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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G002191

染色体: Chr04 坐标: 35420632-35425707 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G002191
名称SmilChr04G002191
描述cadmium/zinc-transporting ATPase HMA2-like
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向35420632 - 35425707 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131021341
GeneID131021341
locus_tag-
NCBI NameLOC131021341
原始查询LOC131021341

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述cadmium/zinc-transporting ATPase HMA2-like
产物cadmium/zinc-transporting ATPase HMA2-like
ArabidopsisAT4G30110 (HMA2)
heavy metal atpase 2 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829134]
identity=65.7; qcov=0.957; evalue=0; confidence=high
RiceOs06g0700700
-
identity=57.7; qcov=0.957; evalue=0; confidence=high
GOGO:0005385 (zinc ion transmembrane transporter activity); GO:0005524 (ATP binding); GO:0006812 (monoatomic cation transport); GO:0015086 (cadmium ion transmembrane transporter activity); GO:0016020 (membrane); GO:0016887 (ATP hydrolysis activity); GO:0019829 (ATPase-coupled monoatomic cation transmembrane transporter activity); GO:0046872 (metal ion binding)
KEGG-
PfamPF00122 (E1-E2_ATPase); PF00702 (Hydrolase)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131021341

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057806484.1
2 Endoplasmic reticulum 内质网 0.60000 XP_057806488.1
3 Vacuole 液泡 0.40000 XP_057806488.1
4 Endoplasmic reticulum membrane 内质网膜 0.20000 XP_057806488.1
5 Vacuole membrane 液泡膜 0.20000 XP_057806489.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:35420895 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B127
Chr4:35420914 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B33
Chr4:35420925 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A18,B124,B140,D4
Chr4:35421168 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr4:35421201 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B91,C2
Chr4:35421228 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A18
Chr4:35421352 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A23,B69
Chr4:35421418 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A22,B76,C49
Chr4:35421432 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B108,B27,C43
Chr4:35421543 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C8
Chr4:35421590 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr4:35421599 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057806484.1
1033 aa
N
1
516
1033
E1-E2_ATPase
Hydrolase
C
PF00122 E1-E2_ATPase 223-312 aa PF00702 Hydrolase 409-627 aa
XP_057806485.1
1016 aa
N
1
508
1016
E1-E2_ATPase
Hydrolase
C
PF00122 E1-E2_ATPase 206-295 aa PF00702 Hydrolase 392-610 aa
XP_057806486.1
1016 aa
N
1
508
1016
E1-E2_ATPase
Hydrolase
C
PF00122 E1-E2_ATPase 206-295 aa PF00702 Hydrolase 392-610 aa
XP_057806487.1
1016 aa
N
1
508
1016
E1-E2_ATPase
Hydrolase
C
PF00122 E1-E2_ATPase 206-295 aa PF00702 Hydrolase 392-610 aa
XP_057806488.1
598 aa
N
1
299
598
E1-E2_ATPase
Hydrolase
C
PF00122 E1-E2_ATPase 223-312 aa PF00702 Hydrolase 409-577 aa
XP_057806489.1
581 aa
N
1
290
581
E1-E2_ATPase
Hydrolase
C
PF00122 E1-E2_ATPase 206-295 aa PF00702 Hydrolase 392-560 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057806484.1 Pfam PF00122 E1-E2_ATPase Domain 223 312 2.9e-21 75.9 P-type ATPase actuator domain
XP_057806484.1 Pfam PF00702 Hydrolase Domain 409 627 1.4e-26 94.8 haloacid dehalogenase-like hydrolase
XP_057806485.1 Pfam PF00122 E1-E2_ATPase Domain 206 295 2.8e-21 75.9 P-type ATPase actuator domain
XP_057806485.1 Pfam PF00702 Hydrolase Domain 392 610 1.4e-26 94.8 haloacid dehalogenase-like hydrolase
XP_057806486.1 Pfam PF00122 E1-E2_ATPase Domain 206 295 2.8e-21 75.9 P-type ATPase actuator domain
XP_057806486.1 Pfam PF00702 Hydrolase Domain 392 610 1.4e-26 94.8 haloacid dehalogenase-like hydrolase
XP_057806487.1 Pfam PF00122 E1-E2_ATPase Domain 206 295 2.8e-21 75.9 P-type ATPase actuator domain
XP_057806487.1 Pfam PF00702 Hydrolase Domain 392 610 1.4e-26 94.8 haloacid dehalogenase-like hydrolase
XP_057806488.1 Pfam PF00122 E1-E2_ATPase Domain 223 312 1.4e-21 76.9 P-type ATPase actuator domain
XP_057806488.1 Pfam PF00702 Hydrolase Domain 409 577 4.7e-14 53.9 haloacid dehalogenase-like hydrolase
XP_057806489.1 Pfam PF00122 E1-E2_ATPase Domain 206 295 1.3e-21 77.0 P-type ATPase actuator domain
XP_057806489.1 Pfam PF00702 Hydrolase Domain 392 560 4.6e-14 54.0 haloacid dehalogenase-like hydrolase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

