Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr04G002145`

染色体: Chr04 坐标: 34485432-34490275 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr04G002145`
名称	SmilChr04G002145
描述	RINT1-like protein MAG2
染色体 / SeqID	Chr04 / NC_080390.1
坐标与链方向	34485432 - 34490275 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131021303`
GeneID	`131021303`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131021303`
原始查询	`LOC131021303`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	RINT1-like protein MAG2
产物	RINT1-like protein MAG2
Arabidopsis	`AT3G47700` (MAG2) RINT-1 / TIP-1 family [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:823924] identity=58.3; qcov=1; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os02g0748100` (OSJNBa0078N11.28-2) - identity=56.5; qcov=0.972; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0006888 (endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport); GO:0006890 (retrograde vesicle-mediated transport, Golgi to endoplasmic reticulum); GO:0060628 (regulation of ER to Golgi vesicle-mediated transport); GO:0070939 (Dsl1/NZR complex)
KEGG	-
Pfam	PF04437 (RINT1_TIP1)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131021303

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytosol	细胞质基质	0.80000	`XP_057806417.1`
2	Golgi apparatus	高尔基体	0.80000	`XP_057806417.1`
3	Phragmoplast	Phragmoplast	0.60000	`XP_057806416.1`
4	Trans-golgi network	Trans-golgi network	0.60000	`XP_057806417.1`
5	Cytoplasm	细胞质	0.20000	`XP_057806416.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr4:34486118`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B52
`Chr4:34488217`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B41
`Chr4:34488218`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B118,B41,B65,C11,C69
`Chr4:34488678`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A3,B137,B80,C41
`Chr4:34488696`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A19
`Chr4:34489102`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A21,B124,B79
`Chr4:34489109`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B110,B5,C83
`Chr4:34489209`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B114,B25,C23
`Chr4:34489230`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A3,B137,B80,C41
`Chr4:34489283`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C50
`Chr4:34489285`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B110,B5
`Chr4:34489348`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B88

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057806416.1

801 aa

400

801

RINT1_TIP1

PF04437 RINT1_TIP1 296-795 aa

XP_057806417.1

650 aa

325

650

RINT1_TIP1

PF04437 RINT1_TIP1 145-644 aa

XP_057806418.1

650 aa

325

650

RINT1_TIP1

PF04437 RINT1_TIP1 145-644 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057806416.1`	Pfam	`PF04437`	RINT1_TIP1	Repeat	296	795	3.9e-41	142.2	RINT-1/TIP-1 family
`XP_057806417.1`	Pfam	`PF04437`	RINT1_TIP1	Repeat	145	644	2.4e-41	142.9	RINT-1/TIP-1 family
`XP_057806418.1`	Pfam	`PF04437`	RINT1_TIP1	Repeat	145	644	2.4e-41	142.9	RINT-1/TIP-1 family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA

XM_057950433.1
AAAAATGAAAGTACTATATTTTTATAAAATTCTGTCTCTCTCTCTCCGCCCTCCGCTTCTCTCACGCTCTGACTCTCTCGCATCTCTCTGGCCTTTCGCTCGCCGCTGCCCGGACCGCCCCGCCTCCTCTGGAAGCAGCTGCAGCGCTGCAAGCCTGCAGCATTCCACCCAGTTGCACCGCATCACCTTTCTGGCAGACGGCCTATCCGGCCCCGCGGCTACACTTCGGCGCCTCCGTCCGGTCTTCACAGTCATTCAAT...

XM_057950434.1
GAATTGAGGAGAGGGATGGGAGAAGAGTTACAAGCATTGGCCAAGGAAGTGGCGAGAGTTGAAACTGTAAGAAATTATGCAGTTTTTGTAGTGTCAGCTGACTGTACTGGATACATTCTAGCATACGGTTTGAAAATAGCTGATACAGAAAGATTTGGAGATCACTTCCAGGTGGAGTTGATTAACAATCACTTGTTGAATGTTGACTAACCCCACTACATCTTGTTCATAGTTCTGTACTAGACCGTGGCTTGAAGAGT...

CDS

3 records

下载 CDS FASTA

LOC131021303
ATGGCCCGATCGAAGGACGATCCGGGGACTCGACCCTTACCGCCGCCCGCCTCTCTCTCCTCCGACGCTCTCTACTTCCTCAATTCCAAACTAAGCTCCAGAGAAGACCTCGACGGAGCCCCTGCTTTGCTGTCCGAGATCCAAATCCAGTCCGATGCAATTGATCGGACACTATCCCAACTAAACAACGAGCTCCAATCTCACTTGAACCGCCACTCTTCCTACTCGAATCGGGTCGGATCACTCTTCTCCAACGTACA...

LOC131021303
ATGAATAGAACATTGAGGAGGCATCCATCAATGAAAGATCTAGAATATATGCGTGCAGGCGCTCTAAGGGCTCTTAAATTAACAGAAGATGTTCTCAGCTCAGTTATAAAGACACATCCTCAATGGATACGGCTTGTTTCAGCGGTTGATCATAGAATTGATAGAGGATTGGCCATTCTAAGGCCCCAGGCTATTGCTGATCATCGAGCCCTTCTTGCTTCTCTTGGGTGGCCACCACCCTTAAGTTCATCTAACACAAA...

Protein

3 records

下载 Protein FASTA

XP_057806416.1
MARSKDDPGTRPLPPPASLSSDALYFLNSKLSSREDLDGAPALLSEIQIQSDAIDRTLSQLNNELQSHLNRHSSYSNRVGSLFSNVHAQLDDLRRSSAQPSSDGELRRGMGEELQALAKEVARVETVRNYAETALKLDTLVGDIEDAVSSTMNRTLRRHPSMKDLEYMRAGALRALKLTEDVLSSVIKTHPQWIRLVSAVDHRIDRGLAILRPQAIADHRALLASLGWPPPLSSSNTNVKGSSNVQNPLFTMQGDLKLQY...

XP_057806417.1
MNRTLRRHPSMKDLEYMRAGALRALKLTEDVLSSVIKTHPQWIRLVSAVDHRIDRGLAILRPQAIADHRALLASLGWPPPLSSSNTNVKGSSNVQNPLFTMQGDLKLQYCESFLALCGLQELQRKRKSRQLEGHNKDVALHQPLWVIEELVNPLSIATQRHFSKWIEKPEYIFALAYKITRDYVDSMDDLLQPLVDEAMLSGYSCREEWISAMVFALSTYLAKEIFPLYISKLEEESETTIQAQARVSWLHLVDLMIAFD...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器