当前解析结果
SmilChr04G002127| 统一新 Gene ID | SmilChr04G002127 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr04G002127 |
| 描述 | inactive protein RESTRICTED TEV MOVEMENT 2-like |
| 染色体 / SeqID | Chr04 / NC_080390.1 |
| 坐标与链方向 | 34263665 - 34265248 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131021285 |
|---|---|
| GeneID | 131021285 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131021285 |
| 原始查询 | LOC131021285 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | inactive protein RESTRICTED TEV MOVEMENT 2-like |
| 产物 | inactive protein RESTRICTED TEV MOVEMENT 2-like |
| Arabidopsis | AT5G20970 (AT5G20970)HSP20-like chaperones superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832222] identity=32.9; qcov=0.423; evalue=1.77e-11; confidence=low |
| Rice | Os03g0656000- identity=33.3; qcov=0.479; evalue=7.77e-12; confidence=low |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00011 (HSP20) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131021285 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Endoplasmic reticulum | 内质网 | 1.00000 | XP_057806394.1 |
| 2 | Endoplasmic reticulum membrane | 内质网膜 | 0.60000 | XP_057806394.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057806394.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057806394.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057806394.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr4:34264057 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C32,C68 |
Chr4:34264123 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B1,B117,D11 |
Chr4:34264279 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C23,D10 |
Chr4:34265020 |
TG |
T |
1bp_deletion | frameshift_variant | 15 | B103,B106,B107,B109,B119,B121,B134,B18,B29,B34,B40,C12,C15,C51,D1 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057806394.1PF00011
HSP20 23-103 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057806394.1 |
Pfam | PF00011 |
HSP20 | Domain | 23 | 103 | 8.6e-08 | 32.9 | Hsp20/alpha crystallin family |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。