Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G002132

染色体: Chr04 坐标: 34298839-34307781 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G002132
名称SmilChr04G002132
描述uncharacterized SmilChr04G002132
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向34298839 - 34307781 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131021290
GeneID131021290
locus_tag-
NCBI NameLOC131021290
原始查询LOC131021290

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog
描述P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836397]; symbol=AT5G62760; hit=AT5G62760; species=arabidopsis; confidence=low
产物P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836397]; symbol=AT5G62760; hit=AT5G62760; species=arabidopsis; confidence=low
ArabidopsisAT5G62760 (AT5G62760)
P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836397]
identity=62.3; qcov=0.409; evalue=1.24e-116; confidence=low
RiceOs02g0215000
-
identity=59.4; qcov=0.447; evalue=5.81e-113; confidence=low
GOGO:0005634 (nucleus); GO:0032204 (regulation of telomere maintenance)
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131021290

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057806395.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057806395.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057806395.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057806395.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057806395.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:34299040 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B114,B25,C23,C39
Chr4:34299177 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B46,B75,B95
Chr4:34299178 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 31 A21,A25,B112,B117,B118,B12,B124,B125,B138,B21,B3,B30,B31,B41,B51,B65,B76,B79,B87,B95,C11,C13,C14,C25,C41,C46,C57,C58,C69,C78,D9
Chr4:34299381 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr4:34299808 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A19,B107,B114,C7
Chr4:34299867 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B125,B132,B133,B90,B92
Chr4:34299943 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C54,C74
Chr4:34299958 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B78,B82,C22,C47
Chr4:34299979 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 4 A18,B104,B140,C48
Chr4:34299979 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A18,B104,B140,C48
Chr4:34301977 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B131
Chr4:34302644 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B57,B78,B88,C27,C55

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

6 records

下载 cDNA FASTA
XM_057950417.1
CAAACTTAATCTGTTGAGACCCCAGACTCCAGTCCCCAGCTCTACGTCTCTGCGTAATTCCCCCAAATTCCAACCCTAATTCAAGCTCAACCATGGAGTATCCATGGCGTTCTAGGCCTCCACCCGGTAATTTCTGCCCAGTCTGCTCGCATTCTCACTTCCCATTCTGCACTCCCCCTCCTCCGCAATACTTCCGGCCTCCACCACCGCCTCCGGATCAATATTTCCGCAGTCCACTCCCCCCGCCCCCACCGCCTCAA...
XM_057950415.1
CAAACTTAATCTGTTGAGACCCCAGACTCCAGTCCCCAGCTCTACGTCTCTGCGTAATTCCCCCAAATTCCAACCCTAATTCAAGCTCAACCATGGAGTATCCATGGCGTTCTAGGCCTCCACCCGGTAATTTCTGCCCAGTCTGCTCGCATTCTCACTTCCCATTCTGCACTCCCCCTCCTCCGCAATACTTCCGGCCTCCACCACCGCCTCCGGATCAATATTTCCGCAGTCCACTCCCCCCGCCCCCACCGCCTCAA...

CDS

6 records

下载 CDS FASTA
LOC131021290
ATGGAGTATCCATGGCGTTCTAGGCCTCCACCCGGTAATTTCTGCCCAGTCTGCTCGCATTCTCACTTCCCATTCTGCACTCCCCCTCCTCCGCAATACTTCCGGCCTCCACCACCGCCTCCGGATCAATATTTCCGCAGTCCACTCCCCCCGCCCCCACCGCCTCAACAGCAAGCTTCATATGATCCGTTCGTTGACCACCAAGGCGGCCCCACCGTCATTCCTTATCCACCACCTCCGGTACCGGCGCAAATTCCGCC...
LOC131021290
ATGGAGTATCCATGGCGTTCTAGGCCTCCACCCGGTAATTTCTGCCCAGTCTGCTCGCATTCTCACTTCCCATTCTGCACTCCCCCTCCTCCGCAATACTTCCGGCCTCCACCACCGCCTCCGGATCAATATTTCCGCAGTCCACTCCCCCCGCCCCCACCGCCTCAACAGCAAGCTTCATATGATCCGTTCGTTGACCACCAAGGCGGCCCCACCGTCATTCCTTATCCACCACCTCCGGTACCGGCGCAAATTCCGCC...

Protein

6 records

下载 Protein FASTA
XP_057806395.1
MEYPWRSRPPPGNFCPVCSHSHFPFCTPPPPQYFRPPPPPPDQYFRSPLPPPPPPQQQASYDPFVDHQGGPTVIPYPPPPVPAQIPPRPWNSDPNHSSDYYGNPNSGLDHDITGQIGVKRMRFDNSNDGYVGSFAEDERRLKLIRDHGAVSHGLDRKYDGGCSVPNRSYDHSNFQGIESGYQKEINSSVNQKYGEPQASYSHIDNNRPHHNQNKGSVVHNHYGNSPGADGYRNFRPPRGNHDIPAYDDSSYQDQRRNFST...
XP_057806396.1
MEYPWRSRPPPGNFCPVCSHSHFPFCTPPPPQYFRPPPPPPDQYFRSPLPPPPPPQQQASYDPFVDHQGGPTVIPYPPPPVPAQIPPRPWNSDPNHSSDYYGNPNSGLDHDITGQIGVKRMRFDNSNDGYVGSFAEDERRLKLIRDHGAVSHGLDRKYDGGCSVPNRSYDHSNFQGIESGYQKEINSSVNQKYGEPQASYSHIDNNRPHHNQNKGSVVHNHYGNSPGADGYRNFRPPRGNHDIPAYDDSSYQDQRRNFST...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器