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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G002277

染色体: Chr04 坐标: 37000117-37006529 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G002277
名称SmilChr04G002277
描述kinesin-like protein NACK2
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向37000117 - 37006529 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131021424
GeneID131021424
locus_tag-
NCBI NameLOC131021424
原始查询LOC131021424

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述kinesin-like protein NACK2
产物kinesin-like protein NACK2
ArabidopsisAT3G43210 (TES)
ATP binding microtubule motor family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:823396]
identity=63.1; qcov=1.01; evalue=0; confidence=high
RiceOs01g0513900 (OsACK1)
-
identity=59; qcov=1.02; evalue=0; confidence=high
GOGO:0003777 (microtubule motor activity); GO:0005524 (ATP binding); GO:0007018 (microtubule-based movement); GO:0008017 (microtubule binding)
KEGGsmil04814 (Motor proteins - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF00225 (Kinesin); PF11995 (DUF3490); PF16796 (Microtub_bd)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131021424

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoskeleton 细胞骨架 1.00000 XP_057806591.1
2 Phragmoplast Phragmoplast 1.00000 XP_057806591.1
3 Spindle Spindle 1.00000 XP_057806591.1
4 Spindle pole Spindle pole 0.60000 XP_057806591.1
5 Chromosome 染色体 0.40000 XP_057806591.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:37000856 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A23,B69
Chr4:37000886 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D4
Chr4:37000976 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A18,B38,B39,C13,C56
Chr4:37000999 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A18,B38,B39,C13,C56
Chr4:37001395 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B40,C77
Chr4:37002702 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B123,B44
Chr4:37003252 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B140,C59,C84
Chr4:37003972 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A18,B38,B39,C13,C56
Chr4:37004433 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B110
Chr4:37004438 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B129,B89,C26
Chr4:37004655 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A7,B30,B35,B55,C23
Chr4:37004661 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A7,B30,B35,B55,C23

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057806591.1
945 aa
N
1
472
945
Microtub_bd
Kinesin
DUF3490
C
PF16796 Microtub_bd 30-165 aa PF00225 Kinesin 36-349 aa PF11995 DUF3490 762-926 aa
XP_057806592.1
945 aa
N
1
472
945
Microtub_bd
Kinesin
DUF3490
C
PF16796 Microtub_bd 30-165 aa PF00225 Kinesin 36-349 aa PF11995 DUF3490 762-926 aa
XP_057806593.1
945 aa
N
1
472
945
Microtub_bd
Kinesin
DUF3490
C
PF16796 Microtub_bd 30-165 aa PF00225 Kinesin 36-349 aa PF11995 DUF3490 762-926 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057806591.1 Pfam PF16796 Microtub_bd Domain 30 165 2.2e-20 73.9 Microtubule binding
XP_057806591.1 Pfam PF00225 Kinesin Domain 36 349 1.9e-96 323.6 Kinesin motor domain
XP_057806591.1 Pfam PF11995 DUF3490 Family 762 926 1.9e-67 226.8 Domain of unknown function (DUF3490)
XP_057806592.1 Pfam PF16796 Microtub_bd Domain 30 165 2.2e-20 73.9 Microtubule binding
XP_057806592.1 Pfam PF00225 Kinesin Domain 36 349 1.9e-96 323.6 Kinesin motor domain
XP_057806592.1 Pfam PF11995 DUF3490 Family 762 926 1.9e-67 226.8 Domain of unknown function (DUF3490)
XP_057806593.1 Pfam PF16796 Microtub_bd Domain 30 165 2.2e-20 73.9 Microtubule binding
XP_057806593.1 Pfam PF00225 Kinesin Domain 36 349 1.9e-96 323.6 Kinesin motor domain
XP_057806593.1 Pfam PF11995 DUF3490 Family 762 926 1.9e-67 226.8 Domain of unknown function (DUF3490)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA
XM_057950610.1
ACTCAAACTAAACTAAAGAAACCAGATAAATTCTCAGTTTCGATCTTTGTTTTCCATTTTTGCACAAATGTCATATTTCACCTGAAAAAAGAATTTGTAAGCTTGCATAAGATCGAAAAAGGGTAAAAAGAAAGAAACGAAGCACCACTTCTTGAATCATTTCATTTCATACTCTTCAAATCTTTTTTTTCTTATGGTTCACCCGCTCTGAATCCTTAGGGTTTCTGTCAAATTGAAGTTTGGAGAATTTGGAATGTTCG...
XM_057950609.1
ACTCAAACTAAACTAAAGAAACCAGATAAATTCTCAGTTTCGATCTTTGTTTTCCATTTTTGCACAAATGTCATATTTCACCTGAAAAAAGAATTTGTAAGCTTGCATAAGATCGAAAAAGGGTAAAAAGAAAGAAACGAAGCACCACTTCTTGAATCATTTCATTTCATACTCTTCAAATCTTTTTTTTCTTATGGTTCACCCGCTCTGAATCCTTAGGGTTTCTGTCAAATTTTGGAGAATTTGGAATGTTCGTTGGA...

CDS

3 records

下载 CDS FASTA
LOC131021424
ATGACAATGGCGGCTCCAGTGACACCACCTTCAAAGATCAAGAGGTCCCCAGCATGTACTCCTGGCGGTCCAAAAGTCCGGGAGGAAAATATTTTAGTGACTGTGCGGATGAGGCCACTGAGCCCCAAAGAGTTAGCTGTATATGATCTGGTAGCGTGGGATATCATAGACGACACTACCATTGTTTCGAAGAATCTATATCATGACAGACATGGTGGTTCATATACATTTGATAAGGTTTTTGATCCAACTTGTTCTAC...
LOC131021424
ATGACAATGGCGGCTCCAGTGACACCACCTTCAAAGATCAAGAGGTCCCCAGCATGTACTCCTGGCGGTCCAAAAGTCCGGGAGGAAAATATTTTAGTGACTGTGCGGATGAGGCCACTGAGCCCCAAAGAGTTAGCTGTATATGATCTGGTAGCGTGGGATATCATAGACGACACTACCATTGTTTCGAAGAATCTATATCATGACAGACATGGTGGTTCATATACATTTGATAAGGTTTTTGATCCAACTTGTTCTAC...

Protein

3 records

下载 Protein FASTA
XP_057806591.1
MTMAAPVTPPSKIKRSPACTPGGPKVREENILVTVRMRPLSPKELAVYDLVAWDIIDDTTIVSKNLYHDRHGGSYTFDKVFDPTCSTRKVYEEGARDVALSALGGINATIFAYGQTSSGKTFTMRGVAEDAVKDIYKHIKLTPEREFLLKFSALEIYNETVVDLLNRESGSLRLLDDPEKGTVVDKLIEEVVKDDHHLRHLISICEAQRQVGETSLNDRSSRSHQIIRLTIESSLCEDSGCVKSFLASLNLVDLAGSERA...
XP_057806592.1
MTMAAPVTPPSKIKRSPACTPGGPKVREENILVTVRMRPLSPKELAVYDLVAWDIIDDTTIVSKNLYHDRHGGSYTFDKVFDPTCSTRKVYEEGARDVALSALGGINATIFAYGQTSSGKTFTMRGVAEDAVKDIYKHIKLTPEREFLLKFSALEIYNETVVDLLNRESGSLRLLDDPEKGTVVDKLIEEVVKDDHHLRHLISICEAQRQVGETSLNDRSSRSHQIIRLTIESSLCEDSGCVKSFLASLNLVDLAGSERA...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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