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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G002120

染色体: Chr04 坐标: 34196204-34199247 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G002120
名称SmilChr04G002120
描述beta-glucosidase 12-like
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向34196204 - 34199247 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131021280
GeneID131021280
locus_tag-
NCBI NameLOC131021280
原始查询LOC131021280

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述beta-glucosidase 12-like
产物beta-glucosidase 12-like
ArabidopsisAT3G60130 (BGLU16)
beta glucosidase 16 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:825183]
identity=47.4; qcov=0.849; evalue=1.61e-150; confidence=high
RiceOs04g0474800 (Os4bglu12)
-
identity=47.3; qcov=0.851; evalue=1.08e-149; confidence=high
GOGO:0005975 (carbohydrate metabolic process); GO:0008422 (beta-glucosidase activity)
KEGG-
PfamPF00232 (Glyco_hydro_1)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131021280

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057806388.1
2 Peroxisome 过氧化物酶体 0.20000 XP_057806388.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057806388.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057806388.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057806388.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:34197278 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C23,C35
Chr4:34197412 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A24,B113,B122,B68,C87
Chr4:34197590 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B22
Chr4:34198551 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B109,B18,B69
Chr4:34198871 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B67
Chr4:34198907 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B136,B66

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057806388.1
591 aa
N
1
296
591
Glyco_hydro_1
C
PF00232 Glyco_hydro_1 49-551 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057806388.1 Pfam PF00232 Glyco_hydro_1 Domain 49 551 5.8e-147 490.6 Glycosyl hydrolase family 1

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057950405.1
TTTGAAATATTTGCTCACTCACTCACTAGCACACTTTACTGCTAAGAAATCTTTGTGCAAATTAAATTGGAGCGATGGCGATGGAAGGAGTGGAGATGGTTCATCTGGAAAACAATAACGCTGTAGTTAACGGCGTTGGTGGAGATGAAATTGGAGGTTCAAGATGGTGGGAATTCGATGGACCGGTTCCATCTTATCATGATAACAGTGGCATAAACCGTCACTGGTTTCCTAAAGATTTTGTGTTTGGATCTGGAACT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131021280
ATGGCGATGGAAGGAGTGGAGATGGTTCATCTGGAAAACAATAACGCTGTAGTTAACGGCGTTGGTGGAGATGAAATTGGAGGTTCAAGATGGTGGGAATTCGATGGACCGGTTCCATCTTATCATGATAACAGTGGCATAAACCGTCACTGGTTTCCTAAAGATTTTGTGTTTGGATCTGGAACTGCCGCCTTTCAGGTTGAAGGAGCTGCTACAAAAGGAGGCAAAGGCATCAGCATATGGGATGAGTTCTCTATGAG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057806388.1
MAMEGVEMVHLENNNAVVNGVGGDEIGGSRWWEFDGPVPSYHDNSGINRHWFPKDFVFGSGTAAFQVEGAATKGGKGISIWDEFSMRLPWKIADGSNGSLACDMYNRYKEDIQMMKHMGFDAYRFSISWPRILPAGRVSGGINKEGIAYYNDVINTVLHHGMKPFVTLFHWDLPVCLEKEYGGFLSKRVKDDFREFAEVCFWEFGDRVKQWSTLNEPWTYAVNGYVRGSFPPGHKVPVSDDKLATKIPPGRGLPLLESAA...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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