6 records

下载 cDNA FASTA
XM_057950501.1
GGAGTTGCTTTAAAGTCGAAATGAAGCAGCAAAAATGTCATGCCAAAGCATTCAAACACACCAAACCACAAGCCCAAGTGCCCAATGAGTGTGATATTATGTGGAATCCACATTTTTTTTAATTTCCTCTTACAACTGATTCTTAACTATTTATGTCTCATTCCCTCCGCAGAAGCGTAGACGGTATTTCTTCCATAAATATCAGACAAATAAATGTCGATGTTTGGCGGCATTTTCTCTGCTTTTCCGTTGTCACCTCT...
XM_057950505.1
AAAGCATTCAAACACACCAAACCACAAGCCCAAGTGCCCAATGAGTGTGATATTATGTGGAATCCACATTTTTTTTAATTTCCTCTTACAACTGATTCTTAACTATTTATGTCTCATTCCCTCCGCAGAAGCGTAGACGGTATTTCTTCCATAAATATCAGACAAATAAATGTCGATGTTTGGCGGCATTTTCTCTGCTTTTCCGTTGTCACCTCTATATATATAAATCCTTCCGCCCTTTCTCTCTCTCATCCTTTCTC...

CDS

6 records

下载 CDS FASTA
LOC131021341
ATGGTGTGTCTGTTTTTGAGCACATGCAAACAGTTATTGGAAGAGAGAGAGATGGAAGGCATTGAGAAGAATGCAGGGAAGAAGTTTGAGAAAAGCTACTTCGATGTATTGGGGCTTTGCTGTTCCTCTGAAGTCCCAATGGTCGAAAAAATTCTTAATTCACTTGATGGGATCAAAGATTTTTCAGTTGTTATCCCTACCAAGACATTGATTGTTGTTCATGACTCTCTCCTCATTTCCCAGATTCAAATAGTTAAGGC...
LOC131021341
ATGGAAGGCATTGAGAAGAATGCAGGGAAGAAGTTTGAGAAAAGCTACTTCGATGTATTGGGGCTTTGCTGTTCCTCTGAAGTCCCAATGGTCGAAAAAATTCTTAATTCACTTGATGGGATCAAAGATTTTTCAGTTGTTATCCCTACCAAGACATTGATTGTTGTTCATGACTCTCTCCTCATTTCCCAGATTCAAATAGTTAAGGCGCTGAACGAGTCGAGGTTGGAAGCGAGCGTTAGAGTATACGGCCATGGCAG...

Protein

6 records

下载 Protein FASTA
XP_057806484.1
MVCLFLSTCKQLLEEREMEGIEKNAGKKFEKSYFDVLGLCCSSEVPMVEKILNSLDGIKDFSVVIPTKTLIVVHDSLLISQIQIVKALNESRLEASVRVYGHGSSYKNKWPSPYAVACGALLALHFFKYVYSPFRWLAVVAIVVGIPPVILKAVAAVRNCRLDINILVLITVSGSVALRDYWEAATIVFLFTISEWLELRASHKATAVMSSLVSVVPQKAVIAETGEEVNADQVKMGTVVAVKAGHVIPIDGVVVDGSCD...
XP_057806485.1
MEGIEKNAGKKFEKSYFDVLGLCCSSEVPMVEKILNSLDGIKDFSVVIPTKTLIVVHDSLLISQIQIVKALNESRLEASVRVYGHGSSYKNKWPSPYAVACGALLALHFFKYVYSPFRWLAVVAIVVGIPPVILKAVAAVRNCRLDINILVLITVSGSVALRDYWEAATIVFLFTISEWLELRASHKATAVMSSLVSVVPQKAVIAETGEEVNADQVKMGTVVAVKAGHVIPIDGVVVDGSCDVDEKIMTGESFPVTKQK...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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