACTACGCGTATAAAGAATTTGGGAAATACGCACAAAATTGTCTATCGCTACCCACAAACCCTAGTTCTCCCTGAAAGTGATGACTAGAAATCGGGAGCCTGCGAGGCCGGCGGAGTCCCAATCGGAATCCGACGATGAAATCGACTCACAAGACTCCGACTCCGAACCAGAACCCTCACAGATCCAGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131021223
ATGACTAGAAATCGGGAGCCTGCGAGGCCGGCGGAGTCCCAATCGGAATCCGACGATGAAATCGACTCACAAGACTCCGACTCCGAACCAGAACCCTCACAGATCCAGACGGCGACGCAAAAGAAATCCCAGCCTCCGCCGCCGGCCCCTTCTTCCTCCGAGGAAGAAGACTCCGGATCTGAATCCGAGTCGGAGTCCGACGGACCAGATCCGAACGTAAGGCCTCTAGCGTCCAAGCCAGTCGAAGAGGCTCAGAAATC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057806315.1
MTRNREPARPAESQSESDDEIDSQDSDSEPEPSQIQTATQKKSQPPPPAPSSSEEEDSGSESESESDGPDPNVRPLASKPVEEAQKSSNGTKKARSTEPVTPTKSATAKRAAEDTADKDAKKSKKASAEPEVSEKKSNLFQRLWSEEDEIVILKGMIDYTSKNKSDPISDLNAFHDFIKKNLHIDVTRTQLQDKIRRLKKKYENNKSKEKEGKERTFSKPHEQSAYDLSKAIWGNETGKEIGGVKLVNGSVVRKAASKKV...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器