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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G002175

染色体: Chr04 坐标: 35142646-35146257 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G002175
名称SmilChr04G002175
描述putative clathrin assembly protein At4g25940
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向35142646 - 35146257 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131021324
GeneID131021324
locus_tag-
NCBI NameLOC131021324
原始查询LOC131021324

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述putative clathrin assembly protein At4g25940
产物putative clathrin assembly protein At4g25940
ArabidopsisAT4G25940 (AT4G25940)
ENTH/ANTH/VHS superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:828700]
identity=49; qcov=1.07; evalue=0; confidence=high
RiceOs02g0175700
-
identity=55.1; qcov=0.909; evalue=5.15e-180; confidence=high
GOGO:0000149 (SNARE binding); GO:0005545 (1-phosphatidylinositol binding); GO:0005546 (phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate binding); GO:0005905 (clathrin-coated pit); GO:0006900 (vesicle budding from membrane); GO:0030136 (clathrin-coated vesicle); GO:0032050 (clathrin heavy chain binding); GO:0048268 (clathrin coat assembly); GO:0072583 (clathrin-dependent endocytosis)
KEGG-
PfamPF07651 (ANTH)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131021324

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057806451.1
2 Cytosol 细胞质基质 0.60000 XP_057806451.1
3 Cytoplasm 细胞质 0.20000 XP_057806451.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057806451.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057806451.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:35143853 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr4:35143856 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr4:35144046 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B131,B41,B91,C34
Chr4:35144079 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B58,B66,B85
Chr4:35144631 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C8
Chr4:35144942 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C14
Chr4:35145365 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B26
Chr4:35145371 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C68
Chr4:35145523 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B44
Chr4:35145568 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B108,C23,D7
Chr4:35145569 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A10
Chr4:35145877 TC T 1bp_deletion frameshift_variant 2 B108,C23

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057806451.1
566 aa
N
1
283
566
ANTH
C
PF07651 ANTH 28-308 aa
XP_057806452.1
564 aa
N
1
282
564
ANTH
C
PF07651 ANTH 28-308 aa
XP_057806453.1
563 aa
N
1
282
563
ANTH
C
PF07651 ANTH 28-308 aa
XP_057806454.1
561 aa
N
1
280
561
ANTH
C
PF07651 ANTH 28-308 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057806451.1 Pfam PF07651 ANTH Repeat 28 308 3.5e-84 282.8 ANTH domain
XP_057806452.1 Pfam PF07651 ANTH Repeat 28 308 3.5e-84 282.8 ANTH domain
XP_057806453.1 Pfam PF07651 ANTH Repeat 28 308 3.5e-84 282.8 ANTH domain
XP_057806454.1 Pfam PF07651 ANTH Repeat 28 308 3.5e-84 282.8 ANTH domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

4 records

下载 cDNA FASTA
XM_057950468.1
ATAACACATTGAAATTCACCCATATTTCACATTTGTGTTTCCCTCAAGAAAAAGATAAAGAGAAACAGAGAGAAAAGAGGAAGACATAATAAGTGATGTTTAAATTTGTGTTATGTTAAAATGGAATTGGAAAGCTAAGGCGGTTGGAGAGACACAAGAGAGGGACCCACCCCGATCTTCTCTCTCTTGCATCTCTCCCTCTCTCTCTCTCATCTCTCTCTCTTGTTTTTCTCCCATTGATGTTCATCATCACACATCAA...
XM_057950469.1
TCCCTCAAGAAAAAGATAAAGAGAAACAGAGAGAAAAGAGGAAGACATAATAAGTGATGTTTAAATTTGTGTTATGTTAAAATGGAATTGGAAAGCTAAGGCGGTTGGAGAGACACAAGAGAGGGACCCACCCCGATCTTCTCTCTCTTGCATCTCTCCCTCTCTCTCTCTCATCTCTCTCTCTTGTTTTTCTCCCATTGATGTTCATCATCACACATCAATCAATGCTGCATGCCATCATTATTAATATATAGATATAA...

CDS

4 records

下载 CDS FASTA
LOC131021324
ATGGACAGCTTCCGAAAGGCCTACGGCGCTCTCAAGGATTCCACCAAGGTTGGCCTAGCTAAGGTCAACAGCGACTTCAAGGATTTGGACATCGCCATTGTCAAGGCCACCAACCACGTTGAATGCCCTCCCAAGGAACGACATGTTAGAAATATATTTGCAGCAGTATCATTAGCATCTCCACGAGCTGATGTTGGCTATTGCATCCATGCACTTACCAAAAGATTGTCAAAGACAAGAAGCTGGATTGTTGCCATAAA...
LOC131021324
ATGGACAGCTTCCGAAAGGCCTACGGCGCTCTCAAGGATTCCACCAAGGTTGGCCTAGCTAAGGTCAACAGCGACTTCAAGGATTTGGACATCGCCATTGTCAAGGCCACCAACCACGTTGAATGCCCTCCCAAGGAACGACATGTTAGAAATATATTTGCAGCAGTATCATTAGCATCTCCACGAGCTGATGTTGGCTATTGCATCCATGCACTTACCAAAAGATTGTCAAAGACAAGAAGCTGGATTGTTGCCATAAA...

Protein

4 records

下载 Protein FASTA
XP_057806451.1
MDSFRKAYGALKDSTKVGLAKVNSDFKDLDIAIVKATNHVECPPKERHVRNIFAAVSLASPRADVGYCIHALTKRLSKTRSWIVAIKSLIVFHRILREGDSSFREELMHISRRGHIFQISHFKDDSSALAWDCSSWIRSYAMFLEERLECFRNLKLDLDSSERGGTNRSSSTETKEKSKDRVSDVEQLLEQLPVLQQLLYRLVCCQPEGAARYNFLVQYALALVVKESFRVYCTINDGIIVLVDKYFDMPQQLAVAALSI...
XP_057806452.1
MDSFRKAYGALKDSTKVGLAKVNSDFKDLDIAIVKATNHVECPPKERHVRNIFAAVSLASPRADVGYCIHALTKRLSKTRSWIVAIKSLIVFHRILREGDSSFREELMHISRRGHIFQISHFKDDSSALAWDCSSWIRSYAMFLEERLECFRNLKLDLDSSERGGTNRSSSTETKEKSKDRVSDVEQLLEQLPVLQQLLYRLVCCQPEGAARYNFLVQYALALVVKESFRVYCTINDGIIVLVDKYFDMPQQLAVAALSI...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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