Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr04G002079`

染色体: Chr04 坐标: 33561589-33570583 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr04G002079`
名称	SmilChr04G002079
描述	magnesium transporter MRS2-3-like
染色体 / SeqID	Chr04 / NC_080390.1
坐标与链方向	33561589 - 33570583 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131021246`
GeneID	`131021246`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131021246`
原始查询	`LOC131021246`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	magnesium transporter MRS2-3-like
产物	magnesium transporter MRS2-3-like
Arabidopsis	`AT3G19640` (MGT4) magnesium transporter 4 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:821501] identity=57; qcov=1.02; evalue=2.43e-165; confidence=high
Rice	`Os01g0908500` (OsMRS2-3) - identity=54.7; qcov=0.979; evalue=8.43e-143; confidence=high
GO	GO:0015095 (magnesium ion transmembrane transporter activity); GO:0015693 (magnesium ion transport)
KEGG	-
Pfam	PF22099 (MRS2-like)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131021246

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cell membrane	细胞膜	1.00000	`XP_057806340.1`
2	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057806340.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057806340.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057806340.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057806340.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr4:33561931`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B41
`Chr4:33561934`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B41
`Chr4:33561956`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B54
`Chr4:33561970`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B104,C85
`Chr4:33562132`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B103
`Chr4:33562253`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C32,C68
`Chr4:33562254`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C32,C68
`Chr4:33570153`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B41
`Chr4:33570216`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B41
`Chr4:33570312`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D11

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057806340.1

437 aa

218

437

MRS2-like

PF22099 MRS2-like 30-99 aa PF22099 MRS2-like 178-278 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057806340.1`	Pfam	`PF22099`	MRS2-like	Family	30	99	6.5e-32	111.4	Magnesium transporter MRS2-like
`XP_057806340.1`	Pfam	`PF22099`	MRS2-like	Family	178	278	6.5e-32	111.4	Magnesium transporter MRS2-like

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057950357.1
AAATCAAGTTTGTTTTGTGAGTAATTTATAAGCCCCTTGCTCAATTTTGCAAATTCCCTTCCTGCCCTACTTGTGTGGGTAGGGTCGTACTAGGCTAGTTTGAATTGAAATATAGTGTGGCAATAGAGAAAGAAGTTGTTTTCATGCAGATCGACTCCTGATATAAAGCAGTTGAAGATTCGCCATCCCAAATTCCATAGCAATCAATGAAATACCCGGCGGATTCAGTGGAAGCGGGGCGGTCAACGGCGGCGGGGCTC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131021246
ATGAAATACCCGGCGGATTCAGTGGAAGCGGGGCGGTCAACGGCGGCGGGGCTCCGGAAGAAGGGCGCGTGGGTTCGGGCGTGGCTGGTGGTGGACTCATCGGGGCAGGCGGAGGTGGTGGAGGCCGGGAAGCACGCCATCATGCAGCGGACGGGTCTCCCGGCCCGAGATCTCCGGATGCTGGACCCGGCCCTCTCCTACCCGTCCACCGTTTTGGGGCGAGAGCGGGCCATCGTCGTCAATTTGGAAAACATCAGGTC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057806340.1
MKYPADSVEAGRSTAAGLRKKGAWVRAWLVVDSSGQAEVVEAGKHAIMQRTGLPARDLRMLDPALSYPSTVLGRERAIVVNLENIRSIITSHEMIFQNSKDPLLTPFVHKIQGVFRHRQAVVFSQECGEVGKKEVWTDFYSSNEPQSMADGGDQIYSSGRFQQSKKEEEGNAEQVGETLKILPFEFVALEACLEATCTSLDDEATRLEQEAHPALDKLTSKISTLNLDRVRHIKSRLVAITGRVQKVRDELEHLLDDDED...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器