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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G002327

染色体: Chr04 坐标: 37578907-37584645 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G002327
名称SmilChr04G002327
描述uncharacterized SmilChr04G002327
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向37578907 - 37584645 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131021465
GeneID131021465
locus_tag-
NCBI NameLOC131021465
原始查询LOC131021465

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述OBP3-responsive protein 4 (ORG4) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:815155]; symbol=ORG4; hit=AT2G06010; species=arabidopsis; confidence=high
产物OBP3-responsive protein 4 (ORG4) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:815155]; symbol=ORG4; hit=AT2G06010; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT2G06010 (ORG4)
OBP3-responsive protein 4 (ORG4) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:815155]
identity=76.3; qcov=0.925; evalue=3.5e-103; confidence=high
RiceOs04g0446200
-
identity=62.8; qcov=0.46; evalue=4.19e-35; confidence=medium
GO-
KEGG-
PfamPF25003 (DUF7781)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131021465

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Chloroplast membrane 叶绿体膜 1.00000 XP_057806640.1
2 Chloroplast 叶绿体 0.80000 XP_057806640.1
3 Mitochondrion 线粒体 0.40000 XP_057806640.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057806640.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057806640.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:37583940 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B40
Chr4:37583964 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B128,B18,C37,C79,C9

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057806640.1
187 aa
N
1
94
187
DUF7781
C
PF25003 DUF7781 12-183 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057806640.1 Pfam PF25003 DUF7781 Domain 12 183 1.8e-89 298.5 Domain of unknown function (DUF7781)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057950657.1
CCGAAGAAAATAAAATTATTTGTTTGGGGTGGGGGTAAAAGTGCTTCGTGACAGTTGAAGATAGAAAACCCTGAACTCAGAAGCAAGGACTGAAAGAGTGCAGGCGGTTGCTGCTCATTACCCTTTCCCTGCAACCCTTACCGAGAGCAGCAATTTCAATTTCTTTCGAACAACCAGAAAGGATATGGAAGGCACATCGAACGGAGATGAACCCACATCGTGGGACGAGCTTTACAACTTCAATTTGATGCCTACGGAGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131021465
ATGGAAGGCACATCGAACGGAGATGAACCCACATCGTGGGACGAGCTTTACAACTTCAATTTGATGCCTACGGAGATTTTCTTGAAGTTCAGGAAAGAGATTCAGGGGTTCCGCGTTGGCGTTAATTTAGAGTTGTATAATGCTCCCCTGAATGACTACCATGCGAAACTGGTTTTGAAACCTTTAGCGTTTGAGCGGAAATGGAAGTTAATGTATGAGCCTTTATACCAAGATGTGCAGCTTGTTTCCAAGAAAATTCC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057806640.1
MEGTSNGDEPTSWDELYNFNLMPTEIFLKFRKEIQGFRVGVNLELYNAPLNDYHAKLVLKPLAFERKWKLMYEPLYQDVQLVSKKIPITKFLNLQVGVGHSFQLHATGWKWKLTTSLGGDGISRIRNKTSLGLCPGVDFRFGWRADYVLPEITGGVGSDEPLFNMNSGRLQASLDRVEAIFTHTDEE

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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