Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr04G002154`

染色体: Chr04 坐标: 34590655-34592907 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr04G002154`
名称	SmilChr04G002154
描述	tryptophan N-monooxygenase CYP79A68-like
染色体 / SeqID	Chr04 / NC_080390.1
坐标与链方向	34590655 - 34592907 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131021313`
GeneID	`131021313`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131021313`
原始查询	`LOC131021313`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	tryptophan N-monooxygenase CYP79A68-like
产物	tryptophan N-monooxygenase CYP79A68-like
Arabidopsis	`AT5G05260` (CYP79A2) phenylalanine N-monooxygenase-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:830408] identity=51.8; qcov=0.994; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os04g0171800` - identity=45.7; qcov=1.01; evalue=1.41e-171; confidence=high
GO	GO:0004497 (monooxygenase activity); GO:0005506 (iron ion binding); GO:0016705 (oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen); GO:0020037 (heme binding)
KEGG	-
Pfam	PF00067 (p450)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131021313

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Endoplasmic reticulum	内质网	1.00000	`XP_057806428.1`
2	Endoplasmic reticulum membrane	内质网膜	0.80000	`XP_057806428.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057806428.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057806428.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057806428.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr4:34590771`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B114,B25,C23
`Chr4:34590775`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B22
`Chr4:34590856`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B22
`Chr4:34590878`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A22,B76,C49
`Chr4:34591051`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C37
`Chr4:34591120`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B114,B25,C23
`Chr4:34591123`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C38
`Chr4:34591211`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C59,C84
`Chr4:34591315`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B33,C14
`Chr4:34592065`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B41,B44
`Chr4:34592113`	`A`	`AT`	1bp_insertion	frameshift_variant	2	B42,B43
`Chr4:34592113`	`A`	`AT`	1bp_insertion	CDS_variant	2	B42,B43

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057806428.1

517 aa

258

517

p450

PF00067 p450 35-488 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057806428.1`	Pfam	`PF00067`	p450	Domain	35	488	2.9e-73	247.9	Cytochrome P450

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057950445.1
AAGAACAAACCTTTCCCATGGAATTAGTTCTATTATTATTGGTAGCATTAGGGTTTGCCCTAACGATAATCTTCCACAAATCGACTCCAAGAATCAACAAAAGCCCAAAACACCCTCTCCCACCGGGCCCCACCGGCTACCCCATCGTTGGCTGCCTGCCGGAGATGGCGAGAAACAAGCCAACTTTCCGGTGGATGCTCAACTACATGCAAAGCTTCAACACCGAAATCGCCTGCTTTCGCCTCGGCGGGGTCCACGTC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131021313
ATGGAATTAGTTCTATTATTATTGGTAGCATTAGGGTTTGCCCTAACGATAATCTTCCACAAATCGACTCCAAGAATCAACAAAAGCCCAAAACACCCTCTCCCACCGGGCCCCACCGGCTACCCCATCGTTGGCTGCCTGCCGGAGATGGCGAGAAACAAGCCAACTTTCCGGTGGATGCTCAACTACATGCAAAGCTTCAACACCGAAATCGCCTGCTTTCGCCTCGGCGGGGTCCACGTCATCGCCATCACCTCCCC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057806428.1
MELVLLLLVALGFALTIIFHKSTPRINKSPKHPLPPGPTGYPIVGCLPEMARNKPTFRWMLNYMQSFNTEIACFRLGGVHVIAITSPELAREFFNEQDAVFAARPGNMTGRLTSGGYLSAVLAPGGDQWKKMRRVIVSEVLAAAVHDLLHGKRCEEADHLVRYVYNQCRESGAAVNVREAARLYCGGVIRKLVFGKRFFGPGTEDGGPGFEEREHMDAVWIILSYTYGFAIADYVPFLEMFDFDGHKKILTNAIKNLRKY...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器