Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G001865`

染色体: Chr01 坐标: 33597569-33598788 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G001865`
名称	SmilChr01G001865
描述	uncharacterized SmilChr01G001865
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	33597569 - 33598788 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131021384`
GeneID	`131021384`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131021384`
原始查询	`LOC131021384`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述	Pollen Ole e 1 allergen and extensin family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:817283]; symbol=AT2G27385; hit=AT2G27385; species=arabidopsis; confidence=medium
产物	Pollen Ole e 1 allergen and extensin family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:817283]; symbol=AT2G27385; hit=AT2G27385; species=arabidopsis; confidence=medium
Arabidopsis	`AT2G27385` (AT2G27385) Pollen Ole e 1 allergen and extensin family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:817283] identity=42.3; qcov=0.967; evalue=1.04e-34; confidence=medium
Rice	`Os02g0535300` - identity=30.5; qcov=1.05; evalue=2.26e-14; confidence=low
GO	-
KEGG	-
Pfam	-
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131021384

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cell wall	细胞壁	0.40000	`XP_057806539.1`
2	Secreted	分泌到胞外	0.40000	`XP_057806539.1`
3	Cell membrane	细胞膜	0.20000	`XP_057806539.1`
4	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057806539.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057806539.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:33597705`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B105,B50,C21
`Chr1:33597714`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B22,B41
`Chr1:33598387`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B85,C41
`Chr1:33598413`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B31,B78,C43,D1
`Chr1:33598438`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B137,B30,C4,C61

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中，此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057950556.1
TGCACTTGGGCCCTTCATTTACTGTGCTTTCAATAATCTCTTGCAATATTTATATCAACCCATTTGCTCTCATGTTTTCTCATTATACAAAACTTGTTCACTTATTCAAATGGCGATCATAACTCAAGTTTTTCTACTGGCATCCGTCCTCGTTTTGGCTCTCGTGAACGCTGAACATGAGCTCTACTCGAGCCAAGTCCTCGAGGGATCGGTCAATTGCCTCGACTGCCCTCGAGGCTCTGATCTCTCAGGACTTCAAG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131021384
ATGGCGATCATAACTCAAGTTTTTCTACTGGCATCCGTCCTCGTTTTGGCTCTCGTGAACGCTGAACATGAGCTCTACTCGAGCCAAGTCCTCGAGGGATCGGTCAATTGCCTCGACTGCCCTCGAGGCTCTGATCTCTCAGGACTTCAAGTTTTGGTGAAATGTGACAAAGTGAAGAAGCTGGCCATGGCCTACACCGAAGAAGACGGCAGCTTCACGACGGCGCTTCCATCAGACGGCGACGCGGCGGCGGCGGCGGC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057806539.1
MAIITQVFLLASVLVLALVNAEHELYSSQVLEGSVNCLDCPRGSDLSGLQVLVKCDKVKKLAMAYTEEDGSFTTALPSDGDAAAAAAPSNCMAKIMGGPQQLYISGKDSVVKIANAKEKGAGHFTTSTPLTFYKSCPAKGRCGGKDMGFASSKTVDVPLPREWGLAPSSYYVPFIPIIGIP

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器