Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr04G002064`

染色体: Chr04 坐标: 33368725-33370658 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr04G002064`
名称	SmilChr04G002064
描述	probable myosin-binding protein 5
染色体 / SeqID	Chr04 / NC_080390.1
坐标与链方向	33368725 - 33370658 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131021233`
GeneID	`131021233`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131021233`
原始查询	`LOC131021233`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	probable myosin-binding protein 5
产物	probable myosin-binding protein 5
Arabidopsis	`AT1G74830` (AT1G74830) myosin-binding protein, putative (Protein of unknown function, DUF593) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:843822] identity=39; qcov=1.14; evalue=1.3e-102; confidence=medium
Rice	`Os03g0259900` - identity=61.2; qcov=0.211; evalue=1.01e-27; confidence=weak
GO	GO:0017022 (myosin binding)
KEGG	-
Pfam	PF04576 (Zein-binding)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131021233

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus membrane	核膜	0.80000	`XP_057806329.1`
2	Nucleus	细胞核	0.40000	`XP_057806329.1`
3	Endoplasmic reticulum	内质网	0.20000	`XP_057806329.1`
4	Endoplasmic reticulum membrane	内质网膜	0.20000	`XP_057806329.1`
5	Peroxisome	过氧化物酶体	0.20000	`XP_057806329.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr4:33369204`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B22,D10
`Chr4:33369240`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B138,B52,C47
`Chr4:33369495`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D11
`Chr4:33369585`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B41
`Chr4:33369852`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B53
`Chr4:33369889`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D11
`Chr4:33369952`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C44
`Chr4:33370100`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C73

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057806329.1

464 aa

232

464

Zein-binding

PF04576 Zein-binding 252-342 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057806329.1`	Pfam	`PF04576`	Zein-binding	Coiled-coil	252	342	4.1e-32	111.0	Zein-binding

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057950346.1
AATAAGAAAAAAGAAAAGAAAAGAAGAAGTATTGTCATCATGGGCAGACCGTTAATTCAGGTAAATGGTCCTTAACCAATCTAGACATCCTTATTTTTGGCAAACCTTTTAGGTAACCATCCTCGCGCAGTTAACAGCCATCTAGAGAGAGAACAAATTAGAGAGAAGAGAGAGAAGAAAAGGGAAGGAGAGAGATCAAGATATCCAAAAACGGTTCTTGATTCTCTCTTCTTTCCAATTTGTCCCATTTAATCTCGAAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131021233
ATGCTTCCCGCGGGAGCATTGAGGACATTGATCGAGGAAAAGTTTGGAAGCCTGCCCTATCTCTTCATCTACGCCCTCCTCGAATGGCTGCTCATCATCCTGCTCTTCCTCGACGGCTTCCTCTCCTTCCTCTCCAACGAGATCGCCCGATTCTTCCAGCTCCAAACTCCATGCCTGCTCTGCACCAGGCTTGATCATGTCCTGGTGCAGAGGAGCTCCAACTTCTACTACAATGAATCCATTTGCGAGGTTCACAAGAG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057806329.1
MLPAGALRTLIEEKFGSLPYLFIYALLEWLLIILLFLDGFLSFLSNEIARFFQLQTPCLLCTRLDHVLVQRSSNFYYNESICEVHKRDISTLTYCHVHKRLSDIRSMCQGCLLSSDKDSDCDRRNKYELEIVGNERIGILRCSCCGEPLRSRYNNPNLSLLLPASPRTPSFDAKYTELKLMTANTQDAHLVDTHGRGDMIEDEPRTPHFTDRNRFFGIPLTDGATPASAMVLEEGEGEGEGEGEGEGDLVARLKRQLTLD...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器