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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr04G002276`

染色体: Chr04 坐标: 36973110-36974776 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr04G002276`
名称	SmilChr04G002276
描述	E3 ubiquitin-protein ligase RSL1
染色体 / SeqID	Chr04 / NC_080390.1
坐标与链方向	36973110 - 36974776 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131021422`
GeneID	`131021422`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131021422`
原始查询	`LOC131021422`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	E3 ubiquitin-protein ligase RSL1
产物	E3 ubiquitin-protein ligase RSL1
Arabidopsis	`AT3G53690` (AT3G53690) RING/U-box superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:824536] identity=47.1; qcov=1.04; evalue=1.3e-96; confidence=high
Rice	`Os08g0451800` - identity=51.3; qcov=0.65; evalue=1.25e-75; confidence=high
GO	GO:0000151 (ubiquitin ligase complex); GO:0000209 (protein polyubiquitination); GO:0005737 (cytoplasm); GO:0006511 (ubiquitin-dependent protein catabolic process); GO:0008270 (zinc ion binding); GO:0031624 (ubiquitin conjugating enzyme binding); GO:0032436 (positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process); GO:0061630 (ubiquitin protein ligase activity)
KEGG	-
Pfam	PF01485 (IBR)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131021422

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057806590.1`
2	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057806590.1`
3	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057806590.1`
4	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057806590.1`
5	Telomere	端粒	0.00000	`XP_057806590.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr4:36973857`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D11
`Chr4:36973949`	`TGC`	`T`	2bp_deletion	frameshift_variant	5	B110,B38,B39,B82,C12
`Chr4:36973949`	`TGC`	`T`	2bp_deletion	CDS_variant	5	B110,B38,B39,B82,C12
`Chr4:36973952`	`T`	`TTC`	2bp_insertion	frameshift_variant	5	B110,B38,B39,B82,C12
`Chr4:36973952`	`T`	`TTC`	2bp_insertion	CDS_variant	5	B110,B38,B39,B82,C12
`Chr4:36973958`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B110,B38,B39,B82,C12
`Chr4:36973993`	`A`	`ATC`	2bp_insertion	frameshift_variant	1	B70
`Chr4:36973993`	`A`	`ATC`	2bp_insertion	CDS_variant	1	B70
`Chr4:36973997`	`CTG`	`C`	2bp_deletion	frameshift_variant	1	B70
`Chr4:36973997`	`CTG`	`C`	2bp_deletion	CDS_variant	1	B70
`Chr4:36974039`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A2,B70
`Chr4:36974045`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A2,B70

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057806590.1

297 aa

148

297

IBR

PF01485 IBR 167-223 aa PF01485 IBR 244-289 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057806590.1`	Pfam	`PF01485`	IBR	Domain	167	223	1.5e-15	57.7	IBR domain, a half RING-finger domain
`XP_057806590.1`	Pfam	`PF01485`	IBR	Domain	244	289	1.5e-15	57.7	IBR domain, a half RING-finger domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057950607.1
AGGGCATATGTATCGTGCACCAGAATACACAAAAGAGAGAAGAGATTGTAAAATCTTGAAAAGTCTCTTTCTCTTCTCTCCCATTCAGTTAAAAACTTGATCTGCTCTCGTCGACAACCACAATGGCGACCGAAATTCTTAAAATCACAGACGACGACGACGACGACGACGTCTCCATCCTCTACTCCACGCCGCCGCCCTTCAAGAGCGGCGCCACCAAATCGGAGGCCATCTCCGTCGATGACTACCGCACGCGCAGC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131021422
ATGGCGACCGAAATTCTTAAAATCACAGACGACGACGACGACGACGACGTCTCCATCCTCTACTCCACGCCGCCGCCCTTCAAGAGCGGCGCCACCAAATCGGAGGCCATCTCCGTCGATGACTACCGCACGCGCAGCGCCAAAATCATCGACCTATCTGAATTCGACGACGTCGTCGAAATCCCCGCCTCCTCCTACACCAAGCGGAGGCGCTTCTACAAGGGCGAGTCTTCGAACTCGAAGCGCGACGACGTCGTTCT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057806590.1
MATEILKITDDDDDDDVSILYSTPPPFKSGATKSEAISVDDYRTRSAKIIDLSEFDDVVEIPASSYTKRRRFYKGESSNSKRDDVVLRLSFTCEICADEKPVSDSFGVLGCDHCYCTRCVSNYVAAKLQENITAVGCPVPGCAGFLEPQHCRTILPKEVFERWGDALCEALILGAEKFYCPYKDCSALLIDDGSQKVVQSECPECRRLFCAPCKAAWHSGIQCSEFQQLRADERSNEDIMLLNLAKNKKWIRCPSCRFYV...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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