Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr04G002137`

染色体: Chr04 坐标: 34377429-34381494 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr04G002137`
名称	SmilChr04G002137
描述	WRKY transcription factor 72B
染色体 / SeqID	Chr04 / NC_080390.1
坐标与链方向	34377429 - 34381494 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131021294`
GeneID	`131021294`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131021294`
原始查询	`LOC131021294`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	WRKY transcription factor 72B
产物	WRKY transcription factor 72B
Arabidopsis	`AT1G18860` (WRKY61) WRKY DNA-binding protein 61 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:838467] identity=43.2; qcov=0.828; evalue=1.82e-85; confidence=medium
Rice	`Os06g0146250` (OsWRKY73) - identity=44.8; qcov=0.813; evalue=7.52e-95; confidence=medium
GO	GO:0003700 (DNA-binding transcription factor activity); GO:0006355 (regulation of DNA-templated transcription); GO:0043565 (sequence-specific DNA binding)
KEGG	-
Pfam	PF03106 (WRKY)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131021294

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057806404.1`
2	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057806404.1`
3	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057806404.1`
4	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057806404.1`
5	Telomere	端粒	0.00000	`XP_057806404.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr4:34377627`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A22,B1,B76,C49
`Chr4:34377653`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B23,C36,D8
`Chr4:34377675`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A22,B1,B76,C49
`Chr4:34378557`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B50
`Chr4:34379624`	`TCC`	`T`	2bp_deletion	frameshift_variant	75	A19,A2,A24,A3,B1,B101,B103,B11,B110,B115,B12,B123,B13,B133,B136,B140,B17,B21,B23,B24,B26,B39,B41,B42,B43,B46,B49,B53,B55,B60,B61,B68,B71,B73,B76,B78,B80,B82,B83,B85,B86,B91,B94,C1,C12,C16,C17,C20,C21,C26,C28,C29,C30,C39,C40,C48,C51,C55,C56,C58,C59,C62,C7,C71,C73,C74,C78,C8,C85,D1,D10,D11,D3,D4,D5
`Chr4:34379628`	`CA`	`C`	1bp_deletion	frameshift_variant	76	A19,A2,A24,A3,A7,B1,B101,B103,B11,B110,B115,B12,B123,B13,B133,B136,B140,B17,B21,B23,B24,B26,B39,B41,B42,B43,B46,B49,B53,B55,B60,B61,B68,B71,B73,B76,B78,B80,B82,B83,B85,B86,B91,B94,C1,C12,C16,C17,C20,C21,C26,C28,C29,C30,C39,C40,C48,C51,C55,C56,C58,C59,C62,C7,C71,C73,C74,C78,C8,C85,D1,D10,D11,D3,D4,D5
`Chr4:34379661`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A22,B76,C49
`Chr4:34379704`	`A`	`AG`	1bp_insertion	frameshift_variant	43	A19,A24,A3,A7,B101,B103,B110,B12,B13,B136,B24,B36,B39,B41,B60,B61,B78,B80,B83,B86,B91,C10,C12,C16,C20,C21,C26,C28,C29,C39,C40,C48,C55,C56,C62,C71,C74,C78,C8,D1,D10,D11,D3
`Chr4:34379709`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B110,B41,B5,C83
`Chr4:34379837`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A7,B30,B35
`Chr4:34379840`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B1
`Chr4:34379888`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B131

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057806404.1

621 aa

310

621

WRKY

PF03106 WRKY 273-331 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057806404.1`	Pfam	`PF03106`	WRKY	Domain	273	331	4.1e-25	88.5	WRKY DNA -binding domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057950421.1
TGTGCTGGATGAAGCCATTTATTTTGAATTAGTTTAAGCAAGTCAAATACTGCTGCATCACTTTATAAACAAGAAGACTATTGCTGTTTCAGATCACACAAAGAGAGGAGAAAAGAAAATATCAAACCAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGCTATTATGGATATTTCCTTGCACAAATCTGTTCTTGAAGAAGCGGTCAAGGAGGAGGGCAAACCTTCTGAATCTAACGGTGACGAAGAAAGTTGCGTCGACGACATCG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131021294
ATGGATATTTCCTTGCACAAATCTGTTCTTGAAGAAGCGGTCAAGGAGGAGGGCAAACCTTCTGAATCTAACGGTGACGAAGAAAGTTGCGTCGACGACATCGTTCTTCATCAGTTTGGTGCTGGAAAAAGAGCCCAAGATAATGATGGGATGAAGTCACCATCTCCTAATAAGAAGAATTCGAATTGCAGCAACCAGGGGTTGGCCATAACAAACATGGAAAGTCGACCATCACCTGAGTCTGAATCCAGATCATCTTC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057806404.1
MDISLHKSVLEEAVKEEGKPSESNGDEESCVDDIVLHQFGAGKRAQDNDGMKSPSPNKKNSNCSNQGLAITNMESRPSPESESRSSSSAKKDQLDDQLGSTKAEMDEVMEENQRLKMYLDGILKDYRTLQMQYRDVMQQEATTKLSPHHHDLMEAAADDGLIDLSLAMSSIDKKRKTPKMNDDIEILDDNKQGLSLGLDCKFDLPEKSPIKPSPTLTPENSIEEVKEEAGETWPPKGVKNARDAGGEDEISQQNPTKRAR...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器