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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr04G002248`

染色体: Chr04 坐标: 36340367-36348101 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr04G002248`
名称	SmilChr04G002248
描述	probable oxidosqualene cyclase
染色体 / SeqID	Chr04 / NC_080390.1
坐标与链方向	36340367 - 36348101 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131021393`
GeneID	`131021393`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131021393`
原始查询	`LOC131021393`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	probable oxidosqualene cyclase
产物	probable oxidosqualene cyclase
Arabidopsis	`AT2G07050` (CAS1) cycloartenol synthase 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:815275] identity=64.9; qcov=0.993; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os02g0139700` (OsOSC2) - identity=63.6; qcov=0.999; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0005811 (lipid droplet); GO:0016104 (triterpenoid biosynthetic process); GO:0016866 (intramolecular transferase activity)
KEGG	smil00100 (Steroid biosynthesis - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01110 (Biosynthesis of secondary metabolites - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF00432 (Prenyltrans); PF13243 (SQHop_cyclase_C); PF13249 (SQHop_cyclase_N)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131021393

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Peroxisome	过氧化物酶体	0.80000	`XP_057806560.1`
2	Endoplasmic reticulum	内质网	0.60000	`XP_057806560.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057806560.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057806560.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057806560.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr4:36341573`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C56,C86
`Chr4:36341585`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B76,C49
`Chr4:36342205`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B90,B92
`Chr4:36344185`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C21,C29
`Chr4:36344423`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C59,C84
`Chr4:36345136`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B124,B56,B79,B88,B96
`Chr4:36345221`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C52
`Chr4:36345490`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C38
`Chr4:36346292`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B124,D4
`Chr4:36346345`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	C21,C29,C37
`Chr4:36347672`	`AG`	`A`	1bp_deletion	frameshift_variant	75	A14,A19,A24,A7,B103,B105,B106,B107,B119,B121,B130,B134,B136,B18,B19,B22,B29,B30,B34,B35,B38,B39,B40,B42,B43,B49,B5,B55,B57,B59,B61,B65,B70,B77,B79,B81,B88,B9,B91,B93,B98,C12,C13,C15,C16,C17,C20,C21,C23,C24,C27,C29,C32,C40,C42,C51,C52,C54,C55,C56,C6,C60,C65,C68,C70,C73,C76,C80,C81,C82,C84,C86,C9,D1,D6
`Chr4:36347807`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B122,B64

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057806560.1

763 aa

382

763

SQHop_cyclase_N

Prenyltrans

SQHop_cyclase_C

Prenyltrans

PF13249 SQHop_cyclase_N 102-403 aa PF00432 Prenyltrans 128-196 aa PF13243 SQHop_cyclase_C 417-754 aa PF00432 Prenyltrans 511-610 aa PF00432 Prenyltrans 624-724 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057806560.1`	Pfam	`PF13249`	SQHop_cyclase_N	Repeat	102	403	3.3e-39	135.5	Squalene-hopene cyclase N-terminal domain
`XP_057806560.1`	Pfam	`PF00432`	Prenyltrans	Repeat	128	196	1.5e-07	31.8	Prenyltransferase alpha-alpha toroid domain
`XP_057806560.1`	Pfam	`PF13243`	SQHop_cyclase_C	Repeat	417	754	4.3e-57	194.3	Squalene-hopene cyclase C-terminal domain
`XP_057806560.1`	Pfam	`PF00432`	Prenyltrans	Repeat	511	610	1.5e-07	31.8	Prenyltransferase alpha-alpha toroid domain
`XP_057806560.1`	Pfam	`PF00432`	Prenyltrans	Repeat	624	724	1.5e-07	31.8	Prenyltransferase alpha-alpha toroid domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057950577.1
ATCTAATATGAATGGATCATGCATGATGCATCTAAAACTTAGGCGAACAAGCCCCTTTGTCACATTTATATATAGTAGCACGAATGATTATTAACTCAACAGTTTAAAGTTGATAAAATAAATAAGACCCAAAAAATGTGGAGACTGAAACTGTCTAAAGGTGATGATGATCCATGGCTAACAAGCTTCAACAATCACACTGGAAGACAGTTTTGGGAATTCGACCCGACCCTCGGAAGAGACGACCAAGAGCAACTACT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131021393
ATGTGGAGACTGAAACTGTCTAAAGGTGATGATGATCCATGGCTAACAAGCTTCAACAATCACACTGGAAGACAGTTTTGGGAATTCGACCCGACCCTCGGAAGAGACGACCAAGAGCAACTACTGGTCGACAAGGCTCGTAGCGACTTTGTGAAAAGCCGCTACGAGCTCAAACACAGTTCTGATCTCCTAATGCGGATTCAGTTTGCAAAGAAGAAGAAGGCTAGTGAGGTGGATGTGCCGGTGCAGGTGAAGATAGG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057806560.1
MWRLKLSKGDDDPWLTSFNNHTGRQFWEFDPTLGRDDQEQLLVDKARSDFVKSRYELKHSSDLLMRIQFAKKKKASEVDVPVQVKIGKGEEVSEESVVTTLQRALRFYSTLQAEDGHWPGDYAGPLFLLPFLVISLFIMEALNTILPEEHRKEIRRYLYNHQNVDGGWGLHIEGRSGMFCTALNYVTLRLIGEGMDGGDGAVSKARTWILDHGGATYIPSWGKCFLSVLGVYEWDGNNPMPPELWLLPYFLPMHPGRMWS...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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