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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr04G002262`

染色体: Chr04 坐标: 36583385-36587792 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr04G002262`
名称	SmilChr04G002262
描述	zinc finger CCCH domain-containing protein 16
染色体 / SeqID	Chr04 / NC_080390.1
坐标与链方向	36583385 - 36587792 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131021406`
GeneID	`131021406`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131021406`
原始查询	`LOC131021406`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	zinc finger CCCH domain-containing protein 16
产物	zinc finger CCCH domain-containing protein 16
Arabidopsis	`AT1G75340` (AT1G75340) Zinc finger C-x8-C-x5-C-x3-H type family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:843870] identity=41.6; qcov=1.05; evalue=3.49e-72; confidence=medium
Rice	`Os06g0704300` (C3H46) - identity=38; qcov=1.08; evalue=4.4e-66; confidence=medium
GO	GO:0046872 (metal ion binding)
KEGG	smil03013 (Nucleocytoplasmic transport - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF00642 (zf-CCCH); PF18044 (zf-CCCH_4); PF18345 (zf_CCCH_4); PF27634 (Amo1_N)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131021406

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057806573.1`
2	Nucleus membrane	核膜	0.80000	`XP_057806573.1`
3	Nuclear pore complex	核孔复合体	0.60000	`XP_057806573.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057806573.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057806573.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr4:36585394`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A1,B56,B96
`Chr4:36586162`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C23
`Chr4:36586196`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B44,B98,C80
`Chr4:36586466`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B115,B40,C77
`Chr4:36586595`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B56,B96

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057806573.1

417 aa

208

417

zf-CCCH

zf-CCCH_4

zf_CCCH_4

Amo1_N

PF00642 zf-CCCH 3-26 aa PF18044 zf-CCCH_4 7-26 aa PF18345 zf_CCCH_4 8-26 aa PF27634 Amo1_N 124-175 aa

XP_057806574.1

390 aa

195

390

zf-CCCH

zf-CCCH_4

zf_CCCH_4

Amo1_N

PF00642 zf-CCCH 3-26 aa PF18044 zf-CCCH_4 7-26 aa PF18345 zf_CCCH_4 8-26 aa PF27634 Amo1_N 124-175 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057806573.1`	Pfam	`PF00642`	zf-CCCH	Family	3	26	6.9e-09	36.1	Zinc finger C-x8-C-x5-C-x3-H type (and similar)
`XP_057806573.1`	Pfam	`PF18044`	zf-CCCH_4	Domain	7	26	9e-08	32.4	CCCH-type zinc finger
`XP_057806573.1`	Pfam	`PF18345`	zf_CCCH_4	Domain	8	26	3.1e-07	31.0	Zinc finger domain
`XP_057806573.1`	Pfam	`PF27634`	Amo1_N	Domain	124	175	3.4e-08	34.6	Amo1 N-terminal domain
`XP_057806574.1`	Pfam	`PF00642`	zf-CCCH	Family	3	26	6.7e-09	36.2	Zinc finger C-x8-C-x5-C-x3-H type (and similar)
`XP_057806574.1`	Pfam	`PF18044`	zf-CCCH_4	Domain	7	26	9e-08	32.4	CCCH-type zinc finger
`XP_057806574.1`	Pfam	`PF18345`	zf_CCCH_4	Domain	8	26	2.9e-07	31.0	Zinc finger domain
`XP_057806574.1`	Pfam	`PF27634`	Amo1_N	Domain	124	175	2.9e-08	34.8	Amo1 N-terminal domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA

XM_057950591.1
TGACATAATAGAGTCCAAGAAACCCCATTCAATCCTGTCGTAGGCTTTGCTCATATCAAGCTTGGCCGCCGCAAACCCATGATTCCCATTCTTTTGATTACGGAGCCAGTGCATACATTCATAACCCACTAAGATATTATCAGAGATCAGCCGACCCGGAACGAAGGCGCTTTGCGTCTCATCAAACACACAGCCCAGAACCCTTCTAATCCGATTAGCCAAAGCCTTGGTAACAATTTTGTAGATGGTGTTGCAGAGAC...

XM_057950590.1
CATAATAGAGTCCAAGAAACCCCATTCAATCCTGTCGTAGGCTTTGCTCATATCAAGCTTGGCCGCCGCAAACCCATGATTCCCATTCTTTTGATTACGGAGCCAGTGCATACATTCATAACCCACTAAGATATTATCAGAGATCAGCCGACCCGGAACGAAGGCGCTTTGCGTCTCATCAAACACACAGCCCAGAACCCTTCTAATCCGATTAGCCAAAGCCTTGGTAACAATTTTGTAGATGGTGTTGCAGAGACTAA...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA

LOC131021406
ATGCCTCCTAAGGAAGAAATCTGTAAGTATTTTCAGCGTGGCAGCTGTCGGTATGGCACCCGTTGTAAGTTTCTTCACCGCACGCCACAACAAAGTCAGACCAACCCTTTCGGATTTGGTGCTCAAACTAGTGGTACTCCAACTCAGCACCCAAATCCGCAACAGCCGATACGAAACCCTTTTGGTTTTGGTAATCAGAACAATTCTCATTCAAGAGGGGGTGATGGCTTTGGATCCAAACCAAGTCAAGTCAAGCCATT...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA

XP_057806573.1
MPPKEEICKYFQRGSCRYGTRCKFLHRTPQQSQTNPFGFGAQTSGTPTQHPNPQQPIRNPFGFGNQNNSHSRGGDGFGSKPSQVKPFENKWSRFSNINNSSAPASRQPNNQPPAANHTCTDPESCKRVILEDLENEKPLWKLTCYGHRKDGPCDVVGDVSYDELRALAYDDAKHGKSLVSIVERERNMLNSKLIEFQNLVQKPYTVSSAPTPSSQNLFGGGSTNAPAVNNGFSPQVSSFSQLSGSLNTRPAAAPSFSFGQ...

XP_057806574.1
MPPKEEICKYFQRGSCRYGTRCKFLHRTPQQSQTNPFGFGAQTSGTPTQHPNPQQPIRNPFGFGNQNNSHSRGGDGFGSKPSQVKPFENKWSRFSNINNSSAPASRQPNNQPPAANHTCTDPESCKRVILEDLENEKPLWKLTCYGHRKDGPCDVVGDVSYDELRALAYDDAKHGKSLVSIVERERNMLNSKLIEFQNLVQKPYTVSSAPTPSSQNLFGGGSTNAPAVNNGFSPQVSSFSQLSGSLNTRPAAAPSFSFGQ...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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