当前解析结果
SmilChr04G002120| 统一新 Gene ID | SmilChr04G002120 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr04G002120 |
| 描述 | beta-glucosidase 12-like |
| 染色体 / SeqID | Chr04 / NC_080390.1 |
| 坐标与链方向 | 34196204 - 34199247 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131021280 |
|---|---|
| GeneID | 131021280 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131021280 |
| 原始查询 | LOC131021280 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | beta-glucosidase 12-like |
| 产物 | beta-glucosidase 12-like |
| Arabidopsis | AT3G60130 (BGLU16)beta glucosidase 16 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:825183] identity=47.4; qcov=0.849; evalue=1.61e-150; confidence=high |
| Rice | Os04g0474800 (Os4bglu12)- identity=47.3; qcov=0.851; evalue=1.08e-149; confidence=high |
| GO | GO:0005975 (carbohydrate metabolic process); GO:0008422 (beta-glucosidase activity) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00232 (Glyco_hydro_1) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131021280 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytosol | 细胞质基质 | 1.00000 | XP_057806388.1 |
| 2 | Peroxisome | 过氧化物酶体 | 0.20000 | XP_057806388.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057806388.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057806388.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057806388.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr4:34197278 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C23,C35 |
Chr4:34197412 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | A24,B113,B122,B68,C87 |
Chr4:34197590 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B22 |
Chr4:34198551 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B109,B18,B69 |
Chr4:34198871 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B67 |
Chr4:34198907 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B136,B66 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057806388.1PF00232
Glyco_hydro_1 49-551 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057806388.1 |
Pfam | PF00232 |
Glyco_hydro_1 | Domain | 49 | 551 | 5.8e-147 | 490.6 | Glycosyl hydrolase family 1 |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。